Снг распад: 25 лет назад провалилась попытка превратить СНГ в ЕС

Содержание

25 лет назад провалилась попытка превратить СНГ в ЕС

В понедельник исполняется ровно четверть века со дня принятия устава Содружества независимых государств — СНГ. Хотя многие его положения так и остались декларативными, они интересны сами по себе как попытка создания надгосударственного объединения, который мог бы стать не худшей альтернативой Евросоюзу.

Несмотря на то, что само Содружество независимых государств (СНГ) было основано сразу после распада СССР в конце 1991 года, после ратификации Алма-атинского соглашения всеми подписантами в целях сохранения общих хозяйственных связей был принят устав организации. Организационный процесс затянулся больше чем на год, во многом потому, что страны бывшего СССР сами находились в определенном политическом раздрае и им было не до создания общих органов власти.

И если сам СНГ был, по выражению российского президента Владимира Путина, создан для «цивилизованного развода», устав Содружества создавался для того, чтобы после развода бывшие супруги смогли хотя бы оставаться в партнерских отношениях.

«Приходится строить сообщество на обломках когда-то единой централизованной системы», — так характеризовал сложившуюся ситуацию в учебнике «Международное право» Игорь Лашук. «СНГ является редким примером международной организации, образованной не в результате постепенного сближения государств, а, наоборот — в результате дезинтеграционных процессов», — вторит ему «Курс международного права» под редакцией Владислава Толстых.

Для координации совместной работы был создан высший орган СНГ — Совет глав государств Содружества. Собираются главы государств СНГ до сих пор достаточно регулярно, но большинство этих саммитов можно назвать неформальными. Какие-либо судьбоносные решения на них не принимаются, однако они стали возможностью для президентов стран обсудить неформальные вопросы. Заместитель главы Института стран СНГ Владимир Жарихин отмечал ранее в беседе с «Газета.Ru», что в российских внешнеполитических документах СНГ называется «региональной организацией»:

«Она все меньше выполняет роль военной и экономической составляющей, но служит площадкой для диалога».

В то же время нельзя сказать, что все содержимое устава СНГ осталось лишь на бумаге. Вполне полноценно функционирующей организацией можно назвать расположенный в Минске Экономический суд СНГ. В этой арбитражной инстанции решают различные споры государства СНГ. К тому же суд де-факто выполняет роль экономического суда Евразийского экономического сообщества (ЕВРАЗЭС).

Эксперты отмечают, что хотя после конфликта с Россией членство в СНГ приостановили сначала Грузия, а потом и Украина, они сохраняют свою подпись под многими документами. Иначе, им бы пришлось заключать отдельные двусторонние договоры с каждой республикой.

Первые годы лидерам бывших союзных республик было весьма комфортно друг с другом. Все они были выходцами из советской номенклатуры, многие знали друг друга по партийной работе, некоторые по привычке оглядывались на Москву. При этом, несмотря на доминирование РФ, попредседательствовать в совете сумели все лидеры бывших республик Советского государства.

Несмотря на то, что многие лидеры СНГ сохраняли между собой почти приятельские отношения, дискуссии о будущем СНГ были весьма жесткими, каждый тянул одеяло на себя.

«А. Назарбаев уже в 1993 году стал говорить о необходимости Евразийского союза, предложил его научно-обоснованный проект. Украинский же президент (Леонид Кучма – «Газета.Ru») делал все возможное, чтобы мы разошлись как можно дальше друг от друга. Свидетельствую это как должностное лицо, присутствовавшее на всех заседаниях Совета глав государств-стран СНГ вплоть до 2002 года. Если бы не Назарбаев и Каримов (президент Узбекистана – «Газета.Ru»), СНГ рухнуло бы еще 20 марта 1992 года», — писал в своей книге «Битва за Россию» генерал Леонид Ивашов, в то время занимавший высокий пост в военных структурах СНГ.

Согласно уставу СНГ, предполагалось создание общих вооруженных сил, находившихся под объединенным командованием стран содружества. Идея, предложенная последним министром обороны СССР маршалом Евгением Шапошниковым, казалась разумной.

Странам СНГ было предложено воздержаться на пятилетний период от создания национальных армий и возложить на объеденные силы охрану внешних границ содружества.

Идея Шапошникова, который возглавил армию СНГ, не была положительно воспринята всеми. Против выступили Украина и Молдавия. Если первая хотела тут же начать строить свою самостийную армию, благо что в армии СССР немало высоких постов занимали этнические украинцы. Вторая активно дрейфовала в сторону «братской Румынии».

Армия СНГ была все же создана, и хотя ни в каких действиях она участия не принимала, ее создание было не напрасным — именно на ее основе были созданы Организация договора о коллективной безопасности, в которой можно найти схожие черты как с НАТО, так и с канувшей в лету Организацией Варшавского договора.

На Западе, где стремились развивать паралельные отношения с каждой из бывших стран Союза, СНГ не особенно воспринимали, считая этот орган искусственным. Правда, только на первый взгляд. Документы союза и связи между республиками активно исследовал ныне покойный политолог Збигнев Бжезинский. Он использовал их при написании своей знаменитой работы «Великая шахматная доска».

Спустя годы многие положения этой книги кажутся устаревшими, как впрочем, и многие положения устава Содружества независимых государств. Те, кто писал положения о невмешательстве и суверенитете вряд ли полагали, что пройдет время и между Грузией и Россией разгорится прямой вооруженный конфликт, Крым в результате референдума войдет в состав России, а в Донбассе вспыхнет вооруженный конфликт, который продолжается до сих пор.

СОДРУЖЕСТВО НЕЗАВИСИМЫХ ГОСУДАРСТВ — информация на портале Энциклопедия Всемирная история

СНГ.

Международная организация с участием большинства государств, образовавшихся в результате распада СССР. СНГ образовалось 8 декабря 1991 года в соответствии с Беловежскими соглашениями 1991 года.

В соответствии с ними представители трех республик Беларусь, Российская Федерация (РСФСР), Украина образовали СНГ и гарантировали гражданам друг друга равные права, обязались уважать территориальную целостность друг друга и неприкосновенность существующих границ в рамках Содружества, гарантировали открытость границ, свободу передвижения граждан и передачи информации в рамках Содружества. Члены СНГ договорились сохранять и поддерживать под объединенным командованием общее военно-стратегическое пространство, включая единый контроль над ядерным оружием; проводить согласованную политику по вопросам социальной защиты и пенсионного обеспечения военнослужащих и их семей. Была установлена сфера совместной деятельности государств СНГ, реализуемой на равноправной основе через общие координирующие институты Содружества, к которой относятся: координация внешнеполитической деятельности; сотрудничество в формировании и развитии общего экономического пространства, общеевропейского и евразийского рынков, в области таможенной политики; сотрудничество в развитии систем транспорта и связи; сотрудничество в области охраны окружающей среды, участие в создании всеобъемлющей международной системы экологической безопасности; вопросы миграционной политики; борьба с организованной преступностью. Судя по тексту договора об образовании СНГ, его создатели рассчитывали сохранить общее экономическое и даже политическое пространство, но без единого государства – лишь с помощью межгосударственных отношений. Однако без общих полномочных органов это было невозможно.

10 декабря 1991 года Верховные Советы Украины и Белоруссии ратифицировали соглашение о создании СНГ и денонсировали договор 1922 года о создании СССР. 12 декабря Верховный Совет РСФСР ратифицировал Соглашение о содружестве независимых государств и денонсировал договор 1922 года («за» – 188 депутатов, «против» – 6, воздержались – 7), а также постановление о выходе РСФСР из состава СССР («за» – 161, «против» – 3, воздержались – 9). За это решение голосовало не только большинство сторонников Ельцина, но и депутаты-коммунисты, стремившиеся таким образом устранить реформаторское союзное руководство и лично Горбачева от власти. Депутаты предпочли поверить уверениям Б. Ельцина о том, что СНГ – это “формула совместной жизни”.

21 декабря 1991 года в Алма-Ате Декларацию СНГ подписали руководители 11 республик: Российской федерации, Беларуси, Украины, Молдавии, Армении, Азербайджана, Казахстана, Узбекистана, Таджикистана, Туркменистана, Киргизстана. На первой встрече глав государств СНГ в Минске 30 декабря 1991 года было подписано «Временное соглашение о Совете глав государств и Совете глав правительств Содружества Независимых Государств», по которому учреждался высший орган организации, Совет глав государств. В нём каждое государство имеет один голос, а решения принимаются на основе консенсуса.

Однако СНГ не стало эффективным средством решения межгосударственных отношений. После 1991 года бывшие республики СССР пошли разными путями, предпочитая двусторонние соглашения многостороннему сотрудничеству в рамках СНГ. В течение первой половины 90-х годов государства СНГ отказались от многих направлений интеграции, предусмотренных договором о создании СНГ, включая общие стратегические вооруженные силы и согласование внешней и внутренней политики. В декабре 1993 года было ликвидировано главное командование объединенных вооруженных сил государств СНГ.

22 января 1993 года в Минске был принят устав СНГ. Он не был ратифицирован Украиной. В 1993-2009 годах в СНГ участвовала Грузия. От участия в большинстве мероприятий СНГ воздерживается Туркменистан, заявивший о своем нейтральном статусе в 1995 году, и который признает себя ассоциированным членом. Наблюдателями в СНГ являются Монголия и Афганистан (в  парламентской ассамблее).

Высшим органом СНГ является Совет глав государств, заседающий два раза в год. Действует Совет глав правительств, Совет министров иностранных дел, Совет министров обороны, координирующие работу исполнительных органов власти. Были созданы Межпарламентская ассамблея государств – участников СНГ, Экономический суд СНГ. В 1993 году учрежден пост исполнительного секретаря СНГ, создан его аппарат для ведения текущей работы по обеспечения мероприятий СНГ. Действуют различные координационные и консультативные структуры в рамках СНГ, занимающиеся различными аспектами отношений государств СНГ. Действуют такие межгосударственные структуры, как Межгосударственный статистический комитет СНГ и др. В 2000 году по решению Совета глав государств был создан Антитеррористический центр СНГ.

В рамках СНГ формируются объединения государств с более тесным сотрудничеством. В 1999 году возникло Союзное государство Беларуси и России. 7 октября 2002 года Армения, Беларусь, Казахстан, Киргизия, Российская федерация, Таджикистан создали Организацию Договора о коллективной безопасности, которая обеспечивает военное и антитеррористическое сотрудничество этих стран. В 2001 году было создано Евразийское экономическое сообщество с участием Российской федерации, Беларуси, Казахстана, Таджикистана, Киргизстана, а в 2006-2008 годах – и Узбекистана. В 2006 году был создан таможенный союз России, Беларуси и Казахстана. 18 октября 2011 года было подписано соглашение о зоне свободной торговли с участием Российской федерации, Беларуси, Украины, Молдавии, Армении, Казахстана, Таджикистана, Киргизстана. В 2012 году было создано более узкое Единое экономическое пространство (без Украины, Молдавии и Таджикистана). С 1 января 2015 года на основе таможенного союза и единого экономического пространства стал действовать Евразийский экономический союз.

 

 

последний декабрь Союза. 21 декабря 1991 года :: Политика :: РБК

21 декабря 1991 года в Алма-Ате было подписано соглашение, расширившее состав СНГ с трех до 11 членов. Документ практически ставил точку в истории СССР, конец которого теперь просто предстояло оформить де-юре. Хроника дня — в обзоре РБК

Президент Российской Федерации Борис Ельцин и президент Республики Казахстан Нурсултан Назарбаев во время встречи на аэродроме в Алма-Ате. 21 декабря 1991 года ​ (Фото: Бабушкин А., Сенцов Александр/Фотохроника ТАСС)

Итоги встречи в Алма-Ате

Конференция в Алма-Ате, которая должна была ответить на большинство вопросов о судьбе как СССР, так и нового Содружества Независимых Государств, прошла более чем успешно. Перед началом встречи до конца не было полной уверенности насчет того, каким окажется новый, расширенный состав СНГ: многие предполагали, что в него войдет от восьми до десяти республик.

В итоге декларацию подписали лидеры 11 стран: в последний момент к ним присоединился Азербайджан. Из бывших союзных республик в состав СНГ не захотели войти лишь четыре: Латвия, Литва, Эстония и Грузия.

В состав СНГ вошли Азербайджан, Армения, Белоруссия, Казахстан, Кыргызстан, Молдавия, Россия, Таджикистан, Туркменистан, Узбекистан и Украина.

В ходе встречи в Алма-Ате, отмечалось в российской прессе, удалось преодолеть «неловкость» в отношениях «минской тройки», подписавшей Беловежские соглашения, и «ашхабадской пятерки» (Казахстан и страны Средней Азии), которая подключилась к работе по созданию СНГ позднее. Итоговая декларация была принята, по сути, на условиях азиатских республик, которые требовали, чтобы все республики вошли в состав содружества на равноправных условиях.

Следующую встречу в рамках СНГ главы государств наметили на 30 декабря 1991 года, местом для нее был выбран Минск.

Соглашение о создании СНГ («Беловежское соглашение»). Справка

На основе итогов всесоюзного референдума уполномоченной центральными и республиканскими властями рабочей группой в рамках так называемого новоогаревского процесса весной‑летом 1991 г. был разработан проект по заключению договора федерации «О Союзе Суверенных Республик», подписание которого было назначено на 20 августа. Но оно так и не состоялось из‑за попытки государственного переворота, предпринятой консервативным крылом высшего руководства СССР 19‑21 августа 1991 года.

В сентябре 1991 г. СССР признал независимость Литвы, Латвии и Эстонии.
Осенью 1991 г. рабочей группой ново‑огаревского процесса был подготовлен новый проект Союзного договора по созданию «Союза Суверенных Государств» как конфедерации независимых государств. Его предварительное подписание должно было состояться 9 декабря.

1 декабря 1991 г. на референдуме более 80% населения Украины высказалось за независимость своего государства.
8 декабря президенты России и Украины Борис Ельцин и Леонид Кравчук, а также председатель Верховного Совета Белоруссии Станислав Шушкевич в правительственной резиденции «Вискули» в Беловежской пуще (Белоруссия) подписали Соглашение, в котором заявили о прекращении существования СССР и провозгласили создание Содружества Независимых Государств.

В документе была подтверждена приверженность принципам Устава ООН, Хельсинкского Заключительного акта, других международных обязательств. В Соглашении говорится, что с момента его заключения на территориях подписавших его стран не допускается применение норм третьих государств, в том числе бывшего СССР, а деятельность союзных органов власти прекращается. Стороны обязались «развивать равноправное и взаимовыгодное сотрудничество своих народов и государств в области политики, экономики, культуры, образования, здравоохранения, охраны окружающей среды, науки, торговли, в гуманитарной и иных областях, содействовать широкому информационному обмену».

В Соглашении подчеркнута неприкосновенность существующих границ в рамках Содружества, заявлены гарантии их открытости и свободы передвижения граждан.

В статьях, касающихся проблем военного строительства и обороны, государства‑учредители зафиксировали свою готовность активно сотрудничать в «обеспечении международного мира и безопасности, осуществлении эффективных мер сокращения вооружений и военных расходов», подтвердили стремление к «ликвидации всех ядерных вооружений, всеобщему и полному разоружению под строгим международным контролем». Стороны заявили, что «будут сохранять и поддерживать под объединенным командованием общее военно‑стратегическое пространство, включая единый контроль над ядерным оружием», а также «совместно гарантируют необходимые условия размещения, функционирования, материального и социального обеспечения стратегических вооруженных сил».

В Соглашении содержался перечень основных направлений совместной деятельности, которую страны намерены осуществлять через общие координирующие институты: координация внешнеполитической деятельности, сотрудничество в формировании общего экономического пространства, в области таможенной политики, развитии систем транспорта и связи, в области охраны окружающей среды, борьбы с преступностью.

Соглашение было объявлено открытым для присоединения к нему всех республик бывшего СССР и иных государств, разделяющих цели и принципы этого документа.

Руководители стран в дополнение к основному документу встречи подписали заявление, в котором констатировали, что «переговоры о подготовке нового Союзного Договора зашли в тупик, объективный процесс выхода республик из состава Союза ССР и образования независимых государств стал реальным фактором». Главы трех государств подчеркнули, что на образование Содружества Независимых Государств они решились, «осознавая ответственность перед своими народами и мировым сообществом и назревшую потребность в практическом осуществлении политических и экономическх реформ».

Соглашение, заключенное в Беловежской пуще, не оставляло места для союзной формы государственного устройства на территории СССР. В последовавшем после его подписания заявлении президент СССР Михаил Горбачев квалифицировал действия руководителей трех республик как антиконституционные. Сами участники Беловежского соглашения отвергали обвинения в разрушении СССР.

10 декабря 1991 г. соглашение было ратифицировано Верховными Советами Украины и Белоруссии, 12 декабря – Верховным Советом РСФСР.

21 декабря 1991 г. в Алма‑Ате руководители 11 из 15 бывших союзных республик (кроме Литвы, Латвии, Эстонии и Грузии) подписали Протокол к Соглашению о создании СНГ от 8 декабря, согласно которому Азербайджан, Армения, Молдавия, Казахстан, Киргизия, Узбекистан, Туркменистан и Таджикистан присоединились к Содружеству Независимых Государств в качестве его учредителей на равноправных началах. В тот же день руководители 11 государств подписали также Алма‑Атинскую декларацию, в которой были подтверждены основные цели и принципы СНГ.

Вступление в СНГ Грузии было оформлено решением глав государств от 3 декабря 1993 г., принятым в связи с обращением главы грузинского государства Эдуарда Шеварднадзе от 8 октября 1993 г. 12 августа 2008 г. президент Грузии Михаил Саакашвили заявил о выходе страны из СНГ. 18 августа 2009 г. завершилась формальная процедура выхода Грузии из СНГ.

В августе 2005 г. Туркмения вышла из действительных членов СНГ и получила статус ассоциированного члена‑наблюдателя.

Из республик бывшего СССР в СНГ не вошли Латвия, Литва, Эстония.
(Дополнительный источник: Содружество Независимых Государств: портрет на фоне перемен. Минск, 1996 год)

Материал подготовлен на основе информации открытых источников

Распад СССР. Образование Содружества Независимых Государств

Предпосылки распада СССР.

1) Глубокий социально-экономический кризис, охвативший всю страну. Кризис привел к разрыву экономических связей, породил у республик стремление «спасаться в одиночку».

2) Разрушение советской системы — резкое ослабление центра.

3) Распад КПСС.

4) Обострение межнациональных отношений. Национальные конфликты подорвали государственное единство, став одной из причин разрушения союзной государственности.

5) Республиканский сепаратизм и политическая амбициозность местных лидеров.

Распад КПСС, цементирующей силы политической системы, всей союзной государственности шел не только по идейной, но и по национальной линии:

а) конец 1989-1990 гг. — выход из КПСС прибалтийских компартий.

б) 1990 г. — создание КП РСФСР (в составе КПСС).

в) 1990-1991 гг. — многопартийность. В январе 1991 г. в Харькове проходит Демократический конгресс (47 партий и движений из 12 республик), который предложил выразить недоверие правительству и президенту, бойкотировать референдум 17 марта и распустить СССР.

Ослабление власти советов — следующий этап ослабления центра.

Национальные конфликты — » разбегание» республик, парад суверенитетов:

а) 1988 г. — оппозиция в Прибалтике берет курс на выход из СССР. «Саюдис» в Литве, фронты в Латвии и Эстонии (позднее они победят на выборах).

б) 1988 г. — начало армяно-азербайджанского конфликта по поводу принадлежности Нагорного Карабаха. Большие жертвы, свыше 800 тыс. беженцев. Беспомощность союзных структур.

в) 1990 г. — республики принимают Декларацию о суверенитете (в том числе и Россия), заявляют о преимуществе своих законов перед союзными. Первой была Литва — 11 марта 1990 г. объявившая о суверенитете в нарушении закона СССР о порядке выхода республик из СССР.

Демократическим путем удержать власть союзный центр уже не может и прибегает к военной силе: Тбилиси — сентябрь 1989 г., Баку — январь 1990 г., Вильнюс и Рига — январь 1991 г., Москва — август 1991. Кроме того — межнациональные конфликты в Средней Азии (1989-1990 гг.): Фергана, Душанбе, Ош и др.

Последней каплей, подтолкнувшей партийно-государственное руководство СССР к выступлению, была угроза подписания нового Союзного договора, который был выработан в ходе переговоров представителей республик в Ново- Огарево.

Новоогаревский процесс:

1990-1991 гг. — обсуждение нового Союзного договора (первый вариант: широкие полномочия республик при сохранении единого государства).

17 марта 1991 — Всесоюзный референдум: 76,4 % голосовавших высказываются за сохранение СССР.

23 апреля 1991 г. в Ново-Огарево состоялись переговоры Горбачева с руководителями девяти союзных республик по вопросу о новом союзном договоре. Все участники переговоров поддержали идею создания обновленного Союза и подписания такого договора. Его проект предусматривал создание Союза суверенных государств (ССГ), как демократической федерации равноправных советских суверенных республик. Намечались перемены в структуре органов власти и управления, принятие новой Конституции, изменение избирательной системы. Подписание договора было назначено на 20 августа 1991 года.

Некоторые из республик отказались подписывать даже этот достаточно либеральный договор и объявили о создании независимых государств (Литва, Латвия, Эстония, Молдова, Грузия и Армения).

Августовский путч 1991 г. и его провал.

Август 1991 г. — Горбачев находился на отдыхе в Крыму. На 20 августа было намечено подписание нового Союзного договора.

18 августа ряд высших должностных лиц СССР предлагают Горбачеву ввести чрезвычайное положение на территории всей страны, но получают с его стороны отказ.

Чтобы сорвать подписание Союзного договора и сохранить свои властные полномочия, часть высшего партийно-государственного руководства попыталась захватить власть. 19 августа в стране было введено чрезвычайное положение (на 6 месяцев). На улицы Москвы и ряда других крупных городов были введены войска.

Возглавил переворот Государственный комитет по чрезвычайному положению (ГКЧП), который взял в свои руки всю полноту власти в стране (Янаев, Павлов, Крючков, Пуго, Язов, Стародубцев и др.).

В обращении к стране говорилось о невозможности Горбачева — в связи с состоянием здоровья — исполнять президентские обязанности. Было объявлено о стремлении восстановить порядок в стране и предотвратить развал Союза.

Почти все центральные газеты, за исключением «Правды», «Известий», «Труда» и некоторых других, были запрещены, прекратили работу все каналы Центрального телевидения, за исключением 1-й программы, и почти все радиостанции. Деятельность всех партий, кроме КПСС, была приостановлена.

Основным политическим соперником ГКЧП было руководство РСФСР. Именно против него и был направлен основной удар. Вокруг здания Верховного Совета РСФСР («Белого дома») были сконцентрированы войска, которые должны были занять здание, разогнать парламент и арестовать наиболее активных его участников.

Но переворот не удался. Население страны в основном отказалось поддерживать ГКЧП, армия же не захотела применять силу против своих граждан. Уже 20 августа вокруг «Белого дома» выросли баррикады, на которых находилось несколько десятков тысяч человек, а часть воинских подразделений перешла на сторону обороняющихся. Сопротивление возглавил президент России Б.Н.Ельцин. Действия ГКЧП весьма негативно были восприняты за рубежом, откуда сразу прозвучали заявления о приостановке помощи СССР.

Переворот был крайне плохо организован, отсутствовало деятельное оперативное руководство. Уже 22 августа он потерпел поражение, а сами члены ГКЧП были арестованы. Министр внутренних дел Пуго застрелился.

Главной причиной провала государственного переворота являлась решимость масс защитить свои политические свободы.

Заключительный этап распада СССР. (сентябрь — декабрь 1991 гг.).

Попытка государственного переворота резко ускорила распад СССР, привела к утрате Горбачевым авторитета и власти, к заметному усилению популярности Ельцина. Деятельность КПСС была приостановлена, а затем прекращена. Горбачев оставил пост Генерального Секретаря ЦК КПСС и распустил ЦК. В последовавшие за путчем дни 8 республик заявили о своей полной независимости, а три Прибалтийские республики добились признания со стороны СССР. Произошло резкое сокращение компетенции КГБ, было объявлено о его реорганизации.

1 декабря 1991 г. более 80 % населения Украины высказалось за независимость своей республики.

8 декабря 1991 г. — Беловежское соглашение (Ельцин, Кравчук, Шушкевич): было заявлено о прекращении действия Союзного договора 1922 г. и об окончании деятельности государственных структур бывшего Союза. Россия, Украина и Белоруссия достигли договоренности о создании Содружества Независимых Государств (СНГ). Три государства приглашали все бывшие республики вступить в СНГ.

21 декабря 1991 г. — на встрече в Алма-Ате, куда, как и на предыдущую встречу, Горбачев приглашен не был, к СНГ присоединились 8 республик. Была принята Декларация о прекращении существования СССР и о принципах деятельности СНГ. 25 декабря Горбачев объявил о сложении с себя функций президента в связи с исчезновением государства. В 1994 г. в СНГ вошли Азербайджан и Грузия.

15 мая 1992 г. в Ташкенте был подписан Договор о коллективной безопасности стран-членов СНГ (его подписали 6 стран, позднее к договору присоединились Белоруссия, Киргизия и Грузия).

В 1992 г. начался вывод российских войск из стран ближнего зарубежья: Прибалтики, Грузии, Молдовы, Таджикистана и Армении. Вместе с тем военные конфликты, разгоревшиеся в ряде республик бывшего СССР (Грузия, Молдова, Таджикистан), вынудили российское руководство оставить на их территории часть своих войск в качестве миротворческих сил.

После прихода в конце 1995 г. к руководству МИД РФ Е.М. Примакова отношения России со странами СНГ стали более плодотворными. 29 марта 1996 г. между Россией, Белоруссией, Казахстаном и Киргизией был подписан Договор об урегулировании интеграции в экономической и гуманитарной областях. В мае 1997 г. Россия и Украина подписали Договор о дружбе, сотрудничестве и партнерстве.

2 апреля 1996 г. в Москве был подписан «Договор об образовании Сообщества Белоруссии и России», который предусматривал воссоздание в 1996- 1997 гг. единого экономического и финансового пространства. 2 апреля 1997 г. Сообщество было преобразовано в Союз России и Белоруссии, а 23 мая подписан Устав Союза. 8 декабря 1999 г. был подписан «Договор о создании союзного государства», который 22 декабря 1999 г. был принят Государственной Думой и 2 января 2000 г. ратифицирован и.о. Президента России В.В. Путиным.

За период существования СНГ подписано более 900 принципиальных нормативно-правовых актов. Они касались единого рублевого пространства, открытости границ, обороны, космоса, информационного обмена, безопасности, таможенной политики и т.д. Руководители стран проводили регулярные встречи. Однако интеграционные процессы имеют свои особенности и определенные трудности. Начиная с середины 1999 г., руководство Грузии, Азербайджана и Узбекистана государственные проблемы предпочитают решать путем расширения сотрудничества с США и странами НАТО.

Основные проблемы СНГ:

а) Проблема экономического союза: в 1993 г. распалась единая рублевая зона. Сокращается экспорт российской нефти в СНГ (страны СНГ должны России около 9 млрд. $). Не удается в полном объеме восстановить экономические связи.

б) Проблема новых границ.

в) Проблема соотечественников за рубежом.

г) Проблема военно-политической нестабильности в некоторых странах (Таджикистан, Молдова, Грузия, Украина).

д) Гуманитарные проблемы (языковые и другие).

е) Российско-Украинские отношения: проблемы Черноморского флота, Крыма, статуса Севастополя, долгов и т.д.

ж) Проблема расширения межгосударственных экономических связей.

Перспективы СНГ:

Тенденция к существенному углублению интеграции государств-членов СНГ, Полное уважение суверенитета, принципов добровольности и взаимной выгоды. Расширение межгосударственного сотрудничества в экономических, политических, военных, научных, культурных и др. областях.

Рекомендуем прочитать:

Конспект по истории России

25 лет без СССР: к чему привела постсоветская дез/интеграция?

Аналитическая записка № 1 / 23.01.2017

Андрей Русакович

Существуют различные оценки и подходы относительно событий 1991 года, которые привели к прекращению существования СССР. Например, сторонники одного подхода считают, что распад СССР являлся объективным процессом и завершением сложного периода трансформации советского государства. Представители второго направления определяют процессы 1991 года в таких категориях, как «геополитическая катастрофа», «развал (ликвидация) великой страны», «беловежская трагедия», подчеркивая роль субъективных и внешних факторов в происходивших событиях. Распад СССР и создание СНГ можно оценивать также в контексте глобальных изменений мировой системы в ХХ веке и, в частности, рассматривать как проявление тенденции разрушения империй.

Различные оценки наблюдаются и относительно перспектив и особенностей развития региональных объединений постсоветского пространства: Евразийского экономического союза, Союзного государства Беларуси и России, Организации Договора о коллективной безопасности, Содружества Независимых Государств. Предметом дискуссий является выбор Молдовы, Грузии, Украины в контексте стремления к участию в европейской интеграции и евроатлантических структурах, нейтральный статус Азербайджана, Туркменистана, Узбекистана. В качестве объектов обсуждения выступают концепции взаимодействия постсоветских государств (регионального порядка): «постсоветского пространства» (термин охватывает 12 государств – бывших союзных республик СССР: Армения, Азербайджан, Беларусь, Грузия, Казахстан, Кыргызстан, Молдова, Таджикистан, Туркменистан, Россия, Узбекистан, Украина), «русского мира», «ближнего зарубежья», «евразийской интеграции», «большой Евразии», «интеграции интеграций» и др. Одной из важных задач экспертного сообщества является совмещение дезинтеграционного и интеграционного дискурса при рассмотрении региональных процессов.

Наследие СССР в постсоветских реалиях

Союз Советских Социалистических Республик был создан в 1922 году как федеративное государство на основе объединения четырех социалистических стран и к моменту распада включал 15 республик. В 1920-30-х годах он сформировался и развивался как политическая единица, внешняя и внутренняя политика которой существенно отличалась от традиционных государств своего времени. Геополитическая идея, заложенная при  создании СССР, была направлена на достижение мировой гегемонии путем создания мировой Социалистической Советской Республики. В период Второй мировой войны внешнеполитические концепции СССР эволюционировали в направлении традиционного вестфальского порядка и содействовали формированию биполярного мира в послевоенный период, в котором советское государство (прежде всего с учетом военно-политической мощи) заняло место одной из двух сверхдержав. Советская социалистическая модель развития в 1950-70-х годах привлекла внимание политических элит государств Азии, Африки, Латинской Америки и при помощи СССР была воспроизведена в ряде стран Центральной и Восточной Европы.

Внутренняя политика, основанная на принципах монополии одной партии на политическую власть, доминировании государственной собственности, ликвидации частной инициативы, милитаризации и закрытости экономики, не смогла в полной мере обеспечить общественный и экономический прогресс и стать конкурентоспособной в мировом масштабе. Вместе с тем принципы государственного регулирования в экономической и общественной сферах, идеи социальной справедливости, сформировавшиеся в советское время, популярны в постсоветских обществах. К тому же, опыт  правящих элит во многих государствах постсоветского пространства сложился в условиях советской действительности, которая, помимо прочего, обеспечивала также и стабильность нахождения у власти. Как представляется, наиболее устойчивым сегментом советского наследия является мировоззрение значительной части поколения (старше 40 лет), которое сформировалось в условиях бывшего СССР.

Распад СССР привел к изменению мирового биполярного порядка, снижению значения постсоветских государств в общемировой повестке, доминированию либерально-демократических подходов в глобальных экономических процессах. В общественном сознании многих людей (в первую очередь в России) крах СССР как сверхдержавы заложил основы стремления к восстановлению «великой страны» (эти идеи востребованы в различных форматах).

Особенности дезинтеграции СССР и становления независимых государств

Дезинтеграция СССР имела свои особенности, связанные как со спецификой социалистического государства, так и с международной и региональной ситуацией.

Во-первых, оформление «революционным путем» распада СССР и создания СНГ в период 8–25 декабря 1991 года сразу же заложило сложности:

  • контуры будущего объединения не были результатом широкого общественного обсуждения, а сложились в результате кулуарного соглашения узкого круга руководства трех республик;
  • вне процесса в первые две недели оказались другие республики СССР, что создало угрозу формирования альтернативного Центрально-азиатского союза;
  • не была подготовлена правовая база распада СССР;
  • международное сообщество оказалось не готовым к подобным резким изменениям на пространстве Советского Союза.

Во-вторых, процесс дезинтеграции осуществлялся в условиях системного кризиса прежней социально-экономической и политической модели и проведения кардинальных реформ в различных сферах: политической (демократизация, формирование многопартийной системы, преобразование государственного механизма), социально-экономической (формирование основ рыночной экономики), общественной (изменение мировоззрения). Как представляется, трансформационные процессы, которые начались в государствах в процессе/после распада СССР и были направлены на формирование национальной государственности, устойчивой экономической и политической системы, не завершены. Указанные факторы в результате привели к снижению экономического, политического, демографического, культурного потенциала государств региона.

В-третьих, становление государственности бывших республик СССР также являлось серьезным вызовом для региона: определение национальных интересов, в основу которых были положены концепции исторических национальных государств, формирование государственных институтов, правовой системы, интеграция в международное сообщество. Новым государствам пришлось решать сложные задачи, связанные с формированием межгосударственных отношений с соседями – бывшими советскими республиками, проблемой правопреемства и раздела собственности СССР, разрешения конфликтных ситуаций.

В-четвертых, «революционный» путь распада СССР и конструирование государственности на основе территориально-административного устройства СССР сформировали непреодолимые узлы противоречий в ряде регионов, которые нашли свое выражение в межгосударственных конфликтах (Азербайджан–Армения, Россия–Украина), создании непризнанных/частично признанных политических единиц (Приднестровская Молдавская Республика, Республика Абхазия, Республика Южная Осетия, Нагорно-Карабахская Республика, Донецкая Народная Республика, Луганская Народная Республика), этнических, конфессиональных противоречиях и конфликтах.

В-пятых, распад единого рынка (параллельно с незавершенностью рыночных реформ) привел к росту этатизма, ослаблением и снижением конкурентоспособности национальных экономик. Например, доля стран СНГ в мировом ВВП в настоящее время, по разным оценкам, составляет около 3%, что не позволяет активно влиять на тенденции мирового развития.

В-шестых, процесс дезинтеграции привел к образованию на постсоветском пространстве ряда регионов: Россия, государства Восточной Европы (Беларусь, Молдова, Украина), Южного Кавказа (Азербайджан, Армения, Грузия), Центральная Азия (Казахстан, Киргизия, Таджикистан, Туркменистан, Узбекистан). С точки зрения геополитических предпочтений также сформировалось несколько групп государств. Первую группу составляют страны, которые реализуют интеграционные проекты, созданные в рамках СНГ при ведущей роли Российской Федерации (Армения, Беларусь, Казахстан, Кыргызстан, Таджикистан, Россия). Вторую группу составляют т. н. «нейтральные» государства – Азербайджан, Туркменистан, Узбекистан. Третья группа государств представлена Грузией, Молдовой, Украиной, в основу внешнеполитической ориентации которых положено стремление к участию в евроатлантических и европейских структурах. Дальнейшая регионализация и фрагментация региона, российско-украинский конфликт – все это позволяет утверждать о начале распада постсоветского пространства.

В-седьмых, в процессе дезинтеграции выявились цивилизационные различия стран постсоветского пространства, территории которых входят/находятся на границе православной, исламской, западной цивилизаций, что также является причиной сложных межгосударственных отношений.

Перечисленные факторы свидетельствуют о сложности задач, решаемых постсоветскими государствами. В результате в постсоветском регионе не сложилось эффективной системы безопасности и сотрудничества, которая гарантирует стабильность и устойчивое развитие.

Интеграция на постсоветском пространстве: модели, формы, достижения, сложности, перспективы

Проблема сохранения СССР как единой экономической, политической, цивилизационной общности была одной из основных в ходе политической борьбы в советском обществе во второй половине 1980-х – 1991 годах. Однако предлагавшиеся в тот период проекты обновления/трансформации СССР как федерации/конфедерации в силу множества причин объективного и субъективного плана потерпели неудачу.

Создание СНГ, становление новых государств объективно обозначили принципиально новый момент – переход к межгосударственной интеграции на основе универсальных принципов. Для успешной реализации интеграционных проектов необходим ряд факторов: географическая близость государств, стабильное экономическое и политическое развитие, сходство политических систем, общественная поддержка, культурная однородность, историческая общность, сравнимые формы экономических систем, близкий уровень военного развития, общие задачи в области внешней политики, наличие опыта сотрудничества. Далеко не все эти факторы присутствуют на постсоветском пространстве. В частности, фактор России как регионального лидера объективно создает диспропорции при формировании любых интеграционных структур.

В начале 1990-х годов у постсоветских элит не было большого выбора моделей интеграции. Во-первых, был пример СССР как единого централизованного государства с жесткими вертикальными структурами управления, возвращения к которым опасались во всех столицах СНГ.  Во-вторых, существовал пример Европейских сообществ/Европейского союза как эффективного межгосударственного объединения, основанного на принципах рыночной экономики, демократии, правового государства, для вступления в которое требовалось соответствие определенному набору критериев. Путь интеграции в ЕС однозначно избрали Латвия, Литва, Эстония, рассматривавшие нахождение в составе СССР как «период оккупации» и осуществившие необходимые реформы в течение 1990-х годов.

Возможность участия в европейской интеграции в качестве стратегического выбора рассматривалась политическими элитами постсоветских государств Восточной Европы и Южного Кавказа. Однако для реализации этой идеи и осуществления необходимых реформ требовались время и промежуточные международные статусы (нейтралитет, создание переходных структур типа ГУАМ). Расширение ЕС 2004 году и начало реализации Европейской политики соседства/«Восточного партнерства» в 2004-9 годах сформировало институциональную и правовую основу для расширенного взаимодействия шести государств постсоветского пространства с Европейским союзом. Подписание в 2014 году Грузией, Молдовой и Украиной Соглашений об ассоциации с Европейским союзом определили качественно новый уровень сближения этих стран с ЕС.

Третий путь – интеграция в рамках межгосударственных образований постсоветского пространства. В этом отношении государства прошли ряд этапов. Попытки интеграции с использованием рамочных возможностей СНГ (Экономический союз 1993 года и другие) оказались неосуществимыми в силу недостаточной проработанности, взаимного недоверия политических элит, отсутствия политической воли и т.д. К настоящему времени в рамках СНГ достигнут начальный уровень экономической интеграции – создание Зоны свободной торговли, формируемой с 2012 года Арменией, Беларусью, Казахстаном, Кыргызстаном, Молдовой, Таджикистаном, Россией, Узбекистаном, Украиной (в январе 2016 г. Россия в одностороннем порядке приостановила действие соглашения в отношении Украины, а Украина – в отношении России).

В середине 1990-х годов российское руководство с учетом опыта ЕС и СНГ предложило концепцию «разноскоростной интеграции» для государств СНГ, для которых взаимодействие с РФ было жизненно необходимым. Этот сложный процесс имел несколько форматов: «опережающий» – создание Союзного государства Беларуси и России, и «сбалансированный», основанный на идее евразийской интеграции и применении универсальных принципов. Проект Союзного государства предполагал создание «образца» для постсоветской интеграции с перспективой формирования федеративного государства, его реализация привела к большей координации действий двух стран в различных сферах, укреплению таможенного союза двух стран, усилению военно-политической составляющей. Однако в целом проект не стал «ядром» нового регионального объединения. Создание Таможенного союза/Единого экономического пространства/Евразийского экономического сообщества/Евразийского экономического союза Армении, Беларуси, Казахстана, Кыргызстана, России, Таджикистана осуществлялось поэтапно с учетом международного и постсоветского опыта на основе принципов ВТО.

Проект ЕАЭС представляется сегодня наиболее перспективным и проработанным. В настоящее время эффект от участия в нем основан на т.н. «первичных эффектах интеграции». Экспертами высказываются как оптимистичные, так и критические мнения относительно перспектив ЕАЭС. В военно-политическом плане это экономическое объединение опирается на ОДКБ. Конфликт России и Запада, падение экономик государств региона вследствие снижения мировых цен на углеводороды, противоречия между странами-участниками, затягивание формирования таможенного союза и единого экономического пространства – все это делает проект ЕАЭС сложной задачей.

В последние годы выявилась возможность реализации иных интеграционных проектов с участием постсоветских государств, в том числе и предлагаемых внешними игроками. Среди них проекты, инициированные Китаем (Экономический пояс Шелкового пути), Турцией (концепция интеграции Тюркского мира), Ираном (модель «образцового исламского общества»). В политических и экспертных кругах России в последнее время активно продвигается идея «Большой Евразии» – концепция субрегионального порядка, предусматривающая опору на Шанхайскую организацию сотрудничества и крупнейшие государства евразийского континента, основным принципом которой является принцип признания многообразия политических систем.

До президентских выборов ноября 2016 года в США на уровне экспертов активно рассматривались возможности участия постсоветских государств в т.н. «мегапартнерствах» – Транстихоокеанском партнерстве (12 государств АТР), Трансатлантическом торговом и инвестиционном партнерстве (США и государства ЕС). Представляются перспективными идеи сопряжения Евразийской интеграции и Экономического пояса Шелкового пути (продвигается российскими политическими и экспертными кругами), «интеграции интеграций» (продвигается белорусским руководством и направлена на создание системы взаимодействия между ЕАЭС и ЕС), участия в Региональном всестороннем экономическом партнерстве (16 государств АТР). Теоретически актуальным остается проект «Большой Европы»/сообщества экономик «от Лиссабона до Владивостока».

Выводы и рекомендации

Постсоветское пространство представляет собой сложный в политическом и экономическом отношениях регион, государства которого не смогли завершить формирование эффективной системы безопасности и региональных отношений. Стремление стран региона к участию в различных проектах интеграции является одной из причин нестабильности и конфликтов. Для минимизации напряженности необходимо выстраивать систему взаимодействия между интеграционными объединениями (например, ЕС-ЕАЭС) с выработкой общих полей сотрудничества.

Несмотря на существенные различия стран постсоветского региона, здесь продолжают действовать объединяющие факторы: общее историческое прошлое, менталитет, русский язык/культура, рамочные структуры сотрудничества. Вследствие этого государства региона сохраняют потенциал взаимодействия, и одной из актуальных задач является выработка нового формата региональных отношений, который обеспечит безопасность стран и укрепит многосторонний и двусторонний треки взаимодействия.

Действующие региональные интеграционные структуры сотрудничества обладают некоторой степенью устойчивости, основанной на учете особенностей и национальных интересов государств-участников. Для укрепления их перспектив необходимо углублять и расширять взаимодействие  постсоветских государств и других международных акторов в глобальных и региональных международных объединениях на основе универсальных принципов (ООН, ОБСЕ и др.), содействовать вовлеченности стран региона в новые проекты (мегапартнерства) с включением большинства государств/региональных объединений евразийского континента.

Интеграционный контекст для Беларуси в настоящее время формируется под воздействием конфликта между Россией и Западом, спада экономик государств-партнеров по интеграционным объединениям, необходимости выравнивания экономического развития региона. Совмещение геополитического, цивилизационного и интеграционного выбора в новых условиях требует взвешенного внешнеполитического позиционирования, связанного с наращиванием уровня вовлеченности страны в международные процессы, укрепления и прагматизации отношений с основными партнерами в регионе. 

 


Андрей Русаковичдоктор исторических наук. Заведующий кафедрой дипломатической и консульской службы факультета международных отношений БГУ. Председатель правления Центра изучения внешней политики и безопасности (Беларусь).

«Грани времени» с Мумином Шакировым. Почему статья Путина пахнет войной?

На этой неделе на официальном сайте Кремля была опубликована статья Владимира Путина «Об историческом единстве русских и украинцев». Русские и украинцы – один народ, попытался убедить обе страны президент России. Современную Украину он считает «детищем советской эпохи» и называет «беднейшей страной Европы», а попытки Киева уйти от влияния Москвы связывает с внешним давлением Запада. В статье российский лидер семь раз употребляет понятие «анти-Россия». Именно в нее, как он считает, условный Запад хочет превратить «братскую» Украину.

Мумин Шакиров обсуждает эту и другие темы и подводит итоги 28-й недели 2021 года с российским политиком, депутатом Государственной думы и директором Института стран СНГ Константином Затулиным; украинским политологом, главой Центра прикладных политических исследований «Пента» Владимиром Фесенко и эпидемиологом, доктором медицинских наук профессором НИУ ВШЭ Василием Власовым.

Видеоверсия программы

Украина не Россия, Путин не историк

Мумин Шакиров: Уже семь с половиной лет украинская тема остается одной из самых обсуждаемых и самых острых в России. Статья Путина вызвала бурную дискуссию. Кто-то принял ее с восторгом, кто-то – уничижительно. В чем сходятся, а в чем расходятся взгляды на статью российского лидера в России и Украине? Понять это мне помогут: с российской стороны – Константин Затулин, с украинской – Владимир Фесенко.

Константин Федорович, сблизит ли статья Путина украинский и русский народы? Или этот исторический экскурс не ставил такую задачу, а наоборот, в нем предъявлены претензии Киеву?

Константин Затулин

Константин Затулин: Обращаю ваше внимание на то, что Путин призывает к нахождению общего, притом что мы все представляем, что есть много разного и в истории, и в конкретном характере, и тем более в сегодняшнем политическом состоянии Украины и России. И конечно же, те на Украине, кто хотел бы восстановления отношений, кто хотел бы уйти от конфронтации (а это немалое число людей), безусловно, увидели в статье Путина предложение сотрудничать, продолжить разговор о единстве, об общих целях, интересах. Те, кто этого не хочет, кто сделал ставку на превращение многонациональной Украины в моноэтническое государство, конечно же, недовольны. Они никоим образом не поддерживают идею, которую заложил в эту статью Владимир Путин.

Мумин Шакиров: Владимир Вячеславович, министр обороны России Сергей Шойгу поручил изучать статью президента на занятиях по военно-политической подготовке. Не пахнет ли это послание Путина новой войной в Донбассе?

Владимир Фесенко

Владимир Фесенко: Боюсь, что не только это. Конечно, это тоже настораживает. Но сама ситуация, когда Путин обращает особое внимание на Украину, конечно, вызывает у нас тревогу. Явно чего-то надо ждать. Дай бог, если все ограничится только идеологической войной. А с учетом военно-политической подготовки, вдруг это идеологическая преддверие новой агрессии против Украины? Конечно, в статье много елея, якобы добрых слов в адрес Украины. Но мы же знаем и дела 14-го года. А некоторые плохие дела – я имею в виду агрессию на Донбассе – продолжаются и по сей день. Украинские военнослужащие гибнут каждую неделю. И про Крым мы не забыли. Дела России в корне противоречат словам статьи Владимира Путина. Да и в самой статье есть намеки: «Если не захотите дружить на наших условиях, то вам будет очень плохо. С чем пришли, с тем и должны уйти», – прямо написано в этой статье. Сделан откровенный намек на территориальные претензии и на несогласие с границами 91-го года.

Мумин Шакиров: Цитата Путина: «Украина находится под внешним управлением Запада. И единственное, для чего Америке и Европе нужна Украина, – это торговля русофобией». Почему Владимир Путин так не уважает противника, выставляя его примитивным оппонентом?

Константин Затулин: Как реальный политик, как президент страны, находящийся на своем посту не первый год, Владимир Путин прошел через разные периоды взаимоотношений с Украиной. Он был президентом в то время, когда на киевском престоле менялись Кучма, Ющенко, Янукович, Порошенко и, наконец, Зеленский. Это должно заставить относиться как минимум со вниманием к его выводам. Украина, не скрывая, полагается исключительно на то, что Россию накажут, отказавшись от ее газа, который на самом деле Украине не принадлежит, по ее территории не транспортируется. Все это нужно сделать потому, что Запад должен поддержать Украину. Украина, в свою очередь, готова проводить политику таким образом, чтобы это было угодно Западу, даже когда это противоречит ее собственным интересам. Я не говорю о России, о реляциях сокращения товарооборота, которое разрушило добрую часть украинской промышленности. Можно сколько угодно говорить о том, как независима Украина, но реальность, с которой сталкивается реальный политик, демонстрирует, что страна очень зависима и фактически живет ожиданием то разговора Зеленского с Байденом, то разговора Зеленского с Путиным, то разговора Зеленского с Меркель. А собственные возможности развиваться без конфликта она все больше утрачивает, потому что идет по порочному пути – разделения на коренные и некоренные народы, установления государственного языка, на котором принято говорить и писать, но при этом большая часть населения продолжает использовать русский. А его-то признать в качестве легитимного, законного языка на Украине не готовы с самого начала украинской независимости.

У России на словах – дружба, призывы совместно развиваться, а на деле – насилие, агрессия, война, вторжение, захват территории

Мумин Шакиров: Я напомню, что Янукович, один из партнеров и союзников Владимира Путина, обещал ввести русский язык как второй государственный, но этого не сделал. Это говорит о ценности партнера.

Владимир Вячеславович, кто сейчас в Украине разделяет позицию Путина? Например, находящийся под домашним арестом один из лидеров украинской оппозиции Виктор Медведчук согласен с оценкой президента России. Он назвал статью «жесткой, но правдивой». И кто поддерживает такую версию?

Владимир Фесенко: Ее поддерживают сторонники пророссийских сил. Кстати, у нас даже пророссийская оппозиция может участвовать в выборах. Это в России не допускают внесистемную оппозицию к выборам, а у нас – пожалуйста. Сейчас рейтинг – на уровне 13% у ОПЗЖ, партии Медведчука. На пике до 20% доходило. Но это явное меньшинство. В 14-м году резко изменилось отношение и к России, и к Путину… Я вспоминаю выражение, которое слышал и в Киеве, и в Харькове, и в других городах Украины: «Никогда не думал, что доживу до войны с Россией». Это стало шоком для миллионов украинцев. У России на словах – дружба, призывы совместно развиваться, а на деле – насилие, агрессия, война, вторжение, захват территории. Все это, конечно, прикрывается тем, что это якобы превентивные действия против Запада. Кстати, совместные учения проводились уже давно, уже лет 15 (если не 20) назад. Они никак не связаны с какими-то особыми действиями против России или против каких-то других стран. Это вопрос нашей безопасности. После того как Россия стала для нас реальной военной угрозой, мы вынуждены были укреплять свои отношения с потенциальными союзниками и усилить свою безопасность. И торговля, кстати, начала сокращаться с Россией еще до 14-го года. Торговые войны были против украинских товаров. Кто нам закрыл транзит в Китай? Россия. И в Казахстан закрыла. Как-то не похоже это на дружественные действия. А про зависимость очень легко говорить. Мир сегодня взаимозависимый. Россия, например, зависит от Китая сейчас. Про зависимость – это очень конъюнктурно, а еще и попахивает имперской позицией.

Мумин Шакиров: Я напомню, что все-таки Россия проводит собственную политику, в том числе и с Китаем, защищая свои интересы. Путин ранее говорил, что страны бывшего СССР ушли с «багажом традиционных российских земель» и не вернули «подарки русского народа».

Константин Федорович, укрепляют ли такие заявления СНГ? Не боится ли он распада этой организации?

Константин Затулин: Нас трудно заподозрить в том, что мы чего-либо боимся. После того как мы перебоялись в 90-е годы, наша власть перебоялась, мы пришли к выводу, что надо жить своим умом. К этому на Украине, к сожалению, до сих пор не пришли, потому что с удовольствием готовы сдать свой суверенитет кому угодно. Я хотел бы поправить вас, Мумин. То, что касается русского языка, обещал не один Янукович. Это обещали практически все без исключения предшественники господина Януковича, включая господина Ющенко, который накануне выборов говорил о том, что первым делом подпишет указ о русском языке, и даже опубликовал проект этого указа, чтобы привлечь русские голоса на Украине. Но указ этот так и не был никогда подписан. Проблема Украины в том, что она все время лукавит. Вы говорите о 14-м годе, о том, что в Украине в этот момент разобрались во враждебных намерениях России и изменилось к ней отношение. Вы подписали договор о дружбе, сотрудничестве и партнерстве в 97-м, в 99-м его ратифицировали и тут же начали переговоры о вхождении в НАТО – в нарушение духа и буквы этого документа.

Мумин Шакиров: Константин Федорович, ответьте, пожалуйста, все-таки на тот вопрос, который я вам ранее произнес: укрепляют ли такие заявления Путина…

Константин Затулин: Заявления в той форме, в которой вы его произнесли, в этой статье нет. Есть лишь констатация того факта, что многие новые государства СНГ существуют впервые в истории, сформированы протогосударства в недрах Советского Союза, и в процессе их формирования происходило размежевание, передача земель и всего остального. У нас нет территориальных претензий к кому бы то ни было из соседей Российской Федерации. Произошедшее с Крымом было на законном основании, что бы ни говорили ваши ролики, где вы рассказываете о референдуме под дулом автомата. Я там был. Это вранье! В Крыму два миллиона человек, большая часть из них проголосовала за то, чтобы выйти из той Украины. Это разве не вердикт украинской государственности?

Мумин Шакиров: «Под дулом автомата» – заседание местного парламента, которое срочно собрали…

Константин Затулин: И этого тоже не было.

Мумин Шакиров: Там же были военные люди.

Константин Затулин: Сами себя не вводите в заблуждение, чтобы не быть обманутыми в своих дальнейших прогнозах. Это было абсолютное стремление Крыма все время присутствия на Украине с того момента, когда она стала независимой. Первое, что они сделали, – провели референдум о том, чтобы выйти из состава Украины. Это было за несколько месяцев до общесоюзного референдума, в начале 91-го года.

В статье Путина – имперский взгляд на историю, он не воспринимает Украину

Мумин Шакиров: Владимир Вячеславович, если бы Путин написал подобную статью, скажем, лет 10 назад, то есть еще до аннексии Крыма и войны на востоке Украины, то реакция в Киеве была бы мягче?

Владимир Фесенко: Конечно, на нынешнюю реакцию влияют не только слова Путина в этой статье, а конкретная политическая ситуация. В 14-м году все кардинально поменялось. Даже люди, относившиеся с симпатией к России, были ошарашены, и многие перешли даже во враждебный лагерь по отношению к ней. А кто-то и до сих пор не может выйти из этого шока и не знает, как относиться к России. Константин Затулин упомянул договор 97-го года. Этот договор признавал границу Украины, в том числе и наличие Крыма в составе Украины. И этот договор был фактически растоптан, грубейшим образом нарушен именно Россией. Точно так же, как был растоптан и нарушен Будапештский меморандум, тоже подписанный Россией. Мы видим, какова цена так называемой российской дружбы, и насколько можно доверять такому «партнеру». Поэтому, конечно, мы обращаем внимание не на слова, а на реальные действия.

Мумин Шакиров: Один народ имеет право на создание любого числа государств. Германия и Австрия – один народ. Константин Федорович, надо ли объединять в одну страну, когда можно развиваться успешно и отдельно?

Константин Затулин: Совершенно с вами согласен, это совсем не обязательно. Мы видим существование отдельно Великобритании и Соединенных Штатов, которые на начальном этапе формировались из числа переехавших в колонии англичан. Никто не ждет, что Украина присоединится к России или будет воссоздан Советский Союз, что кошмар для Запада. Вопрос заключается в другом. Вы говорите, что договор о дружбе, сотрудничестве и партнерстве был нами растоптан, но формально вы его денонсировали. Но дело даже не в этом. Признание границ Украины было вместе с признанием необходимости дружбы, сотрудничества и партнерства. Поэтому это был не договор о границах, который мы нарушили, а договор о дружбе, сотрудничестве и партнерстве, в котором Украина изменила России. И после этого какие могут быть границы фетишем в этом случае? Люди в Крыму решили, что они не могут дальше жить в такой Украине. И мы согласились с ними, потому что они все это время настаивали, а мы не обращали внимания на их просьбы, фактически держали их в заложниках желания выстраивать российско-украинские отношения. Вы сами – кузнецы своего несчастья, дорогие украинцы.

Мумин Шакиров: Владимир Вячеславович, как писать историю, если Киев и Москва диаметрально противоположно видят и анализируют факты? Или это вечно две истории, абсолютно не пересекающиеся друг с другом?

Владимир Фесенко: Это касается не только взаимоотношений Украины и России, есть немало и других подобных ситуаций. Я думаю, что довольно объективную историю будут писать вне политического контекста. Должно пройти время, успокоятся страсти. В статье Путина – имперский взгляд на историю, он не воспринимает Украину, он считает, что это искусственное образование. У Затулина тоже это звучит уже по отношению ко многим другим государствам СНГ. Я знаю от казахских коллег, как они напрягались, когда такие люди, как Константин Затулин и некоторые другие, говорили о необходимости забрать северные земли Казахстана. Сейчас вот Беларусь находится под прессом. Я думаю, что не политики должны писать историю, а профессиональные историки, которые находятся вне политического контекста.

Охота на журналистов

Мумин Шакиров: Кремль атакует СМИ, которое рассказало о возможной третьей дочери Владимира Путина. Генеральная прокуратура объявила «Проект» нежелательной организацией, а пятерых его журналистов, включая главного редактора Романа Баданина, Минюст внес в реестр «СМИ-иноагентов». Как говорится в заявлении ведомства, «поводом послужило то, что деятельность «Проекта» представляет угрозу основам конституционного строя и безопасности Российской Федерации».

На следующий день после этого решения «Проект» сообщил, что ликвидирует своего издателя – компанию Project Media, Inc., зарегистрированную в США. Как следует из заявления редакции, Project Media, Inc. более не имеет никаких финансовых отношений с кем-либо из журналистов, работающих в России. А юридически именно эту компанию признали в России «нежелательной организацией».

Две с половиной недели назад у троих сотрудников «Проекта» прошли обыски. У них изъяли ноутбуки, телефоны, флешки. Журналистов допросили и после этого отпустили. Все трое – свидетели по уголовному делу о клевете на петербургского бизнесмена Илью Трабера. О Трабере главный редактор «Проекта» Роман Баданин и сотрудница издания Мария Жолобова выпустили еще в августе 2017-го фильм на телеканале «Дождь». Он называется «Авторитет из 90-х, с которым знаком Путин: тайная бизнес-империя Ильи Трабера, и как с ней связаны друзья президента». А в январе 2018-го стало известно, что Трабер обвинил «Дождь» в клевете. Было возбуждено уголовное дело. При этом Баданин и Жолобова были авторами фильма. А вот третий журналист, у кого прошли обыски, – Михаил Рубин, никакого участия в работе над ним не принимал.

После допроса Баданин заявил, что настоящей причиной обысков он считает не дело Трабера, а расследование «Проекта» о главе МВД Владимире Колокольцеве. Обыски у журналистов начались за несколько часов до публикации. Однако часть коллег и экспертов считают, что атака на «Проект» связана с публикацией истории об одной из акционеров петербургского банка «Россия» Светлане Кривоногих. В этом же расследовании говорилось, что в начале нулевых она родила дочь, которая «феноменально похожа на президента России».

Усиливающиеся атаки Кремля на независимых журналистов лишают россиян доступа к информации

Медиаюристы подчеркивают: если журналисты находятся в статусе «иностранных агентов», но формально не сотрудничают с «нежелательной организацией», то они могут продолжать работать. Тем не менее объявление «Проекта» нежелательной организацией – это беспрецедентная атака на свободу слова в России.

Перечень «иноагентов» также пополнили два сотрудника «Открытых медиа» и наша коллега – журналистка Радио Свобода Елизавета Маетная. Президент медиакорпорации Радио Свободная Европа/Радио Свобода Джейми Флай выразил обеспокоенность решением Минюста: «Наши сотрудники – настоящие патриоты России, которые используют свои профессиональные навыки для того, чтобы предоставить аудитории объективные новости и проверенную информацию. Усиливающиеся атаки Кремля на независимых журналистов лишают россиян доступа к информации в критический момент в истории их страны».

Новый виток давления на независимую журналистику в России я обсудил с одним из лучших журналистов-расследователей страны, автором «Панамского досье» и сотрудником издания «Важные истории» Романом Шлейновым.

Роман Шлейнов

Роман Шлейнов: Перестанут ли люди писать о том, что происходит? Нет, конечно, поэтому я не понимаю логику власти. Зачем выдавливать людей из страны, фактически устраивать запрет на профессию, когда можно отвечать на вопросы, давать комментарии… У них Первый и Второй каналы российского телевидения, массовая аудитория, и они при этом почему-то боятся. Чего бояться российским властям, если у них полностью подконтролен парламент, правоохранительные органы, суды?.. Поначалу они считали, что если людей выдавят из центральных редакций, закроют половину СМИ, а половину подведут под свой контроль, как это случилось с «Ведомостями», то жизнь изменится и властям будет хорошо. Нет, властям хорошо не стало, потому что люди ушли, образовали малые журналистские коллективы, свои онлайн-издания, как «Проект», «Важные истории». Казалось бы, аудитория независимых журналистов должна сильно уменьшиться, их никто не слышит, потому что образовалось маленькое информационное гетто, но нет. Как только выходит качественное расследование, оно всякий раз набирает больше миллиона просмотров в YouTube, распространяется по социальным сетям. У этих расследований потрясающая аудитория, потому что люди не видят всего этого ни на российских центральных телеканалах, нигде. Практика показывает, что когда всех вытеснили в интернет, люди с удовольствием его читают и смотрят, потому что это становится единственным источником правдивой информации. Все остальное забито пропагандой.

Антирекорд COVID-19

Мумин Шакиров: В России третью неделю подряд фиксируется рекордная суточная смертность от COVID. На этой неделе показатель достиг почти 800 человек, и он остается одним из самых высоких в мире. Для сравнения: в Великобритании число новых выявленных случаев в день в два раза выше, но смертность ниже аж в 16 раз. При этом власти Москвы и Московской области с понедельника, 19 июля, отменяют систему QR-кодов. А это значит, что жители столицы и области снова смогут спокойно ходить в кафе и рестораны. РБК пишет, что это решение связано с сентябрьскими выборами в Госдуму. А вот медики говорят, что дельта-штамм, который сейчас бушует в Москве и остальной России, переносится заболевшими куда хуже. По подсчетам «Новой газеты», судя по официальным данным, третья волна коронавируса в России уже стала масштабнее, чем осенняя.

Что еще нам ждать от третьей волны, обсудим с Василием Власовым. Василий, в чем причина такой катастрофически высокой смертности от COVID в России? У нас плохая система здравоохранения? Плохо проводят вакцинацию? Или это такой коварный индийский дельта-штамм, который забирает огромное число человеческих жизней?

Василий Власов: Причин у такой высокой волны много, но выделить какую-то одну из них или сказать, что она главная, нельзя. Вероятно, имеет значение появление нового штамма. Он постепенно проник этой весной и уже в июне, как можно судить по ограниченному числу анализов, начал доминировать. Он лучше распространяется. Но мне кажется, что на первом месте стоит непоследовательность в проведении мер разобщения людей. В новостях я услышал, что в Екатеринбурге состоялся Крестный ход с массовым целованием икон. В Краснодаре каждый день – многотысячные концерты. В Петербурге надувают паруса. Это происходит каждый день, что и питает эпидемию.

К волне заболеваемости привели огромное число ненужных мер и невыполнение того, что нужно делать

Мумин Шакиров: И еще добавьте, что Путин собирает на стадионе около 40 тысяч человек, которые тесно контактируют друг с другом.

Василий Власов: Там собираются люди – это самое главное. В недоработке, которая продолжается до сих пор, и есть главная беда. Истоки повышения заболеваемости находятся не в июне, они находятся примерно в апреле. С апреля нужно было бы устрожать реальные меры и ограничение контактов людей, закрывать массовые собрания внутри помещений, например, не более 10 человек, а вне помещений, допустим, не больше 100 человек. Вместо этого опять насели на ночные клубы, продолжали требовать ношения перчаток, штрафовали за сидение на лавочках. К волне заболеваемости привели огромное число ненужных мер и невыполнение того, что нужно делать. Я предполагал в июне, что к концу июля она уже начнет истощаться, но, судя по всему, этого не произойдет. Высокая заболеваемость и, увы, высокая смертность останутся с нами до осени.

Мумин Шакиров: COVID-19 с нами надолго или навсегда? Можно ли уже утверждать, что он постепенно превращается в такой грипп, от которого мы просто сезонно прививаемся?

Василий Власов

Василий Власов: Природа сильнее и хитрее нас. Нам казалось, и я сам не исключал такого развития событий в начале 20-го года, что, может быть, этот вирус уйдет так же, как другие, которые приходят от животных к человеку. Встретившись с человеком, они взывают ограниченное число болезней, после этого исчезают. Но он приспособился к человеку и успешно циркулирует. Утверждать, что он обязательно будет с нами вечно, как меняющийся вирус гриппа, нельзя. Но то, что мы знаем о нем сейчас, говорит: вероятно, это будет постоянно живущий с нами вирус, который будет облетать вокруг планеты и вызывать периодически повышение заболеваемости. Очень важно иметь в виду, что, во-первых, все-таки вирус гриппа существенно менее убийственный. Во-вторых, он довольно легко поддается манипуляциям человека. Например, люди стали заниматься противоэпидемической работой в 20-м году – и вирус гриппа исчез. Прошлым летом я кричал, что не нужно вакцинировать против гриппа, нет гриппа. Нет, все-таки привили от гриппа всю Россию, хотя никакого гриппа не было. Его нет ни во Франции, ни в Америке. Была совершенно бессмысленная трата средств и людских ресурсов. Так ли это будет с этим вирусом – мы сказать не можем. Но то, что он никуда не собирается уходить, – это точно.

Мумин Шакиров: Обязательная вакцинация в разных сферах экономики началась не только в России, но и в других странах. Мы все пройдем через это?

Василий Власов: Нет, некоторые, может быть, увернутся от вакцинации. Но надо сказать, что была легкомысленная идея – не у эпидемиологов, не у вакцинологов, а преимущественно у недалеких политиков. Сделают нам вакцину – и эпидемия на этом закончится. Вакцины хорошие сделали, они хорошо защищают от возникновения тяжелой болезни. Но они мало влияют на распространение инфекции. Люди привитые болеют легко и разносят инфекцию все равно, поэтому от мер по ограничению контактов нам никуда не деться. Об ограничении контактов сейчас речь заходит в том числе и в тех странах, где ситуация с заболеваемостью очень благополучная, где люди привиты очень хорошо. Потому что если заболеваемость будет сохраняться, то привитые будут страдать меньше. Но все равно кто-то будет болеть тяжело, и среди привитых тоже. К сожалению, вакцина не решает всех проблем. И вакцина категорически не решает проблем текущего момента – высокой заболеваемости. Даже если вакцинация будет развиваться дальше такими темпами, как идет сейчас, до конца года ее влияние на распространение инфекции будет минимальным. Поэтому необходимо введение разумных ограничительных мер, которые будут помогать сдерживать инфекцию, но при этом минимально разрушать общественную жизнь. Разговорчики про локдаун нужно заканчивать, как и про нерабочие дни. Ничего глупее этого придумать невозможно.

Мумин Шакиров: В России есть четыре вакцины. Чем они отличаются друг от друга? Как обывателю выбрать «свою»?

Василий Власов: Никто эти вакцины между собой не сравнивал по-настоящему, а некоторые из них вообще не испытаны. Можно считать, что у нас более-менее испытанная вакцина есть только одна – «Спутник V», а все остальное – это не более чем вакциноподобные продукты, которые потенциально имеют защитную силу. Не нужно тешить себя иллюзиями выбора.

Подписывайтесь на телеграм-канал https://t.me/Shakirov_itogi

Характеристика цис-действующих последовательностей и промежуточных продуктов распада, участвующих в нонсенс-опосредованном обороте мРНК

Несколько линий доказательств указывают на то, что процессы оборота и трансляции мРНК тесно связаны и что понимание этой взаимосвязи имеет решающее значение для выяснения механизма распада мРНК. Одним из ярких примеров этой взаимосвязи является наблюдение, что бессмысленные мутации могут ускорять распад мРНК в процессе, который мы называем распадом мРНК, опосредованным бессмысленностью.Описанные здесь эксперименты демонстрируют, что в дрожжах Saccharomyces cerevisiae преждевременное прекращение трансляции в пределах начальных двух третей кодирующей области PGK1 ускоряет распад этого транскрипта независимо от того, какой из стоп-кодонов используется. Нонсенс мутации в последней четверти кодирующей области не влияют на распад мРНК PGK1. Последовательности, необходимые для нонсенс-опосредованного распада мРНК, включают терминирующий кодон и специфические последовательности 3 ‘для нонсенс-мутации. Трансляция двух третей кодирующей области PGK1 инактивирует нонсенс-опосредованный путь распада мРНК.Это наблюдение объясняет, почему карбоксиконцевые нонсенс-мутации устойчивы к ускоренному распаду. Характеристика распада содержащих нонсенс транскриптов HIS4 дала результаты, отражающие описанные выше, предполагая, что требования к последовательности, описанные для транскрипта PGK1, вероятно, являются общей характеристикой этого пути распада. Кроме того, анализ промежуточных продуктов распада мРНК, содержащих нонсенс, показывает, что нонсенс-опосредованный распад мРНК протекает по пути, аналогичному тому, который описан для класса транскриптов дикого типа.Событие начального расщепления происходит около 5’-конца нонсенс-содержащего транскрипта и сопровождается экзонуклеолитическим расщеплением 5 ‘-> 3’. Обсуждается модель нонсенс-опосредованного распада мРНК, основанная на этих результатах.

Характеристика цис-действующих последовательностей и промежуточных продуктов распада, участвующих в нонсенс-опосредованном обороте мРНК.

Mol Cell Biol. 1995 Feb; 15 (2): 809–823.

Кафедра молекулярной генетики и микробиологии, Университет медицины и стоматологии Нью-Джерси, Медицинская школа Роберта Вуда Джонсона, Пискатауэй 08854.

Эта статья цитируется в других статьях в PMC.

Abstract

Несколько линий доказательств указывают на то, что процессы оборота и трансляции мРНК тесно связаны, и что понимание этой связи имеет решающее значение для выяснения механизма распада мРНК. Одним из ярких примеров этой взаимосвязи является наблюдение, что бессмысленные мутации могут ускорять распад мРНК в процессе, который мы называем распадом мРНК, опосредованным бессмысленностью. Описанные здесь эксперименты демонстрируют, что в дрожжах Saccharomyces cerevisiae преждевременное прекращение трансляции в пределах начальных двух третей кодирующей области PGK1 ускоряет распад этого транскрипта независимо от того, какой из стоп-кодонов используется.Нонсенс мутации в последней четверти кодирующей области не влияют на распад мРНК PGK1. Последовательности, необходимые для нонсенс-опосредованного распада мРНК, включают терминирующий кодон и специфические последовательности 3 ‘для нонсенс-мутации. Трансляция двух третей кодирующей области PGK1 инактивирует нонсенс-опосредованный путь распада мРНК. Это наблюдение объясняет, почему карбоксиконцевые нонсенс-мутации устойчивы к ускоренному распаду. Характеристика распада содержащих нонсенс транскриптов HIS4 дала результаты, отражающие описанные выше, предполагая, что требования к последовательности, описанные для транскрипта PGK1, вероятно, являются общей характеристикой этого пути распада.Кроме того, анализ промежуточных продуктов распада мРНК, содержащих нонсенс, показывает, что нонсенс-опосредованный распад мРНК протекает по пути, аналогичному тому, который описан для класса транскриптов дикого типа. Событие начального расщепления происходит около 5’-конца нонсенс-содержащего транскрипта и сопровождается экзонуклеолитическим расщеплением 5 ‘-> 3’. Обсуждается модель нонсенс-опосредованного распада мРНК, основанная на этих результатах.

Полный текст

Полный текст этой статьи доступен в формате PDF (854 КБ).

Избранные ссылки

Эти ссылки находятся в PubMed. Это может быть не полный список ссылок из этой статьи.

  • Аарон Т., Шнайдер Р.Дж. Селективная дестабилизация короткоживущих мРНК с помощью AU-богатой 3′-некодирующей области гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора опосредуется котрансляционным механизмом. Mol Cell Biol. 1993 Март; 13 (3): 1971–1980. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Atwater JA, Wisdom R, Verma IM. Регулируемая стабильность мРНК.Анну Рев Жене. 1990; 24: 519–541. [PubMed] [Google Scholar]
  • Баркер Г.Ф., Бимон К. Нонсенс-кодоны в гене gag вируса саркомы Рауса снижают стабильность несплицированной вирусной РНК. Mol Cell Biol. 1991 Май; 11 (5): 2760–2768. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Baserga SJ, Benz EJ., Jr Бета-глобиновая нонсенс-мутация: недостаточное накопление мРНК происходит, несмотря на нормальную стабильность цитоплазмы. Proc Natl Acad Sci U S. A. 1992, 1 апреля; 89 (7): 2935–2939. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Baumann B, Potash MJ, Köhler G.Последствия мутаций сдвига рамки считывания в локусе тяжелой цепи иммуноглобулина мыши. EMBO J. 1985 Февраль; 4 (2): 351–359. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Bernstein PL, Herrick DJ, Prokipcak RD, Ross J. Контроль периода полужизни мРНК c-myc in vitro с помощью белка, способного связываться с детерминантой стабильности кодирующей области. Genes Dev. 1992 апр; 6 (4): 642–654. [PubMed] [Google Scholar]
  • Caponigro G, Muhlrad D, Parker R. Небольшой сегмент транскрипта MAT альфа 1 способствует распаду мРНК в Saccharomyces cerevisiae: стимулирующая роль для редких кодонов.Mol Cell Biol. 1993 сентябрь; 13 (9): 5141–5148. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Cheng J, Fogel-Petrovic M, Maquat LE. Трансляция в ближний дистальный конец предпоследнего экзона требуется для нормального уровня сплайсированной мРНК триозофосфатизомеразы. Mol Cell Biol. 1990 Октябрь; 10 (10): 5215–5225. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Cheng J, Maquat LE. Нонсенс кодоны могут уменьшить количество ядерной мРНК, не влияя на количество пре-мРНК или период полужизни цитоплазматической мРНК.Mol Cell Biol. Март 1993 г ​​.; 13 (3): 1892–1902. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Cleveland DW. Ауторегулируемая нестабильность мРНК тубулина: новый эукариотический регуляторный механизм. Trends Biochem Sci. 1988 сентябрь; 13 (9): 339–343. [PubMed] [Google Scholar]
  • Калбертсон М.Р., Андербринк К.М., Финк Г.Р. Подавление сдвига рамки считывания Saccharomyces cerevisiae. II. Генетические свойства супрессоров группы II. Генетика. 1980, август; 95 (4): 833–853. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Даар И.О., Макват Л.Е.Преждевременное прекращение трансляции опосредует деградацию мРНК триозофосфат-изомеразы. Mol Cell Biol. 1988 Февраль; 8 (2): 802–813. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Decker CJ, Parker R. Путь обмена как стабильных, так и нестабильных мРНК в дрожжах: доказательства необходимости деаденилирования. Genes Dev. 1993, август; 7 (8): 1632–1643. [PubMed] [Google Scholar]
  • Файнберг А.П., Фогельштейн Б. «Методика радиомечения фрагментов рестрикционных эндонуклеаз ДНК с высокой специфической активностью».Дополнение. Анальная биохимия. 1984 Февраль; 137 (1): 266–267. [PubMed] [Google Scholar]
  • Gaspar ML, Meo T, Bourgarel P, Guenet JL, Tosi M. Деление единственного основания в гене рецептора андрогенов Tfm создает короткоживущую РНК-мессенджер, которая управляет инициацией внутренней трансляции. Proc Natl Acad Sci U S. A. 1991, 1 октября; 88 (19): 8606–8610. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Гей Д.А., Йен Т.Дж., Лау Д.Т., Кливленд Д.В. Последовательности, которые обеспечивают ауторегуляцию бета-тубулина за счет модулированной стабильности мРНК, находятся в экзоне 1 мРНК бета-тубулина.Клетка. 1987 августа 28; 50 (5): 671–679. [PubMed] [Google Scholar]
  • Gozalbo D, Hohmann S. Нонсенс-супрессоры частично обращают вспять снижение уровня мРНК нонсенс-мутантного аллеля у дрожжей. Курр Жене. 1990 Янв; 17 (1): 77–79. [PubMed] [Google Scholar]
  • Graves RA, Pandey NB, Chodchoy N, Marzluff WF. Трансляция необходима для регуляции деградации мРНК гистонов. Клетка. 1987, 27 февраля; 48 (4): 615–626. [PubMed] [Google Scholar]
  • He F, Peltz SW, Donahue JL, Rosbash M, Jacobson A.Стабилизация и рибосомная ассоциация несплицированных пре-мРНК в дрожжевом мутанте upf1-. Proc Natl Acad Sci U S. A. 1993, 1 августа; 90 (15): 7034–7038. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Heaton B, Decker C, Muhlrad D, Donahue J, Jacobson A, Parker R. Анализ химерных мРНК, полученных из мРНК STE3, позволяет идентифицировать несколько участков в мРНК дрожжей, которые модулируют мРНК разлагаться. Nucleic Acids Res. 1992 25 октября; 20 (20): 5365–5373. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Hentze MW.Детерминанты и регуляция стабильности цитоплазматической мРНК в эукариотических клетках. Biochim Biophys Acta. 1991, 11 ноября; 1090 (3): 281–292. [PubMed] [Google Scholar]
  • Херрик Д., Якобсон А. Сегмент кодирующей области необходим, но недостаточен для быстрого распада мРНК HIS3 в дрожжах. Ген. 1992 1 мая; 114 (1): 35–41. [PubMed] [Google Scholar]
  • Херрик Д., Паркер Р., Якобсон А. Идентификация и сравнение стабильных и нестабильных мРНК в Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1990 Май; 10 (5): 2269–2284.[Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Hitzeman RA, Hagie FE, Hayflick JS, Chen CY, Seeburg PH, Derynck R. Первичная структура гена Saccharomyces cerevisiae для 3-фосфоглицераткиназы. Nucleic Acids Res. 11 декабря 1982 г., 10 (23): 7791–7808. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Hsu CL, Стивенс А. Клетки дрожжей, лишенные 5 ‘-> 3′ экзорибонуклеазы 1, содержат виды мРНК, которые являются поли (A) -дефицитными и частично лишены 5’-кэп-структуры . Mol Cell Biol. 1993 августа; 13 (8): 4826–4835.[Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Ито Х, Фукуда Й., Мурата К., Кимура А. Трансформация интактных дрожжевых клеток, обработанных щелочными катионами. J Bacteriol. 1983, январь; 153 (1): 163–168. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Хименес А., Типпер Д. Д., Дэвис Дж. Механизм действия тиолютина, ингибитора макромолекулярного синтеза в Saccharomyces cerevisiae. Антимикробные агенты Chemother. 1973 июн; 3 (6): 729–738. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Laird-Offringa IA.Что определяет нестабильность мРНК протоонкогена c-myc? Биологические исследования. 1992 Февраль; 14 (2): 119–124. [PubMed] [Google Scholar]
  • Лаример FW, Стивенс А. Нарушение гена XRN1, кодирующего 5 ‘—- 3’ экзорибонуклеазу, ограничивает рост дрожжевых клеток. Ген. 30 октября 1990 г.; 95 (1): 85–90. [PubMed] [Google Scholar]
  • Leeds P, Peltz SW, Jacobson A, Culbertson MR. Продукт дрожжевого гена UPF1 необходим для быстрого оборота мРНК, содержащих кодон преждевременной терминации трансляции.Genes Dev. 1991 декабрь; 5 (12A): 2303–2314. [PubMed] [Google Scholar]
  • Лидс П., Вуд Дж. М., Ли Б. С., Калбертсон М. Р.. Генные продукты, которые способствуют обмену мРНК в Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1992 Май; 12 (5): 2165–2177. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Lim SK, Sigmund CD, Gross KW, Maquat LE. Нонсенс кодоны в мРНК человеческого бета-глобина приводят к продукции продуктов деградации мРНК. Mol Cell Biol. 1992 Март; 12 (3): 1149–1161. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Losson R, Lacroute F.Вмешательство бессмысленных мутаций в стабильность эукариотической информационной РНК. Proc Natl Acad Sci U S. A., октябрь 1979 г., 76 (10): 5134–5137. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Maquat LE, Kinniburgh AJ, Rachmilewitz EA, Ross J. Нестабильная мРНК бета-глобина в мРНК-дефицитной бета-талассемии. Клетка. 1981 декабрь; 27 (3 Pt 2): 543–553. [PubMed] [Google Scholar]
  • Mercer JF, Wake SA. Анализ скорости поли (A) укорочения мРНК металлотионеина с использованием РНК-блот-гибридизации. Nucleic Acids Res.1985 25 ноября; 13 (22): 7929–7943. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Morse DE, Yanofsky C. Полярность и деградация мРНК. Природа. 1969 25 октября; 224 (5217): 329–331. [PubMed] [Google Scholar]
  • Muhlrad D, Decker CJ, Parker R. Деаденилирование нестабильной мРНК, кодируемой геном MFA2 дрожжей, приводит к декапированию с последующим 5 ‘-> 3’ перевариванием транскрипта. Genes Dev. 1994, 1 апреля; 8 (7): 855–866. [PubMed] [Google Scholar]
  • Мюльрад Д., Паркер Р. Преждевременное прекращение трансляции запускает декапирование мРНК.Природа. 18 августа 1994; 370 (6490): 578–581. [PubMed] [Google Scholar]
  • Myslinski E, Ségault V, Branlant C. Интрон в генах малых ядрышковых РНК U3 дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Наука. 9 марта 1990 г .; 247 (4947): 1213–1216. [PubMed] [Google Scholar]
  • Nilsson G, Belasco JG, Cohen SN, von Gabain A. Влияние преждевременного прекращения трансляции на стабильность мРНК зависит от места высвобождения рибосомы. Proc Natl Acad Sci U S. A. 1987 июл; 84 (14): 4890–4894. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Nonet M, Scafe C, Sexton J, Young R.Условный мутант эукариотической РНК-полимеразы, который быстро прекращает синтез мРНК. Mol Cell Biol. 1987 Май; 7 (5): 1602–1611. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Parker R, Jacobson A. Трансляция и 42-нуклеотидный сегмент в кодирующей области мРНК, кодируемой геном MAT альфа 1, участвуют в ускорении распада мРНК в дрожжах . Proc Natl Acad Sci U S. A. 1990 Apr; 87 (7): 2780–2784. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Peltz SW, Brewer G, Bernstein P, Hart PA, Ross J.Регуляция оборота мРНК в эукариотических клетках. Crit Rev Eukaryot Gene Expr. 1991. 1 (2): 99–126. [PubMed] [Google Scholar]
  • Peltz SW, Brown AH, Jacobson A. Дестабилизация мРНК, вызванная преждевременным прекращением трансляции, зависит как минимум от трех цис-действующих элементов последовательности и одного транс-действующего фактора. Genes Dev. 1993 сентябрь; 7 (9): 1737–1754. [PubMed] [Google Scholar]
  • Peltz SW, Donahue JL, Jacobson A. Мутация в гене тРНК нуклеотидилтрансферазы способствует стабилизации мРНК в Saccharomyces cerevisiae.Mol Cell Biol. 1992 декабрь; 12 (12): 5778–5784. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Peltz SW, He F, Welch E, Jacobson A. Нонсенс-опосредованный распад мРНК в дрожжах. Prog Nucleic Acid Res Mol Biol. 1994; 47: 271–298. [PubMed] [Google Scholar]
  • Росс Дж. Обмен РНК-мессенджера в эукариотических клетках. Мол Биол Мед. 1988 фев; 5 (1): 1–14. [PubMed] [Google Scholar]
  • Sachs AB. Деградация информационной РНК у эукариот. Клетка. 1993, 13 августа; 74 (3): 413–421. [PubMed] [Google Scholar]
  • Schiavi SC, Wellington CL, Shyu AB, Chen CY, Greenberg ME, Belasco JG.Множественные элементы в кодирующей белок c-fos области способствуют деаденилированию и распаду мРНК по механизму, связанному с трансляцией. J Biol Chem. 1994, 4 февраля; 269 (5): 3441–3448. [PubMed] [Google Scholar]
  • Schiestl RH, Gietz RD. Высокоэффективная трансформация интактных дрожжевых клеток с использованием одноцепочечных нуклеиновых кислот в качестве носителя. Курр Жене. 1989 декабрь; 16 (5-6): 339–346. [PubMed] [Google Scholar]
  • Шю А.Б., Беласко Дж. Г., Гринберг МЭ. Два различных дестабилизирующих элемента в сообщении c-fos запускают деаденилирование как первый шаг в быстром распаде мРНК.Genes Dev. 1991 Февраль; 5 (2): 221–231. [PubMed] [Google Scholar]
  • Стивенс А., Хсу К.Л., Ишам К.Р., Лаример Ф.В. Фрагменты внутреннего транскрибированного спейсера 1 пре-рРНК накапливаются в Saccharomyces cerevisiae, лишенном 5 ‘—- 3’ экзорибонуклеазы 1. J Bacteriol. 1991 ноя; 173 (21): 7024–7028. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Стивенс А., Мопин М.К. Экзорибонуклеаза Saccharomyces cerevisiae 5 ‘—- 3’: размер и новая субстратная специфичность. Arch Biochem Biophys. 1987, 1 февраля; 252 (2): 339–347.[PubMed] [Google Scholar]
  • Томас П.С. Гибридизация денатурированной РНК и небольших фрагментов ДНК, перенесенных на нитроцеллюлозу. Proc Natl Acad Sci U S. A. 1980 сентябрь; 77 (9): 5201–5205. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Tipper DJ. Ингибирование тиолютином полимераз рибонуклеиновой кислоты дрожжей. J Bacteriol. 1973 Октябрь; 116 (1): 245–256. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Урлауб Г., Митчелл П.Дж., Сьюдад С.Дж., Часин Л.А. Нонсенс мутации в гене дигидрофолатредуктазы влияют на процессинг РНК.Mol Cell Biol. Июль 1989 г .; 9 (7): 2868–2880. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
  • Wisdom R, Lee W. Кодирующая белок область мРНК c-myc содержит последовательность, которая определяет быстрый оборот мРНК и индукцию ингибиторами синтеза белка. Genes Dev. 1991 Февраль; 5 (2): 232–243. [PubMed] [Google Scholar]

Здесь представлены статьи по молекулярной и клеточной биологии, любезно предоставленные Американским обществом микробиологов (ASM)


Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности.Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

  • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
  • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались.Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
  • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
  • Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
  • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie.Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в cookie-файлах может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

Систематический анализ цис-элементов в нестабильных мРНК демонстрирует, что CUGBP1 является ключевым регулятором распада мРНК в мышечных клетках

Аннотация

Фон

Резкие изменения экспрессии генов происходят в ответ на внеклеточные стимулы и во время дифференцировки.Хотя транскрипционные эффекты важны, изменения в распаде мРНК также играют важную роль в достижении быстрых и массовых изменений в изобилии мРНК. Более того, так же, как активность фактора транскрипции варьируется между разными типами клеток, факторы, влияющие на распад мРНК, также зависят от типа клеток.

Основные результаты

Мы установили скорость распада для более 7000 транскриптов, экспрессируемых в миобластах C2C12 мыши. Мы обнаружили, что GU-богатые (GRE) и AU-богатые (ARE) элементы чрезмерно представлены в 3’UTR короткоживущих мРНК и что эти мРНК имеют тенденцию кодировать факторы, участвующие в клеточном цикле и регуляции транскрипции.Также были выявлены стабилизирующие элементы. Сравнивая скорости распада мРНК в клетках C2C12 с теми, которые ранее были измерены для плюрипотентных и дифференцирующихся эмбриональных стволовых (ES) клеток, мы идентифицировали несколько групп транскриптов, которые демонстрируют скорость распада, специфичного для клеточного типа. Кроме того, в то время как в клетках C2C12 влияние GRE на распад мРНК, по-видимому, больше, чем у ARE, ARE более значимы в клетках ES, подтверждая идею о том, что цис- элементов вносят клеточно-специфический вклад в стабильность мРНК.GRE распознаются CUGBP1, РНК-связывающим белком и фактором нестабильности, функция которого нарушается при нескольких нервно-мышечных заболеваниях. Поэтому мы использовали иммунопреципитацию РНК с последующим микрочипом (RIP-Chip) для идентификации транскриптов, связанных с CUGBP1. Эти мРНК также показали резкое обогащение GRE их 3’UTR и кодируют белки, связанные с клеточным циклом и внутриклеточным транспортом. Интересно, что несколько мРНК субстрата CUGBP1, включая те, которые кодируют миогенные факторы транскрипции Myod1 и Myog , также связываются стабилизирующим фактором HuR в клетках C2C12.Наконец, мы показываем, что несколько CUGBP1-ассоциированных мРНК, содержащих 3’UTR GRE, включая Myod1 , стабилизируются в клетках, лишенных CUGBP1, что согласуется с ролью CUGBP1 как дестабилизирующего фактора.

Выводы

Взятые вместе, наши результаты систематически устанавливают цис--действующих детерминант скорости распада мРНК в клетках миобластов C2C12 и демонстрируют, что CUGBP1 связывается с GRE, чтобы регулировать распад широкого спектра мРНК, включая несколько критических для развития мышц.

Образец цитирования: Lee JE, Lee JY, Wilusz J, Tian B, Wilusz CJ (2010) Систематический анализ Cis -элементов в нестабильных мРНК демонстрирует, что CUGBP1 является ключевым регулятором распада мРНК в мышечных клетках. PLoS ONE 5 (6): e11201. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201

Редактор: Ю Фэн, Университет Эмори, Соединенные Штаты Америки

Поступила: 1 апреля 2010 г .; Одобрена: 27 мая 2010 г .; Опубликован: 21 июня 2010 г.

Авторские права: © 2010 Lee et al.Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Финансирование: Эта работа была поддержана Ассоциацией мышечной дистрофии (награда 9426 CJW), Американской кардиологической ассоциацией (награда 10PRE2610140 JEL), Национальными институтами здравоохранения (награда R01GM084089 компании BT и награда R01GM072481 компании JW). а также наградой Совета по исследованиям колледжей Университета штата Колорадо, присуждаемой CJW.Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили, что никаких конкурирующих интересов не существует.

Введение

Резкие изменения профилей экспрессии клеточных генов происходят в ответ на внеклеточные стимулы и во время дифференцировки [1], [2]. Эти изменения частично достигаются за счет действия факторов транскрипции, которые позволяют скоординированно регулировать определенные наборы генов.Однако регуляция стабильности мРНК может способствовать быстрым изменениям в экспрессии генов как независимо, так и в сочетании с транскрипционными эффектами [3] — [5].

Скорость распада матричной РНК

может быть легко модулирована путем ассоциации специфических стабилизирующих или дестабилизирующих факторов с транскриптом [6]. Эти регуляторные факторы включают РНК-связывающие белки и / или миРНК и связанные с ними ферменты. Почти для всех мРНК распад начинается с удаления поли (А) хвоста одной или несколькими деаденилазами [6].Это имеет двойной эффект: заглушает трансляцию и делает транскрипт чувствительным к другим ферментам распада. Похоже, что многие регуляторные РНК-связывающие белки и миРНК способны модулировать эффективность деаденилирования, чтобы ускорить или замедлить оборот мРНК. CUGBP1, например, может связываться с 3’UTR своей целевой мРНК и рекрутировать PARN-деаденилазу для усиления распада мРНК [7]. С другой стороны, связывание HuR обычно связано с повышенной стабильностью мРНК [8], [9], но неясно, достигается ли это за счет прямого ингибирования ферментов распада или просто за счет конкуренции за сайт связывания. факторов нестабильности.

Так же, как профили транскрипции различаются между типами клеток, скорость распада мРНК может меняться [10]. Такие вариации, по-видимому, связаны с различиями в активности РНК-связывающих белков и / или miRNA, которые нацелены на определенные наборы транскриптов. Мы хотели изучить скорость распада мРНК в мышечных клетках C2C12 по трем причинам: (i) Предыдущие исследования выявили изменения в стабильности мРНК, которые необходимы для дифференцировки в этом типе клеток [11] — [14]. (ii) Недавние результаты нашей и других лабораторий предположили, что изменения в скорости распада мРНК в мышечных клетках могут быть ответственны за аспекты патогенеза миотонической дистрофии (DM) [15], [16].(iii) Некоторые реакции мышечных клеток требуют быстрого перепрограммирования экспрессии генов, включая ответ на инсулин [17], повреждение [18], деполяризацию мембраны [19] и упражнения [20]. Хотя общие изменения в экспрессии генов были охарактеризованы для многих из этих ответов, вклад распада мРНК неизвестен. Наша цель в первых описанных здесь экспериментах состояла в том, чтобы установить скорость распада мРНК в масштабе всего генома в клетках C2C12, охарактеризовать элементы последовательности, которые влияют на оборот мРНК в этом типе клеток, и сравнить результаты с результатами для других типов клеток.

CUGBP1 представляет собой РНК-связывающий белок, количество и / или локализация которого изменяется при нескольких нервно-мышечных заболеваниях, включая миотоническую дистрофию, синдром ломкого X-тремора / атаксии (FXTAS) и окулофарингеальную мышечную дистрофию (OPMD). Помимо своей четко определенной роли в качестве регулятора сплайсинга, CUGBP1 также влияет на оборот мРНК через ассоциацию с GU-богатыми элементами (GREs) в 3’UTR своих мРНК-мишеней [21]. Связывание CUGBP1 с элементами 3’UTR приводит к привлечению деаденилаз, таких как PARN, которые могут опосредовать быстрое укорочение поли (A).Это может вызвать молчание трансляции и / или распад мРНК. Таким образом, CUGBP1 является мощным дестабилизирующим фактором мРНК. В более поздних экспериментах, описанных ниже, мы определили полный набор мРНК, связанных с CUGBP1 в мышечных клетках, с помощью иммунопреципитации РНК с последующим микрочипом (RIP-Chip).

В целом, мы обнаружили, что многие нестабильные мРНК, экспрессируемые в мышцах, содержат элементы, богатые AU и / или GU, в своих 3’UTR. Известно, что AU-богатые элементы (ARE) влияют на распад короткоживущих мРНК во многих типах клеток, в то время как GRE были подобны тем, которые недавно были идентифицированы как сайты связывания CUGBP1 в нестабильных мРНК, экспрессируемых в Т-клетках [21] и у Xenopus. [22].Сравнивая наши результаты с недавно опубликованными о распаде мРНК в плюрипотентных и дифференцирующихся эмбриональных стволовых (ES) клетках [10], мы обнаружили, что GRE значимы в разных типах клеток, тогда как некоторые ARE проявляют клеточно-специфическую активность. Набор мРНК, ассоциированных с CUGBP1 в миобластах, также был обогащен последовательностями 3’UTR, богатыми GU, но не AU-богатыми. Эти связанные с CUGBP1 мРНК, как правило, имеют короткие периоды полужизни и кодируют факторы, участвующие в таких процессах, как регуляция клеточного цикла, локализация белка, передача сигналов, апоптоз и процессинг РНК.Интересно, что несколько мРНК, ассоциированных с CUGBP1, связываются с помощью HuR и / или Pum1 в других типах клеток, что указывает на существование скоординированного или конкурентного связывания РНК-связывающих белков для достижения соответствующей регуляции. Наконец, несколько транскриптов-мишеней CUGBP1 были значительно стабилизированы в клеточной линии CUGBP1 KD. Взятые вместе, наши результаты убедительно указывают на то, что CUGBP1 является ключевым регулятором распада мРНК в мышечных клетках.

Результаты

Оценка скорости распада мРНК в клетках C2C12

Чтобы оценить скорость распада мРНК в мышечных клетках, мы обработали миобласты мышей C2C12 актиномицином D для ингибирования транскрипции и собрали образцы через 0, 10, 50, 110 и 230 мин.Мы использовали относительно короткий временной курс, чтобы минимизировать токсические эффекты ингибирования транскрипции и обеспечить более точную оценку скорости распада мРНК с коротким периодом полураспада, поскольку они с большей вероятностью регулируются. Тотальную РНК получали из каждого образца и использовали для создания ДНК-зондов для гибридизации с массивами Affymetrix Mouse Gene 1.0. Распространенность каждой мРНК наносили на график с течением времени и подгоняли к кривой экспоненциального затухания первого порядка, позволяющей определить период полураспада и доверительный интервал (подробности см. В разделе «Материалы и методы»).Эксперимент повторяли в трех экземплярах и рассчитывали средний период полураспада. Примерные периоды полураспада для двух мРНК, Gdpd3 и Fbxo5 , показаны на Фигуре 1A. Чтобы идентифицировать гены с надежными оценками периода полураспада, мы потребовали, чтобы распад хорошо соответствовал (p <0,05) экспоненциальной кривой, а диапазон доверительных интервалов (95%) для рассчитанного периода полураспада был менее чем в два раза больше. период полураспада. Кроме того, мы потребовали, чтобы эти критерии были выполнены как минимум для двух из трех повторностей.Таким образом, мы смогли получить надежные периоды полужизни для 7398 мРНК (набор данных S1). Средний период полужизни этих транскриптов составлял ~ 2,9 часа, при этом 80% транскриптов распадались с периодом полураспада от 1,6 до 5,0 часов (рис. 1B). В целом, мы обнаружили, что рассчитанные нами периоды полураспада попадают в указанный диапазон для мРНК, распад которых в клетках C2C12 исследовался другими исследователями. Например, мРНК Myod имеет период полужизни ∼93 мин из нашего анализа, что согласуется с сообщенным периодом полужизни ∼90 мин [14], а мРНК Igf1 имеет период полужизни ∼6 часов, аналогичный тому, который наблюдался ранее [ 23].

Рисунок 1. Анализ скорости распада мРНК в клетках C2C12.

( A ) Примеры кривых распада мРНК были получены методом нелинейных наименьших квадратов для мРНК с длинным и коротким периодом полураспада (подробности см. В разделе «Материалы и методы»). ( B ) Распределение периодов полураспада мРНК (полный список см. В наборе данных S1). Значения 10 -го -перцентиля и 90 -го -перцентиля (обозначены красными пунктирными линиями) использовали для выбора мРНК с коротким и длинным периодом полураспада, соответственно.Среднее значение (2,9 часа) указано красной линией.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.g001

Функциональный анализ нестабильных и стабильных транскриптов

Чтобы идентифицировать функциональные группы генов со значительно смещенными периодами полураспада, мы исследовали термины генной онтологии (GO) для наиболее и наименее стабильных 10% мРНК. Это показало, что наиболее нестабильные мРНК, экспрессируемые в миобластах, имеют тенденцию кодировать факторы, играющие роль в клеточном цикле, регуляции транскрипции, установлении и поддержании архитектуры хроматина и процессинга РНК (Таблица 1).Напротив, наиболее стабильная фракция мРНК обогащена транскриптами, кодирующими факторы, участвующие в транспорте ионов и метаболизме липидов (таблица 1).

GU-богатые и AU-богатые элементы избыточно представлены в 3’UTR нестабильных мРНК

Мы хотели определить, чрезмерно ли представлены конкретные элементы последовательности в стабильных или нестабильных мРНК. Используя наиболее (t 1/2 > 5,0 ч) и наименее (t 1/2 <1,6 ч) стабильные 10% транскриптов, мы исследовали 3'UTR для гексамеров, которые были перепредставлены в одном наборе, как по сравнению с другими.Баллы для каждого возможного гексамера показаны в таблице S1. Основанием для использования гексамеров является то, что многие элементы РНК представляют собой короткие последовательности около шести нуклеотидов [24], а предыдущие исследования показали хорошую селективность и чувствительность при использовании гексамеров для идентификации элементов РНК [25], [26]. Как показано на рисунке 2A, мы обнаружили, что гексамеры с самым высоким рейтингом включают U-богатые (> 3 последовательных Us), GU-богатые, называемые GRE (которые содержат UGU, окруженные Us, UGUG или GUGU), и богатые AU элементы или ARE. (которые содержат AUUUA).Затем мы выбрали все значимые гексамеры (P <0,01) и сгруппировали их, чтобы построить согласованные мотивы цис- -элементов и логотипы последовательностей (рисунок S1). цис- -элементы, обогащенные нестабильными РНК, были названы дестабилизирующими элементами (DE; рис. 2B). Примечательно, что цис- — элементы, соответствующие GRE (DE3-6), намного более значимы, чем элементы, соответствующие ARE (DE1 и DE2), как с точки зрения количества значимых гексамеров, так и их значений P.

Рисунок 2. Дестабилизирующие и стабилизирующие элементы в 3’UTR оказывают комбинаторное влияние на стабильность мРНК.

( A ) Топ-20 гексамеров, значительно обогащенных 3’UTR мРНК с коротким и длинным периодом полураспада. P -значения были получены на основе точного теста Фишера. ( B ) Дестабилизирующие и стабилизирующие элементы (DE и SE) были получены путем группирования значимых гексамеров (см. Рисунок S1) и представлены в виде логотипов последовательностей. ( C ) DE и SE имеют разные частоты встречаемости в 3’UTR мРНК с разным периодом полураспада. мРНК были разделены на 4 группы в зависимости от их периода полужизни (показаны на рисунке 1B), т.е.е. 0–10%, 10–50%, 50–90% и 90–100%. Для каждого элемента частоты встречаемости были стандартизированы по 4 группам путем вычисления (x-среднее) / sd, где x — частота встречаемости элемента в группе, а mean и sd — среднее значение и стандартное отклонение частот встречаемости. для элемента во всех группах.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.g002

GA-, CA- и CU-богатые элементы обогащены 3’UTR стабильных мРНК

Обратный анализ показал, что специфические элементы последовательности (стабилизирующие элементы, SE) также избыточно представлены в наиболее стабильных мРНК (рис. 2A и B).Основные элементы, которые мы идентифицировали в стабильных мРНК, являются богатыми GA (SE1), CA-богатыми (SE2-4) или CU-богатыми (SE5 и 6). Интересно, что ранее было показано, что элементы, связанные с каждым из них, обладают стабилизирующим действием для отдельных генов: богатый ГА элемент участвует в стабилизации мРНК эластина [27], повторы СА связываются с hnRNP L и придают устойчивость к распаду [28]. ] и богатые CU и богатые пиримидином элементы взаимодействуют с комплексами HuR или αCP для стабилизации мРНК [29], [30]. Насколько нам известно, наш анализ впервые установил стабилизирующую функцию для таких элементов с помощью систематического подхода.

Cis -Действующие элементы действуют комбинаторно для определения скорости распада мРНК

Затем мы исследовали распределение каждого DE и SE в различных группах мРНК в отношении периода полужизни. Как мы и предполагали, DE преобладают в нестабильных мРНК, а SE — в стабильных мРНК (рис. 2C). Однако постепенное изменение встречаемости можно заметить для всех DE и SE по мере увеличения периода полураспада мРНК. Этот результат предполагает, что общий период полужизни данной мРНК комбинаторно определяется как DE, так и SE.Для дальнейшего изучения этого понятия мы применили модель линейной регрессии, в которой каждый элемент рассматривался как переменная при определении периода полужизни мРНК. Мы построили позиционно-зависимые скоринговые матрицы (PSSM) для всех DE и SE и использовали их для сканирования последовательностей мРНК. Для полноты мы также просканировали 5’UTR и кодирующие последовательности (CDS). Каждый элемент получил оценку для данного региона, основанную на совпадении с согласованной последовательностью. Как показано в таблице S2, мы обнаружили, что определенные цис- -элементы вносят больший вклад в общую скорость распада мРНК, чем другие.Находясь в 3’UTR, последовательности ARE (DE2), GRE (DE3) и CA-богатые (SE2) являются наиболее важными в определении периода полужизни мРНК в клетках C2C12. Хотя ни один из элементов, по-видимому, не играет роли, когда находится в CDS, некоторые, такие как DE3 (GRE) и SE4 (CA-богатые), могут вносить вклад в скорость распада мРНК, когда они находятся в 5’UTR. Важно отметить, что роли всех значимых элементов в определении периода полужизни мРНК на основе линейной модели хорошо согласуются с нашим гексамерным анализом, то есть DE являются дестабилизирующими элементами, а SE — стабилизирующими элементами.Кроме того, с помощью этой линейной модели мы обнаружили, что длины 5’UTR и CDS существенно не влияют на скорость распада мРНК, а размер 3’UTR имеет лишь незначительное значение, что позволяет предположить, что период полужизни мРНК в организме определяется конкретными элементами, а не длиной последовательности. Клетки C2C12.

Вклады цис -элементов различаются в зависимости от типа клеток

Чтобы проверить, является ли регуляция скорости распада мРНК клеточно-специфической, мы сравнили наши периоды полураспада с периодами, полученными в недавнем анализе скорости распада мРНК в плюрипотентных и дифференцирующихся мышиных ES-клетках [10].Интересно, что хотя существует хорошая общая корреляция между наборами данных (рис. 3A), существует множество мРНК, которые демонстрируют разную скорость распада между клетками C2C12 и ES-клетками в трех испытанных условиях: плюрипотентные (+ фактор ингибирования лейкемии, LIF), дифференцирующиеся в отсутствие LIF и дифференцировка в присутствии ретиноевой кислоты (RA) (рис. 3B). Важно отметить, что это различие не связано исключительно с техническими различиями, поскольку различия в периоде полураспада варьируются между тремя состояниями ES-клеток, когда каждое из них сравнивается с C2C12 (рисунок S2A).Используя анализ GO, мы обнаружили, что некоторые функциональные группы генов более стабильны в некоторых типах клеток, чем в других (рисунок S2B). Например, мРНК, связанные с «трансляцией», более стабильны в плюрипотентных ES-клетках, чем другие типы клеток, в то время как мРНК, связанные с «биологической адгезией», имеют противоположную тенденцию.

Рис. 3. На распад мРНК влияют разные элементы в разных типах клеток.

( A ) Диаграммы разброса, сравнивающие период полураспада мРНК в C2C12 с периодами полужизни в плюрипотентных и дифференцирующихся эмбриональных стволовых (ES) клетках [10].ES / LIF- и ES / RA + представляют собой ES-клетки, дифференцированные путем изъятия фактора ингибирования лейкемии (LIF) и добавления ретиноевой кислоты (RA), соответственно. Коэффициент корреляции Пирсона ( r ) и значение P для линейной регрессии показаны для каждого графика. ( B ) Тепловые карты, показывающие значимость гексамеров, связанных с мРНК с коротким (левая панель) и длинным (правая панель) периодами полураспада в C2C12, ES, ES / LIF- и ES / RA +. Были отобраны 20 лучших гексамеров для каждого типа клеток и объединены, чтобы проиллюстрировать значимость переменных в разных ячейках.Каждый гексамер имеет показатель значимости (SS). SS = -log ( P -значение) * s, где значение P было получено из точного теста Фишера, и s = 1, если гексамер в значительной степени связан с мРНК с коротким периодом полураспада, и = -1 в противном случае. СС показаны на тепловой карте цветом в соответствии с масштабом, показанным на рисунке. Гексамеры были сгруппированы (евклидово расстояние и среднее сцепление) для облегчения визуализации.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.g003

Затем мы исследовали, влияют ли специфические цис- -элементы на период полураспада мРНК больше в определенных типах клеток. Мы применили тот же метод, что и для клеток C2C12, к данным ES-клеток. Как показано на рисунке 3B, хотя некоторые элементы одинаково важны в разных типах клеток, некоторые имеют существенные различия. Баллы для всех гексамеров показаны в таблице S1. Наиболее примечательными являются UGUGUG и GUGUGU, которые очень важны в нестабильных мРНК в C2C12, но не в других клетках, и несколько общих элементов, богатых AU (не AUUUA), очень значимы в ES и дифференцирующихся ES клетках, но не в C2C12.Также можно увидеть различия в стабилизирующих элементах (правая панель на рис. 3B). Таким образом, мы заключаем, что цис- -элементы используются по-разному в разных клетках.

CUGBP1 ассоциируется с GRE-содержащими мРНК в миобластах

Результаты нашего анализа периода полужизни показали, что лабильные мРНК в миобластах с большей вероятностью содержат GRE. Эти элементы, как известно, привлекают РНК-связывающий белок CUGBP1 в Т-клетках и других системах [21], [31]. Поэтому представляло интерес определить, могут ли лабильные GRE-содержащие транскрипты в мышцах быть мишенями для CUGBP1.Чтобы выделить мРНК, ассоциированные с CUGBP1, мы приготовили цитоплазматические лизаты из миобластов C2C12 и использовали моноклональные антитела против CUGBP1 для иммунопреципитации белка вместе с любыми ассоциированными мРНК. Нормальный мышиный IgG использовали в качестве отрицательного контроля. Затем мы выделили РНК как из CUGBP1, так и из контрольных иммунопреципитатов и с помощью RT-PCR определили, присутствуют ли специфические GRE-содержащие нестабильные транскрипты. Мы также искали нестабильные транскрипты, не содержащие GRE, и долгоживущие транскрипты.Как показано на рисунке 4A, три GRE-содержащие мРНК Jun (t ½ = 43 мин), Smad7 (t ½ = 61 мин) и Rnd3 (t ½ = 34 мин) были все они были обогащены РНК, разрушенной CUGBP1, по сравнению с контрольным IgG. Ранее было показано, что мРНК Jun взаимодействует с гомологом Xenopus CUGBP1 (EDEN-BP; [32]), но открытие, что CUGBP1 взаимодействует с мРНК Smad7 и Rnd3 , является новым и весьма интригующим, поскольку Белки, кодируемые обоими этими транскриптами, связаны с процессом дифференцировки в мышцах [33], [34].Напротив, обильная и сравнительно стабильная мРНК Gapdh не присутствовала ни в контрольных образцах, ни в образцах РНК, осажденных CUGBP1. Наконец, два транскрипта с короткими периодами полужизни, но без очевидных GRE, Myc (t ½ = 30 мин) и Plk2 (t ½ = 34 мин), также не продемонстрировали обогащения в иммунопреципитации CUGBP1 (рис. 4А).

Рисунок 4. Идентификация мРНК, связанных с CUGBP1.

( A ) Вестерн-блоттинг, показывающий эффективную иммунопреципитацию CUGBP1 из цитоплазматических экстрактов клеток C2C12 (LKO1) (верхняя панель).Анализы RT-PCR, показывающие специфическую ассоциацию нескольких транскриптов с иммунопреципитатами CUGBP1. Gapdh , cMyc и Plk2 являются отрицательными контролями. ( B ) Схема эксперимента с микрочипом иммунопреципитации рибонуклеопротеинов (RIP-Chip). Отношение сигнал / отрицательный сигнал представляет собой среднее значение набора зондов иммунопреципитированных образцов (α-CUGBP1) к значениям отрицательных контрольных образцов (контрольный IgG). ( C ) Распределение отношения сигнал-отрицательный (полный список см. В наборе данных S2).Значение 95 -го -процентиля (указанное на графике) использовали в качестве порогового значения для мРНК, показывающих положительную связь с CUGBP1. Соотношения транскриптов, проанализированных с помощью ОТ-ПЦР на (А) и на Фигуре S3, показаны в виде точек с красным и зеленым цветами, представляющими соответственно положительную и отрицательную иммунопреципитацию.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.g004

Глобальная идентификация мРНК, ассоциированных с CUGBP1

Мы были воодушевлены открытием, что CUGBP1 ассоциирует с определенными GRE-содержащими мРНК в клетках C2C12, и поэтому мы хотели идентифицировать полный набор связанных мРНК.Использовали тот же основной протокол иммунопреципитации, но после выделения из иммунопреципитата образцы РНК из контрольного IgG и преципитата анти-CUGBP1 использовали для подготовки ДНК-зондов для гибридизации с массивами Affymetrix Mouse Gene 1.0 (RIP-Chip [35]). Данные были нормализованы, и отношение сигнала в образце, подвергнутом иммунопреципитации CUGBP1, по сравнению с образцом отрицательного контроля было рассчитано для каждой мРНК (сигнал-отрицательный; набор данных S2). Процедура кратко представлена ​​на рисунке 4B.Транскрипты были ранжированы по соотношению, и первые 5% (881 мРНК) были определены как связанные с CUGBP1. Эти мРНК обогащены иммунопреципитатом CUGBP1 от 3 до 23 раз по сравнению с контролем. Как видно на рисунке 4C, мРНК, идентифицированные выше как связанные с CUGBP1, попали в этот набор (красные точки), в то время как те, которые не связались, выпали за пределы (зеленые точки). Более того, многие транскрипты, ранее идентифицированные другими в качестве субстратов для EDEN-BP ( Xenopus гомолог CUGBP1), также были обнаружены в иммунопреципитате CUGBP1, включая Lmo4 , Jun , Npm1 , Aurka , Aurka , , Wee1 и Bub3 [22]. Lmo4 также был ранее идентифицирован как субстрат CUGBP1 в клетках млекопитающих [36]. Связь нескольких дополнительных транскриптов с CUGBP1 была подтверждена с помощью ОТ-ПЦР (рисунок S3).

Хотя CUGBP1 связывается с пре-мРНК, чтобы регулировать выбор сайта сплайсинга [37], мы не ожидали увидеть заметного обогащения этих мишеней в нашем иммунопреципитате, поскольку в стабильном состоянии пре-мРНК обычно составляет относительно небольшую долю от общей мРНК, производимой из каждый ген. Кроме того, мы использовали цитоплазматические лизаты, которые не должны содержать значительных количеств пре-мРНК.Таким образом, мы ожидали, что большинство мРНК, связанных с CUGBP1, будут взаимодействовать с CUGBP1 через свои UTR. Поскольку факторы стабильности мРНК, включая CUGBP1, преимущественно взаимодействуют с 3’UTR, мы сосредоточили внимание на них. Сравнивая последовательности 3’UTR генов, входящих в верхние 5% соотношений сигнал-отрицательный, мы смогли выявить очень значительное обогащение гексамеров, богатых GU, в иммунопреципитированных мРНК (рис. 5A и таблица S1), включая U-богатые (≥3 последовательных Us), UGU в окружении Us и гексамеры UGUG / GUGU.Эти последовательности очень похожи на сайт связывания CUGBP1, который охарактеризован SELEX и 3-гибридным анализом [31], [38]. Важно отметить, что GRE, обогащенные иммунопреципитатом CUGBP1, также очень похожи на те, которые обогащены набором нестабильных мРНК, и включают как элементы UGUGU (DE4-подобные), так и UUGUU (DE3-подобные) элементы. Более того, связь с транскриптами с коротким периодом полужизни явно специфична для последовательности, поскольку ARE не были чрезмерно представлены в мРНК, связанных с CUGBP1.

Рис. 5. Связанные с CUGBP1 мРНК содержат GRE в своих 3’UTR.

( A ) В первой двадцатке значимых гексамеров в 3’UTR мРНК с отношениями сигнал / отрицательный сигнал выше 95 -го -перцентиля. P-значения были получены из точного теста Фишера, сравнивающего частоту встречаемости в 5% лучших транскриптов с таковой в других транскриптах. Последовательные Us> = 3 подчеркнуты, а UGU показан красным. ( B ) Сравнение отношения сигнал / отрицательный сигнал в эксперименте CUGBP1 RIP-Chip с периодом полураспада мРНК в клетках C2C12. Чтобы показать взаимосвязь, использовали график плотности генов, в котором мРНК были равномерно разделены на 20 групп на основе отношения сигнал / отрицательный сигнал (ось x) или периода полужизни (ось y).Количество мРНК в каждой ячейке таблицы 20 × 20 (наблюдаемое значение, набл.) Было нормализовано к среднему значению для всех ячеек (ожидаемое значение). Соотношения (наблюдаемые / ожидаемые) показаны на тепловой карте в соответствии с цветовой шкалой, показанной на рисунке. Красный символизирует обогащение, а синий — истощение.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.g005

Функциональный анализ мРНК, ассоциированных с CUGBP1

В соответствии с наблюдением, что лабильные мРНК с большей вероятностью имеют GRE в своих 3’UTR, мы обнаружили, что мРНК, ассоциированные с CUGBP1, обычно имеют более короткий период полураспада, чем те, которые не были иммунопреципитированы.Это можно визуализировать на графике плотности генов, показанном на рисунке 5B. На этом графике красный цвет указывает на обогащение генов, а синий указывает на истощение генов. Таким образом, высокие отношения сигнал / отрицательный сигнал (связь с CUGBP1) коррелируют с короткими периодами полураспада, в то время как низкие отношения сигнал / отрицательный сигнал (без связи с CUGBP1) коррелируют с длинными периодами полураспада. Это хорошо согласуется с нашими знаниями о роли CUGBP1 как фасилитатора распада мРНК [7], [21]. Кроме того, связанные с CUGBP1 мРНК, как и набор лабильных мРНК, кодируют факторы, участвующие в клеточном цикле, но мРНК, функции которых связаны с процессингом РНК, внутриклеточным транспортом и апоптозом, также представлены в избыточном количестве (Таблица 2).

Подмножество целей CUGBP1 используется совместно с HuR и / или Pum1

Предпочтения последовательностей CUGBP1 перекрываются с предпочтениями последовательностей белков HuR и Pum1, оба из которых также способны связываться с элементами с основным тринуклеотидом UGU. Предпочтительный сайт связывания HuR был недавно определен как UUU (G / U) UUU [24], а для Pum1 — UGUANAUA [39], [40]. Поэтому мы сравнили набор мРНК, которые иммунопреципитировали с CUGBP1, с аналогичными наборами, созданными для HuR ([41]) и Pum1 ([39], [40]).Эти наборы данных были созданы с использованием линий клеток человека в различных условиях, но тем не менее мы смогли выявить значительное совпадение между ними (Таблица S3). Действительно, более 50 транскриптов связываются всеми тремя этими РНК-связывающими белками. Транскрипты, общие для HuR и CUGBP1, обогащены факторами, связанными с клеточным циклом и посттранскрипционной регуляцией экспрессии генов, тогда как общие для CUGBP1 и Pum1 связаны с пролиферацией клеток (Таблица S4). Интересно, что CUGBP1 и HuR могут коиммунопреципитироваться РНК-зависимым образом, что подтверждает существование мРНП, содержащих как CUGBP1, так и HuR (данные не показаны).Однако потребуется дальнейшая работа, чтобы определить, происходит ли конкуренция или ко-ассоциация во время связывания этих RBP с отдельными транскриптами.

Истощение CUGBP1 приводит к стабилизации транскриптов-мишеней

Наконец, учитывая убедительные доказательства связывания CUGBP1 с GREs в короткоживущих мРНК, мы хотели определить, влияет ли CUGBP1 непосредственно на скорость распада мРНК. Мы использовали ранее описанную линию C2C12 (CUGBP1 KD), в которой CUGBP1 стабильно подавляется посредством экспрессии shRNA, нацеленной на 3’UTR [15].Мы исследовали изменения скорости распада мРНК в клеточной линии CUGBP1 KD после ингибирования транскрипции актиномицином D. Обилие представляющих интерес транскриптов было количественно определено с помощью qRT-PCR и нормализовано до Gapdh , который не распадается значительно с течением времени. Мы выбрали для исследования пять транскриптов, которые иммунопреципитировались с помощью CUGBP1 ( Ppp1r15b , Rnd3 , Smad7 , Myod1 и Runx3 ). Из этих мРНК, которые были обогащены между 4.4 и 13,7 раза в иммунопреципитате CUGBP1, первые четыре показали значительную стабилизацию в линии клеток KD, в то время как мРНК Runx3 не пострадала (фигура 6). Интересно, что изучение 3’UTR этих пяти транскриптов показывает, что все они имеют сильные совпадения с GRE. Runx3 была самой стабильной мРНК, которую мы рассматривали (t 1/2 ∼98 мин), и имеет обширные CU-богатые и CA-богатые элементы в ее 3’UTR, которые напоминают те, которые мы определили как стабилизирующие элементы. Мы предполагаем, что они могут преодолеть любую нестабильность, опосредованную CUGBP1, в условиях, используемых здесь.Мы находим особенно интересным, что CUGBP1 KD стабилизирует мРНК Myod1 , поскольку этот транскрипт, который кодирует специфичный для мышц фактор транскрипции, демонстрирует резкую стабилизацию во время миогенеза за счет ассоциации белка HuR.

Рисунок 6. Связанные с CUGBP1 мРНК стабилизированы в клетках с нокдауном CUGBP1.

Скорости распада указанных мРНК оценивали в клетках C2C12 (LKO1) и CUGBP1 KD с помощью qRT-PCR после ингибирования транскрипции актиномицином D.Количество интересующей мРНК было нормализовано до Gapdh в каждый момент времени. Каждый период полужизни измеряли трижды в каждой клеточной линии. Отображаются репрезентативные результаты.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.g006

Discussion

В этом исследовании мы определили скорость распада более 7000 мРНК в миобластах мыши C2C12. Мы определили термины GO, связанные со стабильными и нестабильными мРНК, и обнаружили специфические элементы последовательности 3’UTR, связанные с нестабильностью (GRE и ARE) и со стабильностью (CA, CU и богатые GA элементы).Наш анализ показал, что определенные элементы в разной степени влияют на скорость распада мРНК в клетках C2C12 и ES. Мы также продемонстрировали, что CUGBP1 ассоциирует с GRE-содержащими мРНК в C2C12s и что некоторые из этих субстратов являются общими с Pum1 и / или HuR. Наконец, нокдаун CUGBP1 приводит к стабилизации нескольких GRE-содержащих мРНК. Эти данные демонстрируют четкую роль CUGBP1 как важного регулятора распада мРНК в мышечных клетках.

Клеточная регуляция скорости распада мРНК

Сравнение наших периодов полураспада с периодами, полученными с помощью аналогичного подхода в плюрипотентных и дифференцирующихся ES-клетках, показало хорошую общую корреляцию (рис. 3A), но некоторые различия очевидны.Во-первых, наш средний период полураспада (2,9 часа) значительно короче, чем те, которые были определены ранее для ES-клеток (+ LIF = 7,1 часа, −LIF = 5,5 часов, + RA = 8,6 часа [10]) и других типов клеток (HepG2> 10 часов. [42], NIh4T3 = 4.6ч [4]). Хотя это различие может быть достоверным, мы разработали наш эксперимент, чтобы способствовать точному определению коротких периодов полураспада, что могло привести к тому, что более длинные периоды полураспада были недостаточно представлены, поскольку они с меньшей вероятностью соответствовали нашим строгим критериям. Точно так же эксперимент с ES-клетками [10] показал более длительные периоды полураспада, поскольку первая временная точка была взята через 1 час, таким образом, средний период полураспада в этих случаях может быть завышенным.

Нам было интересно отметить, что термины GO, наиболее существенно связанные с нестабильностью, различаются между типами клеток. Хотя мРНК, кодирующие факторы, связанные с регуляцией транскрипции, нестабильны во всех типах клеток, исследованных на сегодняшний день (рис. S2B) [10], [42], [43], мРНК, связанные с клеточным циклом, нестабильны в C2C12 и HepG2 [42], но не в ES-клетки [10], человеческие B-клетки [43] или фибробласты NIh4T3 [43]. Интересно то, что мРНК, кодирующие факторы, связанные с функциями обработки РНК, по-видимому, дестабилизированы исключительно в C2C12s, поскольку этот термин GO не имеет существенной связи с нестабильностью в других типах клеток [10], [42], [43].

Существуют также явные различия в периоде полужизни между типами клеток для определенных наборов генов, предполагая, что изменения в скорости распада мРНК могут вносить очень значительный вклад в координацию экспрессии генов во время дифференцировки. Например, клетки ES (-LIF) демонстрируют повышенную стабильность мРНК, кодирующей белки, участвующие в мочеполовой системе и развитии скелета, в то время как в клетках ES (+ RA) мРНК, кодирующие факторы, связанные с «нейрогенезом» и «локализацией клетки», стабилизированы ( Рисунок S2).Поскольку удаление LIF вызывает энтодермальную дифференцировку [44], а добавление RA способствует нейрональной дифференцировке [45], эти результаты согласуются с избирательной стабилизацией мРНК в определенных функциональных группах для координации программ дифференцировки.

Влияние GRE и ARE на стабильность мРНК также зависит от типа клеток

Мы обнаружили, что в C2C12s элементы, богатые GU и AU, чрезмерно представлены в 3’UTR нестабильных транскриптов. Глобальный анализ распада мРНК в нескольких типах клеток показал воспроизводимую связь ARE с нестабильностью [1], [10], [42].Однако наши результаты показывают, что влияние GRE может различаться в разных типах клеток. Например, в первичных Т-клетках человека GRE типа UGUUUGUUUGU (связанные с DE3) были обогащены короткоживущими мРНК, но другие GRE, такие как UGUGU (DE4), не были идентифицированы [21]. В клетках HepG2 и Bud8 наблюдается сильная корреляция UUUUUUU с нестабильностью, точно так же, как мы обнаружили у C2C12s, но нет доказательств какого-либо влияния GRE на период полужизни мРНК [42]. Наконец, когда мы исследовали влияние наших дестабилизирующих элементов на скорость распада в ES-клетках, мы обнаружили, что как GRE, так и ARE коррелируют с нестабильностью во всех трех условиях, но ARE (особенно типа не AUUUA), по-видимому, более значимы в ES-клетках и их производных, чем в C2C12s.Примечательно, что элементы типа DE4 (UGUGU) влияют на распад больше в C2C12s, чем в ES клетках (Рисунок 3B). Мы пришли к выводу, что определенные элементы, вероятно, способствуют регуляции паттернов экспрессии генов в зависимости от типа клетки. Тот факт, что элементы UGUGU влияют на распад мРНК в миобластах больше, чем другие типы клеток, может быть обусловлен тем, что мРНК, специфичные для мышц, с большей вероятностью содержат эти элементы, и / или конкретный фактор, такой как CUGBP1, более активен в миобластах.

регуляторы CUGBP1

Тщательное изучение мРНК, собранных в эксперименте RIP-Chip (Dataset S2), показывает, что существуют классы транскриптов со связанными ролями в клеточном метаболизме, экспрессия которых может скоординированно контролироваться посредством ассоциации CUGBP1.Например, мРНК, кодирующие три из шести белковых субъединиц Signal Recognition Particle ( Srp54b , Srp68 , Srp72 ), которая распознает сигнальный пептид мембранных и секреторных белков и направляет их транслокацию в эндоплазматический ретикулум (ER ) [46], находятся в наборе транскриптов, связанных с CUGBP1. Все три содержат сильные GRE в своих 3’UTR. Общие мРНК, кодирующие факторы, связанные с клеточным компонентом ГО «эндоплазматический ретикулум», значительно обогащены набором иммунопреципитированных транскриптов (p = 2.34 × 10 −6 ). В частности, некоторые факторы, кодирующие транскрипты, необходимые для более поздних стадий входа и процессинга белков в ER, также иммунопреципитируются с помощью CUGBP1 (например, компоненты Translocon ( Tram1 , Ssr1 ) Сигнальные пептидазы ( Spcs2 , Sppl3 ), Субъединицы олигосахарилтрансферазы ( Stt3a , Dad1 Krtcap2 ) и шапероны ( Calr , Canx )). Поэтому мы предполагаем, что CUGBP1 может быть важным регулятором гомеостаза ER.В другом предполагаемом РНК-регулоне мРНК, кодирующие три компонента теломерного комплекса Shelterin ( Terf1 , Terf2 , Pot1a ) [47], также присутствуют в иммунопреципитатах CUGBP1.

Сетевая регуляция РНК-связывающих белков

Недавнее исследование шести РНК-связывающих белков (AUF1, HuR (ElavL1), NF90, TIA-1, TIAR и KSRP) показало, что каждый из этих факторов связывается со своей собственной мРНК и что каждый также регулирует экспрессию одного или нескольких остальных [48].Теперь мы можем добавить CUGBP1 к этому классу РНК-связывающих белков, которые обладают способностью саморегулироваться, поскольку мы обнаружили, что CUGBP1 связан со своей собственной мРНК. Более того, мы обнаружили, что CUGBP1 ассоциируется с транскриптами, кодирующими множество РНК-связывающих белков, включая несколько факторов сплайсинга, а также PABPN1, PABPC4, HuR (ElavL1) и Pum1 (Dataset S2). Это дает дополнительную поддержку недавним исследованиям, предполагающим, что существует сложная сеть саморегуляции и перекрестной регуляции для РНК-связывающих белков, участвующих в посттранскрипционном контроле [48].

Конкуренция и / или сотрудничество с другими ОДП

Многие из обнаруженных нами транскриптов, связанных с CUGBP1, также были удалены в экспериментах с RIP-Chip, проведенных на человеческих клетках с использованием антител против HuR и / или против Pumilio (Pum1) [39] — [41] (Таблица S3). Возникает вопрос, связываются ли CUGBP1 и другие факторы связывания РНК (оба из которых также регулируют распад и трансляцию мРНК) в разных сайтах одного и того же транскрипта или конкурируют за один и тот же сайт связывания.Было показано, что HuR конкурирует с другим членом семейства CELF, CUGBP2, за связывание с Ptgs2 (Cox2) 3’UTR для регуляции трансляции [49]. Аналогичная конкуренция может легко возникнуть с CUGBP1, который очень гомологичен CUGBP2, поскольку мРНК Ptgs2 была иммунопреципитирована в нашем RIP-чипе. Конкуренция между HuR и CUGBP1 за связывание с мишенями РНК может быть относительно обычным явлением, поскольку есть явное сходство между недавно определенными предпочтениями связывания с высоким содержанием U для HuR [24] и элементами связывания CUGBP1, определенными здесь и другими [31], [38].У эмбрионов Xenopus соседние сайты связывания Pum1 и CUGBP1 необходимы для достижения пространственно регулируемой трансляции мРНК xCR1 [50]. Сайты связывания Pum1 могут также перекрываться с сайтами CUGBP1, поскольку оба белка имеют предпочтение в отношении последовательностей, богатых U / пурином.

Поскольку CUGBP1 играет такую ​​важную роль в мышечных клетках, мы более внимательно изучили CUGBP1-ассоциированные транскрипты, которые кодируют белки, участвующие в процессе миогенеза. Следует отметить, что мРНК Myod1 [14], Myog [14], Cdkn1a [14], Eif4e [51], Ccnd1 [52] и Dusp1 (Mkp1) [53] все они распознаются как CUGBP1, так и HuR и демонстрируют регулируемый распад и / или трансляцию.Важно отметить, что первые четыре из этих мРНК значительно активируются во время миогенной дифференцировки [51], [54]. Некоторые другие факторы, кодируемые мРНК, связанной с CUGBP1, также активируются во время миогенеза, включая Eif4ebp1 [54], CD9 [55], Cdon [56], Igfbp5 [57], Smad7 [33]. ] и Rnd3 [34]. На рисунке 6 мы показали, что мРНК Myod1 стабилизируется в миобластах C2C12 после нокдауна CUGBP1. В настоящее время мы изучаем, координируется ли CUGBP1 с HuR для достижения соответствующей регуляции миогенных факторов, таких как Myod1 , при отмене клеточного цикла и слиянии миобластов во время дифференцировки.

Мышечно-специфическая регуляция с помощью CUGBP1

Функция и экспрессия CUGBP1 резко изменяются при миотонической дистрофии I типа (DM1) [58] — [60]. Имеются также доказательства того, что CUGBP1 секвестрируется при окулофарингеальной мышечной дистрофии [61] и синдроме тремора / атаксии, ассоциированного с ломкой Х-хромосомой [62] и чрезмерно экспрессируется при спинальной бульбарной мышечной атрофии [63]. При DM1 имеется множество убедительных доказательств аберрантного выбора сайтов сплайсинга в нескольких клинически значимых транскриптах [64] — [67], но меньше исследований изучали влияние на стабильность или трансляцию мРНК.Недавно мы показали, что стабильность мРНК действительно может быть нарушена при DM1. Транскрипт-мишень CUGBP1, мРНК TNF, стабилизируется в условиях DM-подобных из-за нарушения функции CUGBP1 [15]. Представленные здесь результаты предполагают, что влияние на стабильность мРНК может вносить значительный вклад в патогенез нервно-мышечных заболеваний.

Материалы и методы

Культура клеток

клеток C2C12 были получены из АТСС (CRL-1772). Две использованные здесь клеточные линии были описаны ранее [15] и представляют собой стабильные линии, полученные из CRL-1772, содержащие либо пустой лентивирусный вектор (LKO1), либо вектор, кодирующий shRNA против CUGBP1.Эти клеточные линии культивировали в DMEM с 10% FBS, 10 ед. / Мл пенициллина, 10 мкг / мл стрептомицина и 1 мкг / мл пуромицина. Конфлюэнтность клеток поддерживалась ниже 70% для предотвращения дифференцировки.

Сбор образцов с периодом полураспада мРНК и контроль качества

Клетки

C2C12 (LKO1) выращивали до конфлюэнтности <70%, транскрипция ингибировалась добавлением актиномицина-D (8 мкг / мл Sigma) в течение 30 мин. Клетки собирали в Trizol ™ (Invitrogen) в указанные моменты времени после инкубации, и общую РНК получали в соответствии с инструкциями производителя.Концентрация, чистота и качество РНК определялись с помощью Bioanalyzer (Agilent). Прекращение транскрипции проверяли с использованием 1 мкг общей РНК в анализах qRT-PCR для измерения периода полужизни Myod1 или Myog с использованием Gapdh в качестве контрольного гена. Для изучения изменений периода полужизни в клетках CUGBP1 KD по сравнению с контрольными (LKO1) клетки, образцы общей РНК были собраны из контрольных клеток и клеток CUGBP1 KD, и количество интересующего транскрипта было определено с помощью qRT-PCR в каждой временной точке с использованием праймеров, описанных в Таблица S5.

Иммунопреципитация РНК

Клеточные лизаты получали из пролиферирующих клеток C2C12 (LKO-1) (конфлюэнтность <70%), как описано ранее [68]. Иммунопреципитаты выделяли путем инкубации 100 мкл очищенного лизата с 7 мкл нормального IgG (Santa Cruz sc-3877) или антитела против αCUGBP1 (моноклонального 3B1) в течение 1 часа на льду. После кратковременного центрифугирования при 4 ° C реакционную смесь переносили в 100 мкл 10% суспензии шариков сефарозы Protein-G (Sigma) в буфере NT-2 (50 мМ Tris pH7.4, 150 мМ NaCl, 1 мМ MgCl 2 , 0,05% Nonidet P-40) и встряхивали в течение 1 часа при 4 ° C. Гранулы дважды промывали 250 мкл буфера NT-2, переносили в микровращающую колонку (Pierce) и еще четыре раза промывали 200 мкл буфера NT-2. Гранулы собирали и наличие РНК или белков оценивали с помощью ОТ-ПЦР или вестерн-блоттинга соответственно. Для анализа РНК в шарики для элюирования добавляли Trizol ™ (Invitrogen) и выделяли РНК в соответствии с инструкциями производителя. 1 мкл РНК подвергали обратной транскрипции с помощью случайных гексамеров, и полученную кДНК использовали в реакции ПЦР для амплификации интересующего гена.Продукты реакции разделяли на 2% -ном агарозном геле, окрашенном бромидом этидия. Белки элюировали 6-кратным загрузочным буфером SDS и кипятили в течение 5 минут перед тем, как они были разделены с помощью SDS-PAGE (10% гели) и проанализированы с помощью вестерн-блоттинга.

Приготовление образцов РНК и гибридизация на микрочипах

Образцы

РНК были выделены из Trizol ™ (Invitrogen) в соответствии с протоколом производителя. 300 нг общей РНК для массивов периода полужизни или 100 нг для массивов иммунопреципитации использовали для создания меченых фрагментов кДНК для гибридизации с геном 1 Mouse Affymetrix.0 ST-массивы в соответствии с протоколом производителя (GeneChip ™ WT cDNA Synthesis Kit #

  • 2 и #
  • 0). Производство зондов и гибридизация были выполнены Центром геномики и протеомики Университета штата Колорадо. Эксперименты с периодом полураспада проводили в трех экземплярах, причем каждая временная точка гибридизировалась с одним массивом. Иммунопреципитацию проводили в двух экземплярах для вводимых РНК, иммунопреципитированных CUGBP1 (3B1) и иммунопреципитированных иммунопреципитированными IgG мыши (Santa Cruz sc-3877), при этом каждый образец гибридизовали с одним массивом.Отношение сигнал / отрицательный сигнал, приведенное в наборе данных S2, является средним значением набора зондов для иммунопреципитированных образцов (α-CUGBP1) к таковым для образцов отрицательного контроля (контрольный IgG).

    Анализ микрочипов

    Суммарную РНК

    получали из каждого образца и использовали для создания зондов для гибридизации с массивами Affymetrix Mouse Gene 1.0. Микроматричный анализ проводили на образцах, собранных через 0, 10 минут, 50 минут, 110 минут и 230 минут после обработки актиномицином D. Транскрипты, зонд которых установлен с обнаружением выше фонового значения P <0.05 по крайней мере в 2 из 3 повторов в момент времени 0 мин считали выраженным и использовали для последующих анализов. Все значения наборов датчиков были нормализованы до 5 -го значений процентилей всех наборов датчиков в одном и том же массиве. Все данные соответствуют требованиям MIAME, а необработанные данные хранятся в базе данных GEO (инвентарный номер GSE21236).

    Расчет периода полураспада

    Нелинейная модель наименьших квадратов, описанная в [69], была использована для расчета периодов полураспада с использованием данных микрочипа.Считалось, что транскрипт имеет надежное измерение периода полужизни, если 1) данные микроматрицы хорошо подходят для нелинейной модели наименьших квадратов (значение P <0,05) и 2) 95% доверительный интервал для периода полураспада менее чем в два раза превышает период полураспада. Транскрипты с достоверным периодом полураспада по крайней мере в двух из трех повторов были отобраны для дальнейшего анализа.

    GO анализ

    Чтобы определить функциональные группы генов, у которых время полужизни значительно изменилось, мы исследовали термины онтологии генов (GO) для генов, кодирующих наиболее стабильные 10% и наименее стабильные 10% транскриптов.Был проведен точный тест Фишера, чтобы идентифицировать значительно обогащенные термины GO для выбранных генов. Сходные методы были использованы для идентификации значимых терминов GO для транскриптов, коиммунопреципитированных с CUGBP1, и транскриптов, которые связывают CUGBP1 и / или Pum1 и HuR. Для сравнения между типами клеток мы использовали только гены, которые были экспрессированы и имели хорошие измерения периода полужизни во всех клетках, использованных в этом исследовании.

    Cis элементный анализ

    Чтобы идентифицировать дестабилизирующие и стабилизирующие элементы в 3’UTR, мы взяли самые стабильные 10% и наименее стабильные 10% транскриптов и исследовали гексамеры в их 3’UTR.Достоверность чрезмерного представительства гексамера в каждом наборе рассчитывалась с помощью точного критерия Фишера, сравнивающего эти два набора. Сходные методы использовали для получения значимости избыточного представительства гексамеров в 3’UTR транскриптов, коиммунопреципитированных с CUGBP1. Последовательности 3’UTR были получены из базы данных UCSC RefSeq. Гексамеры были сгруппированы с образованием мотивов цис- элементов, как описано в [25]. Вкратце, выбранные значимые гексамеры сравнивали на основании сходства их последовательностей.Сходные гексамеры были сгруппированы, чтобы получить позиционно-зависимые скоринговые матрицы (PSSM) и логотипы последовательностей. PSSM использовались для сканирования последовательностей на предмет совпадений с цис-элементами . Для сравнения между типами клеток мы использовали только гены, которые были экспрессированы и имели хорошие измерения периода полужизни во всех клетках, использованных в этом исследовании.

    Вспомогательная информация

    Рисунок S2.

    Разница в периоде полужизни мРНК для разных типов клеток. (A) Отношения периодов полураспада в клетках ES, ES / LIF- и ES / RA + к таковым в C2C12 были рассчитаны, нормализованы по среднему значению строки и представлены на тепловой карте в соответствии с цветовой шкалой, показанной в нижней части графика. .(B) Значимые термины онтологии генов (GO), связанные с мРНК с коротким и длинным периодом полураспада в разных типах клеток. Баллы значимости (SS) рассчитывались для каждого члена GO. SS = -log (P-значение) * s, где P-значение было основано на тестах Колмогорова-Смирнова, и s было 1, если термин GO был более значимо связан с мРНК с большим периодом полураспада, или -1 в противном случае. SS показаны на тепловой карте в соответствии с цветовой шкалой, показанной на рисунке. Показаны только те члены GO с SS> 3 или <−3, по крайней мере, в одном типе ячеек.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.s004

    (0,68 МБ TIF)

    Рисунок S3.

    Проверка результатов RIP-Chip с помощью RT-PCR. РНК, иммунопреципитированные анти-CUGBP1 или нормальным IgG, подвергали ОТ-ПЦР с праймерами, специфичными для указанных генов. Продукты ПЦР визуализировали на 2% агарозном геле, окрашенном бромидом этидия. Входные дорожки содержат 10% РНК, выделенной из образцов до иммунопреципитации.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.s005

    (0,22 МБ TIF)

    Таблица S1.

    Показатели полураспада гексамера и анализы RIP-Chip. Для анализа периода полужизни оценивалась ассоциация каждого гексамера с мРНК с коротким и длинным периодом полужизни и рассчитывалась оценка по уравнению Оценка значимости = −log (P-значение) * s, где значение P основывалось на точном критерии Фишера и s = 1, если гексамер чрезмерно представлен в мРНК с длинным периодом полужизни, или -1, если он чрезмерно представлен в мРНК с коротким периодом полужизни. Для анализа RIP-Chip оценивали наличие каждого гексамера в наборе мРНК, иммунопреципитированных с помощью CUGBP1.Показанное значение — -log (P-значение), где P-значение было основано на точном тесте Фишера.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.s006

    (0,57 МБ XLS)

    Таблица S2.

    Вклад цис-элементов в различных регионах мРНК в период полужизни, проанализированный с помощью линейной модели. Линейная модель основана на y = a + b1x1 + b2x2 + b3x3… + bnxn, ​​где y — период полураспада мРНК, a — перехват модели, x1… xn — различные характеристики мРНК, включая оценки DE и SE в разных области мРНК (3′UTR, CDS или 5′UTR) и размер каждой области, а b1… bn — наклоны для x1… xn.Наклон> 0 указывает на вклад в стабилизацию, а наклон <0 указывает на вклад в дестабилизацию. P-значение для bn указывает на его значимость, то есть вероятность того, что bn равно 0 (нулевая гипотеза). Размер - это размер последовательности.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.s007

    (0,05 МБ DOC)

    Таблица S3.

    Списки мРНК-мишеней, общих для CUGBP1, HuR и / или Pum1. Наборы данных из экспериментов с RIP-чипом с использованием антител HuR и Pum1 [39] — [41] сравнивали с набором мРНК, иммунопреципитированных с CUGBP1, с использованием анализа Ingenuity Pathways (Ingenuity Systems, www.ingenuity.com). Перечислены символы генов, мРНК которых связаны указанными РНК-связывающими белками.

    https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011201.s008

    (0,03 МБ XLS)

    Таблица S4.

    Лучшие термины онтологии генов, связанные с общими целевыми мРНК CUGBP1, HuR и Pum1. P-значения были получены из точного критерия Фишера, который указывает на значимость обогащения терминов GO. Показаны шесть лучших терминов GO.

    https://doi.org/10.1371 / journal.pone.0011201.s009

    (0,05 МБ DOC)

    Благодарности

    Мы благодарим сотрудников лабораторий Вилуша и Тиан за полезные обсуждения и критическое прочтение рукописи. Мы также благодарим Центр геномики и протеомики Университета штата Колорадо за их технический вклад в создание микрочипов.

    Вклад авторов

    Задумал и спроектировал эксперименты: JW BT CJW. Проведены эксперименты: JEL JYL CJW. Проанализированы данные: JEL JYL CJW.Написал статью: BT CJW.

    Ссылки

    1. 1. Рагхаван А., Огилви Р.Л., Рейли С., Абельсон М.Л., Рагхаван С. и др. (2002) Полногеномный анализ распада мРНК в покоящихся и активированных первичных Т-лимфоцитах человека. Nucleic Acids Res 30: 5529–5538.
    2. 2. Шен X, Коллиер Дж. М., Хлаинг М., Чжан Л., Делшад Э. Х. и др. (2003) Полногеномное исследование прерывания клеточного цикла миобластов во время дифференцировки. Дев Дин 226: 128–138.
    3. 3. Шалем О, Дахан О, Лево М., Мартинес М.Р., Фурман И. и др.(2008) Временные транскрипционные ответы на стресс генерируются противоположными эффектами продукции и деградации мРНК. Мол сист Биол 4: 223.
    4. 4. Долкен Л., Ружикс З., Радле Б., Фридель С.С., Циммер Р. и др. (2008) Профилирование экспрессии генов с высоким разрешением для одновременного анализа кинетических параметров синтеза и распада РНК. РНК 14: 1959–1972.
    5. 5. Molin C, Jauhiainen A, Warringer J, Nerman O, Sunnerhagen P (2009) изменения стабильности мРНК предшествуют изменениям в количествах мРНК в устойчивом состоянии во время гиперосмотического стресса.РНК 15: 600–614.
    6. 6. Гарно Н.Л., Вилуш Дж., Вилуш С.Дж. (2007) Дороги и пути распада мРНК. Nat Rev Mol Cell Biol 8: 113–126.
    7. 7. Moraes KC, Wilusz CJ, Wilusz J (2006) CUG-BP связывается с субстратами РНК и рекрутирует PARN-деаденилазу. РНК 12: 1084–1091.
    8. 8. Fan XC, Steitz JA (1998) Сверхэкспрессия HuR, ядерно-цитоплазматического челночного белка, увеличивает стабильность ARE-содержащих мРНК in vivo. EMBO J 17: 3448–3460.
    9. 9. Peng SS, Chen CY, Xu N, Shyu AB (1998) Стабилизация РНК с помощью белка, связывающего AU-богатый элемент, HuR, белка ELAV. EMBO J 17: 3461–3470.
    10. 10. Шарова Л.В., Шаров А.А., Недорезов Т., Пиао Ю., Шаик Н., Ко М.С. (2009) База данных по периоду полужизни мРНК 19 977 генов, полученная с помощью анализа микрочипов ДНК плюрипотентных и дифференцирующихся эмбриональных стволовых клеток мыши. ДНК Res 16: 45–58.
    11. 11. Gong C, Kim YK, Woeller CF, Tang Y, Maquat LE (2009) SMD и NMD представляют собой конкурентные пути, которые способствуют миогенезу: эффекты на мРНК PAX3 и миогенина.Гены Дев 23: 54–66.
    12. 12. Салехзада Т., Камбье Л., Ву Т.Н., Манчон Л., Ренье Л., Бисбаль С. (2009) Эндорибонуклеаза L (РНКаза L) регулирует миогенный и адипогенный потенциал миогенных клеток. PLoS ONE 4: e7563.
    13. 13. Briata P, Forcales SV, Ponassi M, Corte G, Chen CY и др. (2005) p38-зависимое фосфорилирование фактора KSRP, способствующего распаду мРНК, контролирует стабильность выбранных миогенных транскриптов. Mol Cell 20: 891–903.
    14. 14.Фигероа А., Куадрадо А., Фан Дж., Атасой Ю., Маскат Дж. Э. и др. (2003) Роль HuR в миогенезе скелета через координированную регуляцию генов дифференцировки мышц. Mol Cell Biol 23: 4991–5004.
    15. 15. Zhang L, Lee JE, Wilusz J, Wilusz CJ (2008) РНК-связывающий белок CUGBP1 регулирует стабильность мРНК фактора некроза опухоли в мышечных клетках: последствия для миотонической дистрофии. J Biol Chem 283: 22457–22463.
    16. 16. Du H, Cline MS, Osborne RJ, Tuttle DL, Clark TA и др.(2010) Аберрантный альтернативный сплайсинг и экспрессия генов внеклеточного матрикса в мышиных моделях миотонической дистрофии. Nat Struct Mol Biol 17: 187–193.
    17. 17. Wu X, Wang J, Cui X, Maianu L, Rhees B и др. (2007) Влияние инсулина на экспрессию генов и биохимические пути в скелетных мышцах человека. Эндокринная 31: 5–17.
    18. 18. Warren GL, Summan M, Gao X, Chapman R, Hulderman T, Simeonova PP (2007) Механизмы повреждения и восстановления скелетных мышц, выявленные исследованиями экспрессии генов на моделях мышей.J Physiol 582: 825–841.
    19. 19. Juretic N, Urzua U, Munroe DJ, Jaimovich E, Riveros N (2007) Дифференциальная экспрессия генов в клетках скелетных мышц после деполяризации мембраны. J. Cell Physiol 210: 819–830.
    20. 20. Чен Ю.В., Хубал М.Дж., Хоффман Е.П., Томпсон П.Д., Кларксон П.М. (2003) Молекулярные реакции мышц человека на эксцентрические упражнения. J Appl Physiol 95: 2485–2494.
    21. 21. Власова И.А., Тахо Н.М., Фан Д., Ларссон О., Раттенбахер Б. и др.(2008) Консервативные элементы, богатые GU, опосредуют распад мРНК путем связывания с CUG-связывающим белком 1. Mol Cell 29: 263–270.
    22. 22. Graindorge A, Le TO, Thuret R, Pollet N, Osborne HB, Audic Y (2008) Идентификация целевых мРНК CUG-BP1 / EDEN-BP у Xenopus tropicalis. Nucleic Acids Res 36: 1861–1870.
    23. 23. Frost RA, Nystrom GJ, Lang CH (2003) Фактор некроза опухоли-альфа снижает экспрессию рибонуклеиновой кислоты-мессенджера инсулиноподобного фактора-I в миобластах C2C12 через путь N-концевой киназы Jun.Эндокринология 144: 1770–1779.
    24. 24. Ray D, Kazan H, Chan ET, Pena CL, Chaudhry S, et al. (2009) Быстрый и систематический анализ специфичности распознавания РНК РНК-связывающими белками. Nat Biotechnol 27: 667–670.
    25. 25. Hu J, Lutz CS, Wilusz J, Tian B (2005) Биоинформатическая идентификация кандидатных цис-регуляторных элементов, участвующих в полиаденилировании мРНК человека. РНК 11: 1485–1493.
    26. 26. Fairbrother WG, Yeh RF, Sharp PA, Burge CB (2002) Прогностическая идентификация энхансеров экзонного сплайсинга в генах человека.Наука 297: 1007–1013.
    27. 27. Hew Y, Lau C, Grzelczak Z, Keeley FW (2000) Идентификация GA-богатой последовательности в качестве сайта связывания белка в 3′-нетранслируемой области мРНК куриного эластина с потенциальной ролью в онтогенетической регуляции стабильности стабильности мРНК эластина . J Biol Chem 275: 24857–24864.
    28. 28. Hui J, Reither G, Bindereif A (2003) Новая функциональная роль CA-повторов и hnRNP L в стабильности РНК. РНК 9: 931–936.
    29. 29. Wein G, Rossler M, Klug R, Herget T (2003) 3′-UTR мРНК, кодирующей основной субстрат протеинкиназы C MARCKS, содержит новый богатый CU элемент, взаимодействующий со стабилизирующими факторами мРНК.HuD и HuR Eur J Biochem 270: 350–365.
    30. 30. Kong J, Sumaroka M, Eastmond DL, Liebhaber SA (2006) Общие стабилизирующие функции богатых пиримидином детерминант в мРНК эритроидной 15-липоксигеназы и альфа-глобина. Mol Cell Biol 26: 5603–5614.
    31. 31. Marquis J, Paillard L, Audic Y, Cosson B, Danos O и др. (2006) CUG-BP1 / CELF1 требует UGU-богатых последовательностей для связывания с высокой аффинностью. Biochem J 400: 291–301.
    32. 32. Paillard L, Legagneux V, Maniey D, Osborne HB (2002) c-Jun ARE нацелены на деаденилирование мРНК с помощью пути, зависимого от EDEN-BP (белок, связывающий элемент деаденилирования эмбриона).J Biol Chem 277: 3232–3235.
    33. 33. Kollias HD, Perry RL, Miyake T, Aziz A, McDermott JC (2006) Smad7 способствует и усиливает дифференциацию скелетных мышц. Mol Cell Biol 26: 6248–6260.
    34. 34. Fortier M, Comunale F, Kucharczak J, Blangy A, Charrasse S, Gauthier-Rouviere C (2008) RhoE контролирует выравнивание миобластов перед слиянием. Разница в гибели клеток RhoA и ROCK 15: 1221–1231.
    35. 35. Кин Дж. Д., Комисаров Дж. М., Friedersdorf MB (2006) RIP-Chip: выделение и идентификация мРНК, микроРНК и белковых компонентов рибонуклеопротеиновых комплексов из клеточных экстрактов.Nat Protoc 1: 302–307.
    36. 36. Chen HH, Xu J, Safarpour F, Stewart AF (2007) Стабильность мРНК LMO4 регулируется внеклеточным АТФ в клетках F11. Biochem Biophys Res. Commun. 357: 56–61.
    37. 37. Ladd AN, Charlet N, Cooper TA (2001) Семейство CELF РНК-связывающих белков участвует в клеточно-специфическом и регулируемом в процессе развития альтернативном сплайсинге. Mol Cell Biol 21: 1285–1296.
    38. 38. Takahashi N, Sasagawa N, Suzuki K, Ishiura S (2000) CUG-связывающий белок специфически связывается с динуклеотидными повторами UG в дрожжевой трехгибридной системе.Biochem Biophys Res Commun 277: 518–523.
    39. 39. Morris AR, Mukherjee N, Keene JD (2008) Рибономический анализ человеческого Pum1 показывает консервативность цис-транс у разных видов, несмотря на эволюцию различных наборов мишеней мРНК. Mol Cell Biol 28: 4093–4103.
    40. 40. Galgano A, Forrer M, Jaskiewicz L, Kanitz A, Zavolan M, Gerber AP (2008) Сравнительный анализ мРНК-мишеней для белков семейства PUF человека предполагает обширное взаимодействие с регуляторной системой miRNA.PLoS ONE 3: e3164.
    41. 41. Mukherjee N, Lager PJ, Friedersdorf MB, Thompson MA, Keene JD (2009) Скоординированная динамика популяции посттранскрипционной мРНК во время активации Т-клеток. Мол сист биол 5: 288.
    42. 42. Ян Э., Ван Н. Э., Заволан М., Раевский Н., Шредер М. и др. (2003) Скорость распада мРНК человека: корреляция с функциональными характеристиками и атрибутами последовательности. Genome Res 13: 1863–1872.
    43. 43. Friedel CC, Dolken L, Ruzsics Z, Koszinowski UH, Zimmer R (2009) Консервативные принципы регуляции транскрипции млекопитающих, выявленные с помощью периода полужизни РНК.Nucleic Acids Res 37: e115.
    44. 44. Смит А.Г., Хит Дж. К., Дональдсон Д. Д., Вонг Г. Г., Моро Дж. И др. (1988) Ингибирование плюрипотенциальной дифференцировки эмбриональных стволовых клеток очищенными полипептидами. Nature 336: 688–690.
    45. 45. Fraichard A, Chassande O, Bilbaut G, Dehay C, Savatier P, Samarut J (1995) Дифференциация эмбриональных стволовых клеток в глиальные клетки и функциональные нейроны in vitro. J Cell Sci 108 (Pt 10): 3181–3188.
    46. 46. Hegde RS, Kang SW (2008) Концепция транслокационной регуляции.J Cell Biol 182: 225–232.
    47. 47. Xin H, Liu D, Songyang Z (2008) Комплекс телосома / шелтерин и его функции. Геном Биол 9: 232.
    48. 48. Пуллманн Р. Младший, Ким Х. Х., Абдельмохсен К., Лал А., Мартиндейл Дж. Л. и др. (2007) Анализ экспрессии регуляторных РНК-связывающих белков по обмену и трансляции посредством связывания с родственными мРНК. Mol Cell Biol 27: 6265–6278.
    49. 49. Сурбан С.М., Мурму Н., Родригес П., Мэй Р., Махешвари Р. и др.(2007) Функциональный антагонизм между РНК-связывающими белками HuR и CUGBP2 определяет судьбу трансляции мРНК COX-2. Гастроэнтерология 132: 1055–1065.
    50. 50. Zhang Y, Forinash KD, McGivern J, Fritz B, Dorey K, Sheets MD (2009) Пространственно ограниченная трансляция мРНК xCR1 в эмбрионах Xenopus. Mol Cell Biol 29: 3791–3802.
    51. 51. Topisirovic I, Siddiqui N, Orolicki S, Skrabanek LA, Tremblay M, et al. (2009) Стабильность мРНК эукариотического фактора инициации трансляции 4E регулируется HuR, и эта активность не регулируется при раке.Mol Cell Biol 29: 1152–1162.
    52. 52. Gherzi R, Trabucchi M, Ponassi M, Gallouzi IE, Rosenfeld MG, Briata P (2009) Akt2-опосредованное фосфорилирование Pitx2 контролирует распад мРНК Ccnd1 во время дифференцировки мышечных клеток. Смерть клетки отличается.
    53. 53. Kuwano Y, Kim HH, Abdelmohsen K, Pullmann R Jr, Martindale JL и др. (2008) Стабилизация мРНК MKP-1 и контроль трансляции с помощью РНК-связывающих белков HuR и NF90. Mol Cell Biol 28: 4562–4575.
    54. 54.Willett M, Cowan JL, Vlasak M, Coldwell MJ, Morley SJ (2009) Ингибирование мишени рапамицина (mTOR) млекопитающих в миобластах C2C12 предотвращает миогенную дифференцировку, не влияя на гиперфосфорилирование 4E-BP1. Cell Signal 21: 1504–1512.
    55. 55. Tachibana I, Hemler ME (1999) Роль трансмембранных белков CD9 и CD81 суперсемейства 4 (TM4SF) в слиянии мышечных клеток и поддержании мышечной трубки. J Cell Biol 146: 893–904.
    56. 56. Kang JS, Mulieri PJ, Miller C, Sassoon DA, Krauss RS (1998) CDO, белок клеточной поверхности, связанный с роботами, который опосредует миогенную дифференцировку.J Cell Biol 143: 403–413.
    57. 57. Rotwein P, James PL, Kou K (1995) Быстрая активация транскрипции гена белка-5, связывающего инсулиноподобный фактор роста, во время дифференцировки миобластов. Мол эндокринол 9: 913–923.
    58. 58. Kuyumcu-Martinez NM, Wang GS, Cooper TA (2007) Повышенные стационарные уровни CUGBP1 при миотонической дистрофии 1 обусловлены PKC-опосредованным гиперфосфорилированием. Mol Cell 28: 68–78.
    59. 59. Wang GS, Kearney DL, De BM, Taffet G, Cooper TA (2007) Повышение уровня РНК-связывающего белка CUGBP1 является ранним событием в индуцибельной модели миотонической дистрофии у мышей, специфичной для сердца.Дж. Клин Инвест 117: 2802–2811.
    60. 60. Робертс Р., Тимченко Н.А., Миллер Дж. В., Редди С., Каски С. Т. и др. (1997) Измененное фосфорилирование и внутриклеточное распределение (CUG) n-триплетного повтора РНК-связывающего белка у пациентов с миотонической дистрофией и у мышей с нокаутом миотониновой протеинкиназы. Proc Natl Acad Sci U S A 94: 13221–13226.
    61. 61. Corbeil-Girard LP, Klein AF, Sasseville AM, Lavoie H, Dicaire MJ и др. (2005) Сверхэкспрессия PABPN1 ведет к усиленной регуляции генов, кодирующих ядерные белки, которые секвестрируются в ядерные включения окулофарингеальной мышечной дистрофии.Neurobiol Dis 18: 551–567.
    62. 62. Софола О.А., Цзинь П., Цинь И, Дуань Р., Лю Х. и др. (2007) РНК-связывающие белки hnRNP A2 / B1 и CUGBP1 подавляют нейродегенерацию, индуцированную ломким X CGG-повтором премутации в модели FXTAS у дрозофилы. Нейрон 55: 565–571.
    63. 63. Yu Z, Wang AM, Robins DM, Lieberman AP (2009) Измененный сплайсинг РНК способствует патологии скелетных мышц у мышей, пораженных болезнью Кеннеди. Dis Model Mech 2: 500–507.
    64. 64. Манкоди А., Такахаши М.П., ​​Цзян Х., Бек К.Л., Бауэрс В.Дж. и др.(2002) Расширенные повторы CUG запускают аберрантный сплайсинг пре-мРНК хлоридного канала ClC-1 и повышенную возбудимость скелетных мышц при миотонической дистрофии. Mol Cell 10: 35–44.
    65. 65. Ботта А., Валло Л., Ринальди Ф., Бонифази Э., Амати Ф. и др. (2007) Анализ экспрессии генов при миотонической дистрофии: показания для общего молекулярно-патогенного пути при СД1 и СД2. Gene Expr 13: 339–351.
    66. 66. Savkur RS, Philips AV, Cooper TA (2001) Аберрантная регуляция альтернативного сплайсинга инсулиновых рецепторов связана с инсулинорезистентностью при миотонической дистрофии.Нат Генет 29: 40–47.
    67. 67. Филипс А.В., Тимченко Л.Т., Купер Т.А. (1998) Нарушение сплайсинга, регулируемого CUG-связывающим белком, при миотонической дистрофии. Наука 280: 737–741.
    68. 68. Tenenbaum SA, Lager PJ, Carson CC, Keene JD (2002) Рибономика: идентификация подмножеств мРНК в комплексах мРНП с использованием антител к РНК-связывающим белкам и геномным массивам. Методы 26: 191–198.
    69. 69. Дуттагупта Р., Тиан Б., Вилуш С.Дж., Хоун Д.Т., Сотеропулос П. и др.(2005) Глобальный анализ мишеней Pub1p показывает координированный контроль экспрессии генов посредством модуляции связывания и стабильности. Mol Cell Biol 25: 5499–5513.

    Цис-действующие последовательности, ответственные за дифференциальный распад нестабильных транскриптов MFA2 и стабильных PGK1 в дрожжах, включают контекст стартового кодона трансляции.

    1. T LaGrandeur и
    2. R Паркер
    1. Департамент молекулярной и клеточной биологии и Медицинский институт Говарда Хьюза, Университет Аризоны, Тусон 85721, США.

    Аннотация

    Для дрожжей был описан общий путь оборота мРНК, в котором 3′-поли (A) хвост сначала деаденилируется до олиго (A) длины, что приводит к декапированию и последующему экзонуклеолитическому распаду 5′-3 ‘. И нестабильная мРНК MFA2, и стабильная мРНК PGK1 распадаются по этому пути, хотя и с разной скоростью деаденилирования и декапирования.Для определения участков мРНК которые ответственны за эти различия, мы исследовали распад химерных мРНК, полученных из 5′-нетранслируемых, кодирующих, и 3’-нетранслируемые области этих двух мРНК. Эти эксперименты привели к выявлению особенностей этих мРНК, которые обуславливают их различную стабильность. МРНК MFA2 нестабильна только потому, что ее 3 ‘UTR способствует скорости деаденилирование и декапирование; все другие свойства этой мРНК нейтральны по отношению к скорости распада мРНК.МРНК PGK1 стабильна, поскольку контекст последовательности стартового кодона трансляции PGK1 и кодирующая область функционируют вместе для стабилизации транскрипт, тогда как PGK13 ‘UTR нейтрален по отношению к распаду. Важно отметить, что изменения в контексте стартового кодона PGK1 это дестабилизировало транскрипт и снизило его трансляционную эффективность. Это наблюдение предполагает, что природа Комплекс инициации трансляции модулирует скорость расщепления и распада мРНК.

    Эффект замещения на пути безызлучательного распада и транс → цис-фотоизомеризации: руководство по разработке эффективных солнцезащитных кремов на основе циннамата

    Производные циннамата очень полезны в качестве защитных средств от ультрафиолета в природе и в качестве солнцезащитных реагентов в повседневной жизни. Они преобразуют вредную ультрафиолетовую энергию в тепловую посредством эффективного безызлучательного распада (NRD), включая фотоизомеризацию транс цис .Однако механизм непростой, потому что разные пути фотоизомеризации наблюдались для разных замещенных циннаматов. Здесь мы теоретически исследовали эффекты замещения в фенильном кольце метилциннамата (MC), незамещенного циннамата, на электронную структуру и путь NRD, включающий изомеризацию транс цис на основе теории функционала плотности, зависящей от времени. Систематический поиск путей реакции с использованием однокомпонентного метода реакции, индуцированной искусственной силой, показывает, что очень эффективный путь фотоизомеризации MC можно по существу описать как « 1 ππ * ( транс ) → 1 nπ * → T 1 ( 3 ππ *) → S 0 ( транс или цис ) ».Мы обнаружили, что для эффективного 1 ππ * ( транс ) → 1 nπ * внутреннего преобразования (IC), MC должен иметь заместитель в соответствующем положении фенильного кольца, чтобы стабилизировать наиболее занятую π орбитальный. Замена в положении para MC немного снижает энергию состояния 1 ππ *, и происходит фотоизомеризация через , немного менее эффективный « 1 ππ * ( trans ) → 3 nπ * → T 1 ( 3 ππ *) → S 0 ( транс или цис ) ”путь.Замена в мета или орто положениях MC значительно снижает энергию состояния 1 ππ *, так что энергетический барьер IC ( 1 ππ * → 1 nπ *) становится очень высоко. Эта замена приводит к гораздо большему времени жизни состояния 1 ππ *, чем у MC и para -замещенного MC, а также к изменению доминирующего пути фотоизомеризации на « 1 ππ * ( транс ) → Скручивание CC-связки на 1 ππ * → S 0 ( транс или цис ) ».В целом, ИС « 1 ππ * → 1 nπ *», наблюдаемая в МК, является наиболее важным начальным шагом для быстрого перехода УФ-энергии в тепловую. Мы также обнаружили, что стабилизация π-орбитали (i) минимизирует энергетический зазор между 1 ππ * и 1 nπ * на 1 ππ * минимум и (ii) делает 0 –0 уровень 1 ππ * выше, чем 1 nπ *, как наблюдается в MC.Эти MC-подобные отношения между энергиями 1 ππ * и 1 nπ * должны быть идеальными, чтобы максимизировать « 1 ππ * → 1 nπ *», константа скорости IC согласно теории Маркуса.

    У вас есть доступ к этой статье

    Подождите, пока мы загрузим ваш контент… Что-то пошло не так. Попробуй еще раз?

    границ | Определение транскрипции: роль пептидил-пролил цис-транс-изомеразы Pin1 в экспрессии гена

    Введение

    Пролилизомеразы (PPIases) катализируют цис-транс-изомеризацию пептид-пролильных (X-Pro) связей.Существует три различных семейства PPIases: циклофилины (CyPs), FK506-связывающие белки (FKBP) и парвулины (Zhou and Lu, 2016). Pin1 принадлежит к семейству парвулина и состоит из N-концевого WW-домена, служащего модулем связывания фосфопротеинов, и C-концевого каталитического домена, который отличается от других обычных PPIases (Zhou and Lu, 2016). Благодаря своим уникальным доменам WW и PPIase, Pin1 специфически изомеризует мотив pSer / Thr-Pro и регулирует функции определенной группы фосфопротеинов, изменяя их конформации (Liou et al., 2011). Pin1-опосредованная регуляция постфосфорилирования оказывает глубокое влияние на множество клеточных и биологических процессов, включая клеточный цикл, дифференцировку и гибель клеток, а также метаболический и иммунный ответ (Liou et al., 2011; Zhou and Lu, 2016). Было установлено, что аберрантная экспрессия Pin1 связана со многими заболеваниями, особенно с раком и нейродегенеративными расстройствами, такими как болезнь Паркинсона (БП) и болезнь Альцгеймера (БА) (Liou et al., 2011; Zhou and Lu, 2016). Хотя Pin1 высоко экспрессируется при большинстве раковых заболеваний и способствует прогрессированию рака, его экспрессия подавляется при нейродегенеративных заболеваниях (Liou et al., 2011; Zhou and Lu, 2016), подчеркивая разнообразные регуляторные функции Pin1 в физиологии и заболеваниях.

    Временная и пространственная экспрессия эукариотических генов — это высокоорганизованное молекулярное событие, которое регулируется на нескольких уровнях и отвечает за различные клеточные ответы и функции. Многоуровневая регуляция включает сигнально-зависимую активацию тканеспецифических факторов транскрипции, ремоделирование хроматина на промоторах и энхансерах, приостановку и высвобождение RNAPII, посттранскрипционный процессинг мРНК и регуляцию трансляции (Splinter and De Laat, 2011; Dong et al., 2012; Хенсель и Сяо, 2013). Посттрансляционные модификации, особенно фосфорилирование, играют важную роль в многоуровневой регуляции экспрессии генов (Pawson and Scott, 2005). Многие факторы транскрипции и связанные с транскрипцией белки подвергаются фосфорилированию и активируют экспрессию генов в ответ на внутри- и внеклеточные стимулы (Hunter and Karin, 1992). Обратимое фосфорилирование по остаткам серина или треонина, предшествующим пролину (pSer / Thr-Pro), стало ключевым переключателем для контроля активности участвующих компонентов транскрипции в экспрессии генов (Shaw, 2007; Hanes, 2015).Способность Pin1 регулировать многие клеточные процессы может зависеть от его способности регулировать экспрессию различных генов путем связывания с фосфорилированными регуляторами транскрипции. Более 40 различных видов белков, связанных с транскрипцией, включая активаторы транскрипции и общие компоненты транскрипционного аппарата, были идентифицированы как субстраты Pin1 (Таблица 1). Pin1 связывается с мотивами pSer / Thr-Pro этих белков и регулирует транскрипцию генов путем изменения стабильности, субклеточной локализации, белок-белковых взаимодействий и взаимодействия белок-ДНК / РНК этих факторов (Xu and Manley, 2007a).В этом обзоре мы суммируем, как Pin1 контролирует активность этих регуляторов транскрипции для пространственно-временной экспрессии генов, участвующих в клеточном цикле, пролиферации и росте клеток, метаболизме и воспалении, тем самым внося вклад в различные функции Pin1 в физиологии и болезнях.

    Таблица 1. Список субстратов Pin1 в регуляции транскрипции.

    Pin1 и ДНК-связывающие факторы транскрипции

    Экспрессия эукариотических генов регулируется геномными энхансерами и промоторами, которые распознаются различными тканеспецифичными ДНК-связывающими факторами транскрипции (Patikoglou and Burley, 1997).Pin1 регулирует активность ряда факторов транскрипции, многие из которых участвуют в пролиферации раковых клеток и воспалительной реакции (Lu and Zhou, 2007).

    Нуклеоцитоплазматический челночный транспорт факторов транскрипции

    Ключевым регуляторным этапом транскрипции является ядерно-цитоплазматический перенос факторов транскрипции, которые синтезируются в цитоплазме и должны транспортироваться в ядро, где они связываются с промоторами или энхансерами для активации экспрессии генов в ответ на различные внутри- или внеклеточные стимулы (Картрайт и Хелин, 2000).Ряд исследований показал, что Pin1 регулирует ядерно-цитоплазматическое перемещение транскрипционных факторов для активации или инактивации транскрипционного ответа. Напр., Pin1 способствует ядерной локализации субъединицы RelA NF-κB (Ryo et al., 2003) и β-catenin (Ryo et al., 2001). При цитокиновой стимуляции Pin1 связывается с фосфорилированным мотивом Thr254-Pro в RelA и увеличивает накопление RelA в ядре, ингибируя его связывание с IκBα (Ryo et al., 2003). IκBα, ингибитор NF-κB, как известно, изолирует NF-κB в цитоплазме, маскируя сигнал ядерной локализации (NLS) NF-κB (Chen and Greene, 2004).Thr254 RelA находится рядом с Ser238, Asp243 и Arg253, тремя ключевыми аминокислотами, участвующими в связывании IκBα (Jacobs and Harrison, 1998). Фосфорилирование Thr254 и последующее связывание Pin1, вероятно, изменяет конформацию RelA, тем самым предотвращая его взаимодействие с IκBα □ (Ryo et al., 2003). NF-κB — главный регулятор воспалительной реакции, а также ключевой игрок в развитии раковых клеток (Chen and Greene, 2004). Регулируя активацию NF-κB, Pin1 способствует прогрессированию опухоли и продукции воспалительных цитокинов (Ryo et al., 2003; Аткинсон и др., 2009; Fan et al., 2009; Шинода и др., 2015).

    Ядерно-цитоплазматический перенос β-catenin регулируется его ассоциацией с APC (аденоматозный полипоз кишечной палочки), который содержит две активные ядерные экспортные последовательности (NES) для ядерного экспорта β-catenin (Henderson, 2000). Pin1 распознает фосфорилированный мотив Ser246-Pro β-катенина. Интересно, что мотив Ser246-Pro находится рядом с сайтом связывания APC (Ryo et al., 2001). Следовательно, Pin1-опосредованная изомеризация пептидной связи pSer246-Pro в β-катенине будет влиять на его связывание с APC, что приводит к накоплению β-катенина в ядре и усилению регуляции его генов-мишеней, таких как циклин D1 и c-Myc (Ryo et al., 2001). Поскольку аномальное накопление β-катенина способствует аномальному развитию и онкогенезу, Pin1 регулирует многие процессы развития и образования опухоли, включая дифференцировку остеобластов и нейронов, пролиферацию раковых клеток и лекарственную устойчивость, посредством воздействия на транскрипционную активность β-катенина (Ryo et al. al., 2001; Nakamura et al., 2012; Shin et al., 2016; Wang et al., 2016).

    Помимо стимуляции накопления в ядре NF-κB и β-катенина, Pin1 может также секвестировать факторы транскрипции в цитоплазме, чтобы инактивировать экспрессию целевого гена.Ядерная локализация и транскрипционная активность FOXO4, супрессора опухолей, предотвращающего накопление клеточных повреждений из-за окислительного стресса, регулируются его моноубиквитинизацией (Van Der Horst et al., 2006). В ответ на окислительный стресс Pin1 связывается с фосфорилированным FOXO4 и увеличивает опосредованное USP7 деубиквитинирование FOXO4, что приводит к снижению моноубиквитинирования и увеличению накопления в цитоплазме. В конечном итоге связывание Pin1 с FOXO4 снижает его транскрипционную активность по отношению к его генам-мишеням, включая ген остановки клеточного цикла p27kip1 (Brenkman et al., 2008).

    Другим примером Pin1-опосредованного переноса транскрипционного фактора из нуклеоцитоплазмы является T-клетки, активируемые ядерным фактором (NFAT), которые необходимы для активации T-клеток (Liu et al., 2001). При активации Т-лимфоцитов внутриклеточный кальций увеличивается, и NFAT подвергается дефосфорилированию кальциневрином, зависимым от кальция и кальмодулина (CaM), вызывая транслокацию NFAT в ядро, где он связывается с промоторной областью ряда цитокинов. и активирует их транскрипцию (Zhu and Mckeon, 2000).Сообщается, что Pin1 формирует стабильный комплекс с фосфорилированной формой NFAT, который содержит 3 связывающих мотива Pin1 (Liu et al., 2001). Следовательно, контролируя перемещение ядер-цитоплазмы, Pin1 действует как негативный регулятор активации NFAT и Т-клеток.

    Стабильность факторов транскрипции

    Другой важный механизм Pin1-опосредованной регуляции транскрипционного фактора — это опосредованная убиквитином деградация белков (Liou et al., 2011; Dilworth et al., 2012; Hanes, 2015).Pin1 может увеличивать или уменьшать стабильность факторов транскрипции в зависимости от функциональности этих факторов транскрипции.

    Супрессор опухолей p53 является ключевым фактором транскрипции, регулирующим клеточные пути, такие как репарация ДНК, клеточный цикл, апоптоз и старение, и является основным «привратником» против возникновения и прогрессирования рака (Zilfou and Lowe, 2009). Ключевым регуляторным механизмом трансактивации р53 является убиквитинирование и деградация, опосредованные MDM2-лигазой Е3 (Zilfou and Lowe, 2009; Nag et al., 2013). В ответ на повреждение ДНК, p53 стабилизируется за счет его высвобождения из MDM2 и активирует свои нижестоящие гены-мишени, чтобы вызвать остановку клеточного цикла или гибель клеток (Zilfou and Lowe, 2009). Повреждение ДНК вызывает фосфорилирование p53 по нескольким остаткам Ser / Thr-Pro, включая Ser33, Ser46, Thr81 и Ser315 (Wulf et al., 2002; Zacchi et al., 2002; Zheng et al., 2002). Связывание Pin1 с фосфорилированным p53 и последующая Pin1-опосредованная изомеризация p53 предотвращает взаимодействие p53 с MDM2, поскольку связывание Pin1 с мотивом pThr81-Pro в p53 разъединяет p53 от MDM2, что приводит к стабилизации p53 и активации генов-мишеней p53 ( Zacchi et al., 2002).

    Стабильность p63 и p73, двух других членов семейства генов p53, также регулируется Pin1 (Mantovani et al., 2004; Li et al., 2013; Restelli et al., 2014). Конформация p73 изменяется посредством Pin1-опосредованной изомеризации, способствуя его взаимодействию с p300 и последующему ацетилированию c-Abl-зависимым образом, вероятно предотвращая убиквитинирование p73 на ацетилированном лизине (Mantovani et al., 2004). В результате Pin1 увеличивает способность p73 индуцировать экспрессию проапоптотических генов, включая Bax , Pig3 и p53AIP1 (Mantovani et al., 2004). С другой стороны, Pin1 специфически взаимодействует с Thr538-Pro p63a и нарушает взаимодействие между p63a и WWP1, лигазой E3 для p63a, что приводит к усилению транскрипционной активности для экспрессии проапоптотического гена Bax (Li et al., 2013). Похоже, что Pin1 представляет собой общий медиатор, связывающий проапоптотическую кооперативную активность членов семейства p53. Как регулятор p53, Pin1 регулирует многие клеточные ответы, связанные с клеточным циклом и гибелью клеток, включая генотоксический ответ, апоптоз и функцию апоптоза митохондрий (Wulf et al., 2002; Закки и др., 2002; Чжэн и др., 2002; Follis et al., 2015; Mantovani et al., 2015).

    Pin1, как было показано, увеличивает стабильность c-Jun посредством ингибирования его убиквитинирования (Pulikkan et al., 2010). Pin1 связывается с c-Jun, который фосфорилируется по мотивам Ser63 / 73-Pro с помощью JNK или Ras (Wulf et al., 2001). Подобно p53, Pin1-опосредованная изомеризация и изменение конформации c-Jun ослабляет его связывание с убиквитинлигазой E3 Fbw7, тем самым ослабляя деградацию c-Jun (Csizmok et al., 2018). Аналогичный механизм также идентифицирован для опосредованной Pin1 стабилизации рецептора эстрогена a (ERa), ключевого игрока в развитии рака груди. ERa фосфорилируется по Ser118-Pro119, а Pin1 связывается с этим специфическим фосфорилированным серином и индуцирует цис-транс изомеризацию Pro119. Связывание Pin1 с ERa нарушает убиквитинирование ERa, препятствуя его взаимодействиям с лигазой E3, E6AP, которая, как показано, связывается с фосфорилированным Ser118 и разрушает ERa (Rajbhandari et al., 2014).

    Хотя приведенные выше примеры подтверждают роль Pin1 в стабилизации факторов транскрипции, Pin1 также способствует деградации факторов транскрипции. Фосфорилирование Thr58 c-Myc имеет решающее значение для его онкогенного потенциала, поскольку мутация Thr58 часто идентифицируется в амплифицированных генах c-myc в лимфоме Беркитта, а мутант Thr58 c-Myc демонстрирует повышенный онкогенный потенциал с повышенной стабильностью белка ( Фаррелл и Сирс, 2014). Фосфорилирование Thr58 важно для распознавания c-Myc с помощью Pin1 через домен WW, что может приводить к конформационным изменениям c-Myc, облегчая дефосфорилирование c-Myc по Ser62 с помощью PP2A и способствуя обороту c-Myc убиквитином. протеасомный путь (Yeh et al., 2004; Фаррелл и др., 2013). Следовательно, Pin1 запускает деградацию c-Myc, облегчая дефосфорилирование c-Myc с помощью PP2A. Повышенная стабильность белка и онкогенный потенциал мутанта Thr58 в лимфоме Беркитта могут быть результатом дефекта в опосредованном Pin1 дефосфорилировании c-Myc.

    Pin1 также снижает стабильность факторов транскрипции, подавляющих опухоль. RUNX3, опухолевый супрессор при раке молочной железы (Chen, 2012), был идентифицирован как субстрат Pin1. Pin1 распознает четыре фосфорилированных мотива Ser / Thr-Pro в RUNX3 через свой WW-домен и снижает клеточные уровни RUNX3 зависимым от изомеразной активности образом, индуцируя убиквитинирование и протеасомную деградацию RUNX3 (Nicole Tsang et al., 2013). Эти четыре мотива расположены непосредственно на С-конце домена runt, область, как было показано, важна для стабильности RUNX3. Связывание Pin1 с этими фосфорилированными мотивами и связанное с ним конформационное изменение RUNX3 может приводить к рекрутированию лигаз RUNX3 E3 (Nicole Tsang et al., 2013). Следовательно, Pin1-опосредованная деградация белка может частично объяснять снижение экспрессии RUNX3, раннее событие в прогрессировании рака груди (Chuang and Ito, 2010). Интересно, что Pin1 также регулирует активность RUNX2, который является еще одним ключевым членом белков семейства Runt и основными факторами транскрипции для формирования костей (Lian and Stein, 2003).В отличие от RUNX3, связывание Pin1 с фосфорилированным RUNX2 стабилизирует белок RUNX2, предотвращая убиквитинирование и деградацию RUNX2 (Lee et al., 2013; Yoon et al., 2013). Посредством модуляции стабильности и транскрипционной активности RUNX2, Pin1 регулирует дифференцировку остеобластов и развитие скелета (Lee et al., 2013; Yoon et al., 2013).

    Другие факторы транскрипции, регулируемые Pin1 на уровне стабильности белка, включают RelA (Ryo et al., 2003), β-катенин (Ryo et al., 2001), IRF3 (Saitoh et al., 2006), Naong (Moretto-Zita et al., 2010), Oct4 (Nishi et al., 2011), MEF2C (Magli et al., 2010), SP1 (Yang et al. al., 2014), Osterix (Lee et al., 2015), ATF1 (Huang et al., 2016), TR3 (Chen et al., 2012), FoxM1 (Kruiswijk et al., 2016; Wang et al., 2016), Smad3 (Nakano et al., 2009), RAR (Gianni et al., 2009), FoxO3 (Shimizu et al., 2016), PPARγ (Fujimoto et al., 2010; Han Y. et al., 2016 ) и HIF-1a (Han HJ et al., 2016) (Таблица 1). Подробные механизмы того, как Pin1 регулирует их стабильность, могут быть разными для каждого фактора, похоже, что изменение доступности лигаз E3 для субстратов Pin1 из-за опосредованного Pin1 конформационного изменения белка посредством изомеризации может представлять собой общий механизм регуляции стабильности белка. пользователя Pin1.В этом отношении Pin1 предотвращает связывание E3-лигазы RNF4 с SP1 и SPOP для Naong, соответственно (Yang et al., 2014; Zhang et al., 2019). Изменяя стабильность этих факторов транскрипции и их транскрипционную активность, Pin1 регулирует различные биологические процессы, включая воспалительный ответ, пролиферацию клеток, репрограммирование стволовых клеток, миогенез и формирование костей (Table 1) (Liou et al., 2011).

    Связывание ДНК и трансактивация

    ДНК-связывающий домен

    и домен трансактивации (TAD) — это два основных белковых домена, которые помогают определить фактор транскрипции.Pin1 способен модулировать как связывание ДНК, так и транскрипционную активность факторов транскрипции. Pin1 связывается с N-концевым мотивом Ser118-Pro в домене внутренней функции активации 1 (AF1) ERα (Rajbhandari et al., 2012). Связывание Pin1 и последующее Pin1-опосредованное конформационное изменение посредством изомеризации увеличивает активность связывания ERα ДНК с сопутствующим увеличением транскрипционной активности ERα в клетках рака молочной железы, активированных эстрогеном (Rajbhandari et al., 2015). Pin1 также способствует связыванию c-Myc с ДНК независимо от стабильности белка, регулируемой Pin1 (Farrell et al., 2013). Эта регуляция требует активности Pin1 PPIase и фосфорилирования c-Myc на Ser62-Pro63. В то время как Pin1 стимулирует активность связывания ДНК ERa и c-Myc, но мотивы связывания Pin1 на ERa или c-Myc не находятся в пределах домена связывания ДНК (Farrell et al., 2013; Rajbhandari et al., 2015). Как Pin1-опосредованная изомеризация в одном регионе может повлиять на активность ДНК-связывающего домена в другом регионе? Одна из возможностей состоит в том, что рекрутирование коактиваторов, опосредованное изменением конформации (например,g., p300 и GCN5) могут изменять доступность хроматина, что приводит к усилению связывания факторов транскрипции с ДНК и усилению транскрипции генов-мишеней. В этом отношении AF1 домен ERa отвечает за рекрутирование SRC1 и CBP (Dutertre and Smith, 2003). Взаимодействие c-Myc с p300 и привлечение p300, GCN5, hSNF5 и pTEFb к промоторам также облегчается связыванием Pin1 (Farrell et al., 2013; Sanchez-Arevalo Lobo et al., 2013). Следует отметить, что Pin1 также может снижать ДНК-связывающую активность факторов транскрипции.Связывание Pin1 с фосфорилированным Thr739 из Sp1, как сообщается, вызывает полное перемещение Sp1 из хромосомы за счет снижения его активности связывания ДНК во время митоза (Yang et al., 2014).

    Хотя изменение аффинности связывания ДНК может повлиять на транскрипционную активность фактора транскрипции, Pin1 также может регулировать транскрипционную активность путем прямого связывания с TAD факторов транскрипции (Monje et al., 2005; Lufei et al., 2007; van Tiel et al., 2012; Lv et al., 2013; Poolman et al., 2013; Nakada et al., 2019) (Таблица 1). Фосфорилирование карбоксиконцевого домена трансактивации c-Fos с помощью внеклеточных сигнально-регулируемых киназ (ERK) в ответ на факторы роста важно для активации транскрипции AP-1, гетеродимера c-Jun и c-Fos (Monje et al. ., 2003). Pin1 связывается с c-Fos через специфические сайты pSer / Thr-Pro внутри c-Fos TAD, и это взаимодействие приводит к усиленному транскрипционному ответу c-Fos на факторы роста полипептидов, которые стимулируют ERK (Monje et al., 2005). Детальный механизм этой усиленной трансактивации не определен, но, вероятно, является результатом изменения взаимодействий от связанных с транскрипцией белков TAD (Monje et al., 2005).

    Pin1 также, как было показано, регулирует транскрипционную активность глюкокортикоидного рецептора (GR) путем связывания с TAD. Связывание Pin1 с фосфорилированными Ser203 и Ser221 внутри TAD GR усиливает трансактивацию GR (Poolman et al., 2013). Интересно, что эта усиленная трансактивация, по-видимому, является результатом усиленного рекрутирования GR на промоторы его генов-мишеней GR, но не непосредственно в результате трансактивации (Poolman et al., 2013). Как связывание Pin1 с TAD усиливает ДНК-связывающую активность GR, еще предстоит определить. Возможно, что Pin1-обусловленное конформационное изменение TAD д. Влиять на конформацию ДНК-связывающего домена, который примыкает к TAD (Poolman et al., 2013).

    Pin1 также регулирует транскрипционную активность HIF-1a. Pin1 взаимодействует с p42 / p44 MAPK-опосредованным фосфорилированием HIF-1a по Ser641 и Ser643 области трансактивации и способствует его конформационным изменениям для эффективной экспрессии генов HIF-1a, включая VEGF, GLUT1 и PGK1 (Jalouli et al., 2014). Было высказано предположение, что усиленная трансактивация HIF-1a может происходить из-за повышенного связывания HIF-1a с ДНК или транскрипционными кофакторами (Jalouli et al., 2014).

    Pin1 и корегуляторы транскрипции

    Факторы транскрипции часто привлекают коактиваторы транскрипции для их полного транскрипционного потенциала и биологических функций (Spiegelman and Heinrich, 2004). Pin1 регулирует активность некоторых ко-регуляторов транскрипции, чтобы контролировать эффективную экспрессию генов.

    Транскрипция, опосредованная стероидным рецептором, требует лиганд-зависимой ассоциации рецепторов с коактиватором стероидного рецептора 3 (SRC-3) (Lydon and O’malley, 2011). Pin1 взаимодействует с фосфорилированным SRC-3 и регулирует его функцию коактивации, усиливая его взаимодействие с CBP / p300 и стимулируя его клеточный оборот, облегчая циклическое привлечение растущего фосфорилированного SRC-3 к промотору (Yi et al., 2005).

    Pin1 также регулирует коактиватор CREB CRTC2 (CREB-регулируемый транскрипционный коактиватор 2) путем связывания с фосфорилированным CRTC2 в Ser136, который находится в пределах его сигнала ядерной локализации (Nakatsu et al., 2010). В отличие от SRC-3, связывание Pin1 с фосфорилированным CRTC2 подавляет функцию совместной активации CRTC2 путем ослабления его ядерной локализации и транскрипционной активности cAMP-чувствительного элемента (CRE) (Nakatsu et al., 2010).

    Недавнее исследование также демонстрирует, что коактиватор транскрипции PRDM16 негативно регулируется Pin1 (Nakatsu et al., 2019). PRDM16 играет решающую роль в определении и функционировании коричневого и бежевого жира, а также в кроветворении и сердечном развитии (Chi and Cohen, 2016).Pin1 взаимодействует с фосфорилированным PRDM16 по Ser44A, Ser52A, Thr61A и Ser66A, способствует его деградации и подавлению термогенного ответа (Chi and Cohen, 2016). Детальный механизм Pin1-обусловленной деградации PRDM16 остается неопределенным. Тем не менее, регулируя активность коактиваторов, таких как CRTC2 и PRDM16, Pin1 участвует в регуляторном механизме, регулирующем метаболизм глюкозы и термогенез жировой ткани (Nakatsu et al., 2016).

    В сигнальном пути Notch2 для активации генов-мишеней CSL [CBF-1, Su (H), Lag-1] требуется совместная активация внутриклеточного домена белка notch (NICD), который высвобождается из мембраносвязанный белок Notch2, процессируемый γ-секретазой (Bray, 2016).Также было показано, что NICD является коактиватором для Notch-опосредованной активации гена-мишени LEF-1 независимо от его функции совместной активации для CSL (Ross and Kadesch, 2001). Связывание Pin1 с Notch2 стимулирует процессинг Notch2 из его неактивной трансмембранной формы в обработанную γ-секретазой активированную локализованную форму в ядре (Rustighi et al., 2009). Каталитическая активность Pin1 необходима для расщепления белка Notch с помощью γ-secretase для высвобождения NICD (Rustighi et al., 2009).Опосредуя образование NICD, Pin1 регулирует экспрессию генов в сигнальном пути Notch.

    Помимо регуляции коактиваторов транскрипции, Pin1 может контролировать экспрессию генов, воздействуя на ко-репрессоры транскрипции. Медиатор подавления ретиноевой кислоты и рецептора тироидного гормона (SMRT) представляет собой корепрессор транскрипции, который участвует в различных сигнальных путях и заболеваниях человека (Chen and Evans, 1995). Pin1 взаимодействует с SMRT и регулирует стабильность белка SMRT, тем самым влияя на SMRT-зависимую репрессию транскрипции (Stanya et al., 2008). SMRT фосфорилируется Cdk2 по Ser1241, Ser1445 и Ser1469. Cdk2-опосредованное фосфорилирование SMRT по этим серинам необходимо для связывания Pin1 и снижения стабильности SMRT. Что еще более важно, ErbB2 дестабилизирует уровень белка SMRT посредством оси Cdk2-Pin1, подтверждая, что передача сигналов ErbB2 выше Cdk2 и Pin1 является потенциальным регуляторным каскадом, участвующим в регуляции стабильности SMRT (Stanya et al., 2008). Интересно, что два сайта фосфорилирования Cdk2 связывающих мотивов Pin1 в SMRT консервативны в N-CoR, тесно связанном репрессоре транскрипции (Stanya and Kao, 2009), что позволяет предположить, что активность N-CoR может регулироваться Pin1 через аналогичный механизм.

    Pin1 и РНК-полимераза II

    Факторы транскрипции и коактиваторы транскрипции необходимы для рекрутирования RNAPII на промоторы или энхансеры для активации транскрипции. С-концевой домен (CTD) Rpb1, самой большой субъединицы RNAPII, который состоит из 26-52 тандемных гептапептидных повторов с общей консенсусной последовательностью Tyr 1 -Ser 2 -Pro 3 -Thr 4 -Ser 5 -Pro 6 -Ser 7 от дрожжей до человека.Богатые пролином CTD функционируют как стыковочная платформа для многих белков регуляции транскрипции, участвующих в инициации, элонгации, терминации и посттранскрипционном процессинге транскрипции (Hahn, 2004). CTD отмечен рядом посттрансляционных модификаций, включая фосфорилирование, гликозилирование, метилирование и ацетилирование (Brookes and Pombo, 2009). Во время ранних событий инициации транскрипции нефосфорилированный RNAPII, общие факторы транскрипции и медиаторный комплекс рекрутируются на промоторы, чтобы сформировать преинициативный комплекс (PIC) (Thomas and Chiang, 2006).Фосфорилирование Ser5 способствует диссоциации RNAPII от PIC и клиренсу промотора, процессам, которые необходимы для перехода от инициации к раннему элонгации (Phatnani and Greenleaf, 2006; Sogaard and Svejstrup, 2007). В отличие от фосфорилированного Ser5, фосфорилирование Ser2 приводит к рекрутированию факторов элонгации, терминации и 3′-конца процессинга, что позволяет сочетать элонгацию транскрипции с процессингом мРНК (Bentley, 2002; Ahn et al., 2004).

    Pin1 связывается как с pSer2-Pro3, так и с pSer5-Pro6 CTD (Xu et al., 2003; Zhang et al., 2012). Связывание Pin1 с CTD зависит от фосфорилирования Ser2 киназами CDK2 и CDK9 (Komarnitsky et al., 2000; Bartkowiak et al., 2010) и фосфорилирования Ser5 с помощью CDK7 (Phatnani and Greenleaf, 2006). Pin1 индуцирует конформационные изменения CTD, приводя к рекрутированию CTD-модифицирующих ферментов и белков регуляции транскрипции, необходимых для функции RNAPII (Hanes, 2015). Присутствие двух мотивов Ser-Pro с повторами CTD создает четыре возможных цис транс конфигураций и, таким образом, увеличивает сложность сигнатуры кода CTD, обеспечивая основу для набора различных факторов обработки хроматина и РНК. (Шривастава и Ан, 2015).Конфигурация цис или транс мотивов связывания Pin1 на CTD определяет результат транскрипции посредством задействованных факторов. Например, Mce (кэпирующий фермент), Pcf11 (фактор процессинга 3′-конца), Scp1 (фосфатазы CTD) и SCAF8 (фактор сплайсинга) связываются с фосфорилированным CTD с пролинами в конфигурации транс (Fabrega et al., 2003; Noble et al., 2005; Zhang et al., 2006; Becker et al., 2008; Ghosh et al., 2011). Напротив, Ssu72 и фактор терминации Nrd1 связывают CTD с фосфорилированным Ser5-pro6 в конфигурации цис (Xiang et al., 2010; Вернер-Аллен и др., 2011; Кубичек и др., 2012).

    RNAPII подлежит регуляторному контролю на всех этапах цикла транскрипции, включая инициацию, удлинение и завершение. Высокая селективность белков, регулирующих транскрипцию, в отношении изомеров цис или транс подтверждает идею о том, что Pin1 служит ключевым регулятором транскрипции для экспрессии генов. Однако то, как Pin1 создает и поддерживает конфигурацию CTD cis или trans во время цикла транскрипции, остается неясным и заслуживает дальнейшего изучения.

    Pin1 и инициация транскрипции

    Инициация транскрипции включает несколько стадий, включая экспонирование промоторов в хроматине, ассоциацию промоторов с RNAPII и регуляторными белками транскрипции с образованием PIC и клиренс промотора для высвобождения RNAPII (Li et al., 2007). Обертывание промоторной ДНК вокруг октамера гистонов в нуклеосоме подавляет инициацию транскрипции. Упорядоченная разборка нуклеосом облегчает транскрипцию, позволяя RNAPII взаимодействовать с промоторами.Гистон h2 играет решающую роль в поддержании структуры хроматина более высокого порядка, а обратимое фосфорилирование h2 тесно коррелирует с инициацией транскрипции с повышенным фосфорилированием h2, ассоциирующимся с расслабленной структурой хроматина, обеспечивая доступ RNAPII и ДНК-связывающих белков к промоторной области ( Hohmann, 1983; Vicent et al., 2011).

    Pin1, как было показано, связывается с h2 через фосфорилированные остатки S / T-Pro на С-конце h2 (Raghuram et al., 2013). Pin1 способствует дефосфорилированию h2 и стабилизирует взаимодействие h2 с хроматином для облегчения конденсации, подразумевая, что Pin1 может действовать как супрессор инициации транскрипции. Идея о том, что Pin1 ингибирует инициацию транскрипции, подтверждается анализами транскрипции in vitro , демонстрирующими, что Pin1 ингибирует инициацию транскрипции в ядерных экстрактах, тогда как неактивный мутант Pin1 стимулирует инициацию транскрипции (Xu and Manley, 2007a). Pin1 может также ингибировать инициацию транскрипции посредством дефосфорилирования Ser5 CTD RNAPII (Werner-Allen et al., 2011). Однако некоторые исследования показывают, что Pin1 может иметь положительный эффект на инициацию транскрипции, т.к. ингибитор Pin1 Juglone нарушает образование функциональных PIC (Chao et al., 2001). Расхождения в этих исследованиях могут быть результатом различных анализов in vitro, и in vivo, и подходов к ингибированию Pin1. Например, ингибитор Pin1 Juglone, как известно, токсичен для клеток и может иметь нецелевые эффекты, что объясняет ингибирование инициации (Nakatsu et al., 2018). Pin1 также, как было установлено, регулирует конденсацию хромосом во время митоза, нацеливаясь на топоизомеразу (Topo) IIa (Xu and Manley, 2007a).

    Хотя Pin1 косвенно регулирует инициацию транскрипции, влияя на структуру хромосом, также возможно, что Pin1 может прямо влиять на активность факторов инициации транскрипции. Активность фактора инициации транскрипции TFIID жестко регулируется фосфорилированием. Во время митоза TFIID фосфорилируется по множеству сайтов, и фосфорилированный TFIID не может управлять зависимой от активатора транскрипцией (Segil et al., 1996). Принимая во внимание, что Pin1 является основным регулятором митоза (Liou et al., 2011), Pin1 может нацеливаться на TFIID, чтобы регулировать транскрипцию во время клеточного цикла. Интересно, что мыши с дефицитом TAF4b, гонад-специфической субъединицы TAFIID, обнаруживают дефицит зародышевых клеток, фенотип, подобный Pin1 — / — мышей (Falender et al., 2005). Эти исследования предоставляют генетические доказательства связи Pin1 с TFIID, но подробный механизм того, как Pin1 регулирует TFIID для инициации транскрипции, нуждается в дальнейшем изучении.

    Pin1 и удлинение транскрипции

    После того, как синтезируется ∼20–60 bp РНК, RNAPII репрессируется отрицательными факторами элонгации, такими как DSIF (фактор, индуцирующий чувствительность DRB) и NELF (отрицательный фактор элонгации) в сайтах паузы, проксимальных к промотору (Wada et al., 1998; Ямагути и др., 1999). CDK9, каталитическая субъединица P-TEFb (положительный фактор элонгации транскрипции b), рекрутируется и активируется Brd4 (бромодомен-содержащий белок 4) и фосфорилирует NELF, DSIF и Ser2 в CTD RNAPII (Li Y.и др., 2018). Фосфорилирование NELF и DSIF с помощью CDK9 удаляет эти негативные факторы из сайтов паузы, высвобождая приостановленный RNAPII в продуктивную фазу элонгации (Fujinaga et al., 2004). Pin1, по-видимому, играет роль в элонгации транскрипции, удаляя отрицательный фактор элонгации DSIF и активируя положительный фактор элонгации P-TEFb.

    Pin1 связывается с субъединицей hSpt5 DSIF посредством своего фосфорилированного карбоксильного концевого домена 2 (CTR2) с помощью Cdk9 (Lavoie et al., 2001).Домен CTR2 содержит мотив p (T / S) PSP (Q / A) (S / G) Y, который напоминает CTD-повторы RNAPII (Hanes, 2015). hSpt5 фосфорилируется с помощью CDK9 в интерфазе, но не в митозе, и эта интерфазная форма фосфорилированного hSpt5 связывается с ядерным матриксом, что указывает на ее участие в транскрипции (Lavoie et al., 2001). Связывание Pin1 с фосфорилированным hSpt5 вызывает конформационное изменение hSpt5 посредством изомеризации, что приводит к последующему изменению его статуса фосфорилирования и превращению DSIF из репрессора в активатор (Lavoie et al., 2001).

    В клетках млекопитающих Brd4 регулирует элонгацию транскрипции путем рекрутирования P-TEFb для стимуляции фосфорилирования CTD RNAPII (Jang et al., 2005; Ai et al., 2011). Brd4 стал важным фактором онкогенеза, способствуя транскрипции генов, участвующих в развитии рака (Muller et al., 2011; Wu et al., 2013; Basheer and Huntly, 2015; Jung et al., 2015). Наши недавние исследования демонстрируют, что стабильность и функции Brd4 положительно регулируются Pin1 в раковых клетках (Hu et al., 2017). Pin1 напрямую связывается с фосфорилированным Thr204 Brd4 с помощью неидентифицированной киназы и повышает стабильность Brd4, ингибируя его убиквитинирование. Pin1 также катализирует изомеризацию Pro205 из Brd4 и вызывает его конформационные изменения посредством изомеризации цис-транс , что приводит к усиленному связыванию CDK9 с Brd4 и усиленному привлечению CDK9 к подмножеству промоторов Brd4-опосредованных опухолевых генов. включая c -MET и MMP9 (Hu et al., 2017). В дополнение к усиленному связыванию CDK9, Pin1-опосредованное конформационное изменение может также снизить доступность лигазы Brd4 E3 или увеличить доступность деубиквитинирующего фермента Brd4 для повышения стабильности белка с уменьшением убиквитинирования (Hu et al., 2017). Следовательно, общая опухолевая активность Brd4 в раковых клетках может быть результатом опосредованного Pin1 конформационного изменения Brd4, что приводит к более стабилизации Brd4 и увеличению транскрипционного потенциала, связанному с конформационными изменениями (Hu et al., 2017).

    Pin1 и завершение транскрипции

    Прекращение транскрипции включает высвобождение транскриптов РНК, диссоциацию RNAPII и его связывающих белков от ДНК, сопряженное с расщеплением 3′-конца растущего транскрипта и полиаденилированием (Richard and Manley, 2009). Фосфорилирование RNAPII по Ser2 или Ser5 тесно связано с терминацией транскрипции. Уровни фосфорилирования Ser5 высоки рядом с сайтом начала транскрипции, тогда как фосфорилирование Ser2 увеличивается по телу гена, достигая пика около сайта терминации транскрипции (Hsin and Manley, 2012).Pin1 увеличивает дефосфорилирование Ser5, но не Ser2, с помощью CTD фосфатазы Ssu72 (Kops et al., 2002; Werner-Allen et al., 2011). Pin1 также ингибирует дефосфорилирование CTD, влияя на активность др. Фосфатазы CTD, Fcp1, или увеличивая фосфорилирование CTD с помощью Cdc2 / Cyclin B (Xu and Manley, 2007a, b). По существу, Pin1 может регулировать терминацию транскрипции путем изменения статуса фосфорилирования CTD RNAPII.

    Различные состояния фосфорилирования CTD RNAPII создают код CTD, который диктует сборку и разборку факторов для RNAPII и определяет результат транскрипции.Pin1 участвует в построении и расшифровке кода CTD (Buratowski, 2003). В дрожжах фактор процессинга 3′-конца мРНК Pcf11 связывается с CTD-повторами RNAPII, содержащими Pro3 в транс- -конфигурации (Noble et al., 2005), тогда как фактор терминации Nrd1 связывается с цис- формой фосфорилированного Ser5. (Кубичек и др., 2012). Путем изменения цис- или транс -конфигурации пролинов в CTD и координации привлечения факторов процессинга терминации и / или 3′-конца мРНК, таких как Pcf11, Rtt103 и Nrd1 (Noble et al., 2005; Lunde et al., 2010; Kubicek et al., 2012), Ess1 (дрожжевой Pin1) может способствовать терминации транскрипции. Подобный регуляторный механизм может также иметь место в клетках млекопитающих, поскольку эти факторы связывания CTD являются высококонсервативными в эукариотических клетках.

    Pin1 и посттранскрипционная регуляция экспрессии генов

    Уровни

    мРНК определяются сложным взаимодействием между скоростью транскрипции генов и распадом мРНК (Schoenberg and Maquat, 2012). Распад мРНК тесно связан с 3′-нетранслируемой областью (3′-UTR) мРНК.Многие гены раннего ответа содержат AU-богатый элемент (ARE) в 3′-UTRs (Barreau et al., 2005). ARE присутствуют в 5–8% всех транскриптов мРНК в клетках человека, и эти ARE распознаются AU-связывающими белками (AUBP), которые способствуют распаду или стабилизации мРНК в зависимости от генов и типов клеток (Barreau et al., 2005; Halees et al., 2008). Многие AUBP являются фосфопротеинами, и их активность жестко регулируется посредством обратимого фосфорилирования (Shen and Malter, 2015). Через связывание со специфическими фосфорилированными AUBP, Pin1 контролирует распад мРНК селективных генов.

    мРНК гистонов быстро разрушаются в конце S фазы, и 26-нуклеотидная стеблевая петля в 3′-UTR является ключевым детерминантом стабильности мРНК гистонов (Heintz et al., 1983). Эта последовательность является сайтом связывания для белка, связывающего стержень-петлю (SLBP), который помогает рекрутировать компоненты механизма деградации РНК в мРНК гистонов (Wang et al., 1996). Pin1 связывается с фосфорилированным Thr171-Pro172 SLBP и способствует его дефосфорилированию с помощью PP2A, вызывая его диссоциацию от шпильки мРНК гистона, вызывая быструю деградацию мРНК гистона (Krishnan et al., 2012). Другим примером стабильности мРНК, опосредованной Pin1, является мРНК паратироидного гормона (ПТГ), который регулирует уровень кальция в сыворотке крови через его влияние на кости, почки и кишечник (Nechama et al., 2009). Стабильность мРНК PTH снижается за счет связывания регуляторного белка K-гомологии сплайсинга (KSRP) с цис--действующим элементом в 3′-UTR области мРНК PTH (Nechama et al., 2008) . Pin1 взаимодействует с фосфорилированным Ser181 KSRP и индуцирует цис-транс изомеризацию пролиновой связи в KSRP.Конформационное изменение KSRP выставляет фосфорилированный Ser181, запуская дефосфорилирование, событие, которое необходимо для активации KSRP. Активированный KSRP затем взаимодействует с мРНК PTH и вызывает ее распад (Nechama et al., 2009).

    Pin1 может также регулировать стабильность мРНК цитокина посредством связывания с AUBP. AUF1 обычно функционирует как дестабилизирующий белок для мРНК, богатой AU, включая GM-CSF и c-Fos (Loflin et al., 1999). Pin1 связывается с фосфорилированным AUF1 и отделяет AUF1 от мРНК GM-CSF в активированных эозинофилах и Т-клетках (Shen et al., 2005; Esnault et al., 2006). Связывание Pin1 с AUF1 изменяет конформацию AUF1 и ослабляет его активность связывания РНК, что приводит к стабилизации мРНК GM-CSF с помощью HuR или hnRNP C (Shen et al., 2005; Esnault et al., 2006). С помощью аналогичного механизма Pin1 регулирует стабильность мРНК TGF-β1 и c-Fos мРНК (Shen et al., 2008; Krishnan et al., 2014). Регулирование стабильности мРНК путем нацеливания на специфические РНК-связывающие белки, включая AUF1, KSRP, SLBP и HuR, может представлять еще один уровень регуляции генов с помощью Pin при раке и воспалительной реакции.

    МикроРНК (miRNA) — это небольшие эндогенные некодирующие РНК длиной 18-24 нуклеотида, которые играют важную роль в регуляции экспрессии генов и участвуют во многих клеточных процессах, включая остановку клеточного цикла, пролиферацию и гибель клеток (Benhamed et al. ., 2012). miRNAs связываются с 3′-UTR мРНК-мишени посредством спаривания нуклеотидов и регулируют экспрессию гена-мишени, снижая стабильность или трансляцию мРНК (Fabian et al., 2010). Биогенез miRNA строго контролируется на нескольких этапах, включая RNAPII-зависимую транскрипцию генов miRNA, Drosha- и Dicer-опосредованный процессинг первичных miRNA (pri-miRNA) или предшественников miRNA (pre-miRNA), а также ядерный экспорт ( pre-miRNAs) в цитоплазму с помощью exportin-5 (XPO5) (Ha and Kim, 2014).Недавние исследования демонстрируют, что биогенез miRNA, особенно XPO5-опосредованный экспорт pre-miRNA, регулируется Pin1 (Li J. et al., 2018; Pu et al., 2018). Pin1 связывается с ERK-опосредованным фосфорилированным XPO5 в гепатоцеллюлярной карциноме (HCC) и изменяет конформацию XPO5 посредством цис-транс-изомеризации , что приводит к удержанию XPO5 в ядре и нарушению ядерного экспорта pre-miRNA (Li J. et al. др., 2018). В результате несколько miRNA-супрессоров опухолей, включая miR-200b, miR-146a и miR-122, подавляются при HCC (Li J.и др., 2018). Подавление этих miRNAs, вероятно, изменяет экспрессию их генов-мишеней, способствуя развитию HCC (Li J. et al., 2018; Pu et al., 2018). Следовательно, Pin1 также способен регулировать экспрессию генов на посттранскрипционном уровне посредством контроля биогенеза miRNAs, добавляя еще один регуляторный слой для стабильности мРНК.

    Резюме и перспективы

    Pin1 участвует почти в каждой стадии экспрессии генов, от активации факторов транскрипции до инициации и терминации транскрипции путем нацеливания на хозяина факторов транскрипции и белков, регулирующих транскрипцию (Таблица 1).Во многих случаях Pin1 связывается с фосфорилированными факторами транскрипции и индуцирует конформационные изменения белков посредством изомеризации, хотя прямые доказательства конформационных изменений, опосредованных изомеризацией, отсутствуют в некоторых исследованиях (Таблица 1). Изменение конформации объясняет изменения различных свойств белка, включая стабильность белка, субклеточную локализацию, статус фосфорилирования, взаимодействия белок-белок, взаимодействия белок-ДНК, что приводит к увеличению или снижению транскрипционного потенциала этих факторов транскрипции (Рисунок 1).Кроме того, Pin1 также нацелен на РНК-полимеразу II посредством взаимодействия с CTD Rbp1. Pin1-опосредованная изомеризация пролинов или статус фосфорилирования CTD генерирует код CTD для набора или отключения регуляторных белков транскрипции, необходимых для инициации, удлинения и терминации транскрипции (рис. 2). Наконец, Pin1 контролирует распад мРНК, взаимодействуя с AUBP (рис. 2). Следует отметить, что Pin1 часто влияет на активность одного субстрата через несколько механизмов.Напр., Pin1 регулирует ядерно-цитоплазматическое перемещение и стабильность RelA и β-catenin (Ryo et al., 2001, 2003). Pin1 также регулирует как стабильность, так и активность связывания ДНК ERa (Rajbhandari et al., 2014, 2015). Посредством этих многоуровневых регуляций Pin1 может налагать пространственно-временной контроль экспрессии подмножества генов.

    Рисунок 1. Pin1 регулирует активацию факторов транскрипции с помощью различных механизмов: ① влияет на перемещение ядер-цитоплазмы; ② влияет на стабильность белка путем убиквитинирования; ③ влияет на аффинность связывания ДНК; ④ влияет на взаимодействие белков; ⑤ регулирует фосфорилирование или дефосфорилирование.

    Рисунок 2. Pin1 регулирует сеть экспрессии генов. Во время инициации транскрипции Pin1 способствует дефосфорилированию гистона h2 и Ser5 в CTD РНК-полимеразы II, чтобы ингибировать рекрутирование TRP (регуляторных белков транскрипции) и преинициативного комплекса, а также клиренс промотора, процессы, которые необходимы для инициации транскрипции. Во время элонгации транскрипции, с одной стороны, Pin1 связывается с фосфорилированным Spt5 и может способствовать превращению DSIF из отрицательного фактора элонгации в положительный фактор элонгации.С другой стороны, Pin1 увеличивает стабильность Brd4 и его взаимодействие с CDK9 для фосфорилирования Ser2 в CTD РНК-полимеразы II и, таким образом, увеличивает элонгацию транскрипции. При терминации транскрипции Pin1 связывается с фосфорилированным Ser2 в CTD RNAPII и способствует координированному привлечению TTF (факторов терминации транскрипции). После синтеза мРНК Pin1 связывается с AUBP (AU-связывающими белками) для ускорения или замедления распада мРНК.

    Эпигенетика играет решающую роль в регуляции экспрессии генов с помощью посттрансляционных модификаций гистоновых белков и метилирования ДНК (Dawson et al., 2012). Эпигенетическая регуляция опосредуется различными ферментами, которые добавляют или удаляют различные модификации (пишущие и стирающие), и белками, распознающими эти модификации (ридеры) (Dawson et al., 2012). Хотя сообщалось о некоторых PPIases, регулирующих ферменты, модифицирующие гистоны (Hanes, 2015), исследования эпигенетической регуляции экспрессии генов с помощью Pin1 в значительной степени отсутствуют. Недавно мы показали, что эпигенетический ридер Brd4, который специфически связывается с ацетилированным лизином на гистоновых и негистоновых белках, является субстратом Pin1, а стабильность и транскрипционная активность Brd4 регулируется изомеризацией, катализируемой Pin1 (Hu et al., 2017). Регулирует ли и каким образом Pin1 экспрессию генов посредством нацеливания на эти эпигенетические регуляторы, остается интересным вопросом и требует дальнейшего изучения. Многие из этих эпигенетических факторов не регулируются при раке, и высоко экспрессируемый Pin1 при раке может вносить вклад в нарушение регуляции.

    Изомеризация, катализируемая Pin1, и последующее изменение конформации белков м. Объяснять все функциональные изменения субстратов Pin1. Конформационные изменения белков часто приводят к вовлечению или диссоциации взаимодействующих белков.На изменение стабильности белка после конформационного изменения в значительной степени влияет изменение доступности для лигаз E3. Конформационные изменения могут также изменять доступность NLS или NES для ядерного механизма импорта или экспорта, влияя на ядерно-цитоплазматическое перемещение факторов транскрипции. Однако не совсем ясно, как Pin1 напрямую регулирует активность связывания ДНК посредством изменения конформации белков. Хотя обычно считается, что связывание Pin1 ведет к конформационным изменениям его субстратов, многие исследования не смогли включить изомеразно-неактивный мутант Pin1 (Таблица 1), и в будущих исследованиях необходимо решить эту проблему.

    Pin1 может оказывать на подложки совершенно противоположные эффекты. Pin1 увеличивает или снижает стабильность факторов транскрипции сходным образом, зависимым от фосфорилирования и изомеризации (Table 1). Pin1 регулирует активность ряда факторов транскрипции, многие из которых являются онкогенами и супрессорами опухолей (Lu and Zhou, 2007). Pin1 аномально активируется при большинстве видов рака, а Pin1 обычно активирует онкогенные факторы транскрипции, но ингибирует факторы транскрипции, подавляющие опухоль, что отражает способность Pin1 способствовать развитию раковых клеток путем активации факторов, способствующих развитию рака, и инактивации факторов, подавляющих рак (Zhou and Lu, 2016).Однако неясно, как Pin1 оказывает противоположные регуляторные эффекты на онкогенные и опухолевые супрессивные факторы транскрипции. Одна возможность состоит в том, что экспрессия генов-мишеней этих факторов транскрипции и результирующие клеточные функции могут обеспечивать некоторые сигналы обратной связи для Pin1, чтобы определять судьбу этих факторов транскрипции.

    Хотя Pin1 способен регулировать экспрессию генов на различных уровнях, возможно, что Pin1 не является абсолютно необходимым для транскрипции всего генома.Степень успеха гомозиготного скрещивания Pin1 — / — была намного ниже, чем у гетерозиготных мышей, что указывает на критическую роль Pin1 в экспрессии генов и делении клеток (Liou et al., 2002). Соответственно, фибробласты Pin1 — / — растут нормально, но с дефектами повторного входа в клеточный цикл после остановки G 0 (Fujimori et al., 1999; Liou et al., 2002). Pin1-опосредованная транскрипция и экспрессия генов, несомненно, являются специфическим для типа клеток и сигнально-зависимым событием, поскольку многие факторы транскрипции и их гены-мишени индуцируются в ответ на специфические стимулы.Исследования регуляции транскрипции с помощью Pin1 в основном выполнялись in vitro или в культивируемых клетках с рекомбинантным или сверхэкспрессированным Pin1. Значение этих биохимических исследований в регуляции генов будет усилено, если подобный регуляторный механизм будет подтвержден у мышей с условным нокаутом Pin1 — / — или Pin1 в сочетании с моделями болезней мышей. Прекрасный пример продемонстрирован в недавнем исследовании идентификации Pin1 как регулятора термогенеза путем нацеливания PRDM16 на деградацию (Nakatsu et al., 2019).

    Хотя многое известно о том, как Pin1 регулирует факторы активации транскрипции для экспрессии генов в ответ на стимулы, гораздо меньше известно о том, как Pin1 регулирует механизм транскрипции для пространственно-временного контроля экспрессии генов, за исключением того, что Pin1 помогает построить код CTD. . Также предстоит определить, являются ли эти регуляции RNAPII и связанной с ним транскрипцией общим механизмом, который может применяться ко всем генам, или это только явление, специфичное для генов и клеток.Кроме того, субклеточная локализация, уровни экспрессии и активность Pin1 могут изменяться в ответ на стимуляцию и в условиях заболевания (Boussetta et al., 2010; Lee et al., 2011; Rangasamy et al., 2012; Zannini et al., al., 2019), добавляя еще один уровень сложности к экспрессии генов, опосредованной Pin1. В целом, лучшее понимание регуляции экспрессии генов с помощью Pin1 дало бы новое понимание патофизиологических функций Pin1 и новых терапевтических подходов к лечению рака и других заболеваний человека путем нацеливания на Pin1 отдельно или в комбинации с нацеливанием на различные регуляторы транскрипции.

    Авторские взносы

    Составил рукопись

    XH. L-FC отредактировал рукопись. XH и L-FC рассмотрели и изменили рукопись. Все авторы согласились с окончательной версией.

    Финансирование

    Эта работа была частично поддержана фондом, предоставленным UIUC (для L-FC), FMU (для XH) и Фондом естественных наук Китая, грант 812 (для XH).

    Конфликт интересов

    Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

    Благодарности

    Мы приносим извинения всем нашим коллегам, чьи исследования мы не смогли включить в этот обзор. Мы благодарим участников XH Lab и L-FC lab за обсуждение.

    Список литературы

    Ан, С. Х., Ким, М., и Буратовски, С. (2004). Фосфорилирование серина 2 в С-концевом домене РНК-полимеразы II сочетает транскрипцию и процессинг 3′-конца. Мол. Cell 13, 67–76. DOI: 10.1016 / s1097-2765 (03) 00492-1

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ай, Н., Hu, X., Ding, F., Yu, B., Wang, H., Lu, X., et al. (2011). Сигнал-индуцированное высвобождение Brd4 из хроматина является важным для перехода его роли от нацеливания на хроматин к регуляции транскрипции. Nucleic Acids Res. 39, 9592–9604. DOI: 10.1093 / nar / gkr698

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Аткинсон, Г. П., Нозелл, С. Э., Харрисон, Д. К., Stonecypher, М. С., Чен, Д., и Бенвенист, Е. Н. (2009). Пролилизомераза Pin1 регулирует сигнальный путь NF-kappaB и экспрессию интерлейкина-8 в глиобластоме. Онкоген 28, 3735–3745. DOI: 10.1038 / onc.2009.232

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Барро К., Пайлард Л. и Осборн Х. Б. (2005). Элементы, богатые АС, и связанные с ними факторы: существуют ли объединяющие принципы? Nucleic Acids Res. 33, 7138–7150. DOI: 10.1093 / nar / gki1012

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Бартковяк, Б., Лю, П., Фатнани, Х. П., Фуда, Н. Дж., Купер, Дж. Дж., Прайс, Д.H., et al. (2010). CDK12 является связанной с элонгацией транскрипции киназой CTD, ортологом дрожжевого Ctk1 у метазоа. Genes Dev. 24, 2303–2316. DOI: 10.1101 / gad.1968210

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Беккер Р., Лолл Б. и Мейнхарт А. (2008). Снимки фактора процессинга РНК SCAF8, связанного с различными фосфорилированными формами карбоксиконцевого домена РНК-полимеразы II. J. Biol. Chem. 283, 22659–22669. DOI: 10.1074 / jbc.m803540200

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Бенхамед М., Хербиг У., Йе Т., Дежан А. и Бишоф О. (2012). Старение является эндогенным триггером для направленного на микроРНК подавления транскрипционного гена в клетках человека. Нат. Cell Biol. 14, 266–275. DOI: 10.1038 / ncb2443

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Бентли Д. (2002). Линия сборки мРНК: машины для транскрипции и обработки на одном заводе. Curr. Opin. Cell Biol. 14, 336–342. DOI: 10.1016 / s0955-0674 (02) 00333-2

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Boussetta, T., Gougerot-Pocidalo, M. A., Hayem, G., Ciappelloni, S., Raad, H., Arabi Derkawi, R., et al. (2010). Пролилизомераза Pin1 действует как новый молекулярный переключатель для TNF-альфа-индуцированного прайминга НАДФН-оксидазы в нейтрофилах человека. Кровь 116, 5795–5802. DOI: 10.1182 / кровь-2010-03-273094

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Бренкман, А.Б., Де Кейзер, П. Л., Ван Ден Брук, Н. Дж., Ван Дер Гроуп, П., Ван Дист, П. Дж., Ван Дер Хорст, А. и др. (2008). Пептидилизомераза Pin1 регулирует экспрессию p27kip1 посредством ингибирования опухолевых супрессоров Forkhead box O. Cancer Res. 68, 7597–7605. DOI: 10.1158 / 0008-5472.can-08-1059

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Чао, С. Х., Гринлиф, А. Л. и Прайс, Д. Х. (2001). Юглон, ингибитор пептидилпролилизомеразы Pin1, также напрямую блокирует транскрипцию. Nucleic Acids Res. 29, 767–773. DOI: 10.1093 / nar / 29.3.767

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Chen, H. Z., Li, L., Wang, W. J., Du, X. D., Wen, Q., He, J. P., et al. (2012). Пролилизомераза Pin1 стабилизирует и активирует орфанный ядерный рецептор TR3, способствуя митогенезу. Онкоген 31, 2876–2887. DOI: 10.1038 / onc.2011.463

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Чен, Л. Ф. (2012).Опухолевосупрессорная функция RUNX3 при раке молочной железы. J. Cell Biochem. 113, 140–147.

    Google Scholar

    Csizmok, V., Montecchio, M., Lin, H., Tyers, M., Sunnerhagen, M., and Forman-Kay, J.D. (2018). Многовалентные взаимодействия с Fbw7 и Pin1 способствуют распознаванию c-Jun убиквитинлигазой SCF (Fbw7). Структура 26: e22.

    Google Scholar

    Дилворт, Д., Гудавичус, Г., Люнг, А., и Нельсон, К. Дж. (2012). Роль изомераз пептидил-пролина в регуляции генов. Biochem. Cell Biol. 90, 55–69. DOI: 10.1139 / o11-045

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Донг, X., Гревен, М. К., Кундаже, А., Джебали, С., Браун, Дж. Б., Ченг, К. и др. (2012). Моделирование экспрессии генов с использованием характеристик хроматина в различных клеточных контекстах. Genome Biol. 13: R53.

    Google Scholar

    Дутертр, М., и Смит, К. Л. (2003). Лиганд-независимые взаимодействия коактиваторов p160 / стероидного рецептора и CREB-связывающего белка (CBP) с рецептором эстрогена-альфа: регуляция сайтами фосфорилирования в области A / B зависит от других рецепторных доменов. Мол. Эндокринол. 17, 1296–1314. DOI: 10.1210 / me.2001-0316

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Эсно, С., Шен, З. Дж., Уайтсел, Э. и Мальтер, Дж. С. (2006). Пептидил-пролилизомераза Pin1 регулирует стабильность мРНК колониестимулирующего фактора гранулоцитов-макрофагов в Т-лимфоцитах. J. Immunol. 177, 6999–7006. DOI: 10.4049 / jimmunol.177.10.6999

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Фабиан, М.Р., Зоненберг, Н., Филипович, В. (2010). Регуляция трансляции и стабильности мРНК с помощью микроРНК. Annu. Rev. Biochem. 79, 351–379. DOI: 10.1146 / annurev-biochem-060308-103103

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Фабрега К., Шен В., Шуман С. и Лима К. Д. (2003). Структура кэпирующего фермента мРНК, связанного с фосфорилированным карбокси-концевым доменом РНК-полимеразы II. Мол. Cell 11, 1549–1561. DOI: 10.1016 / s1097-2765 (03) 00187-4

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Фалендер, А.Е., Фрейман, Р. Н., Гелес, К. Г., Ло, К. К., Хванг, К., Лэмб, Д. Дж. И др. (2005). Для поддержания сперматогенеза необходим TAF4b, гонадоспецифическая субъединица TFIID. Genes Dev. 19, 794–803. DOI: 10.1101 / gad.12

  • PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Fan, G., Fan, Y., Gupta, N., Matsuura, I., Liu, F., Zhou, X.Z., et al. (2009). Пептидил-пролилизомераза Pin1 заметно усиливает онкогенную активность rel-белков семейства ядерных факторов-каппаВ. Cancer Res. 69, 4589–4597. DOI: 10.1158 / 0008-5472.can-08-4117

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Фаррелл А.С., Пелц К., Ван X., Даниэль К. Дж., Ван З., Су Ю. и др. (2013). Pin1 регулирует динамику связывания c-Myc ДНК для облегчения регуляции генов-мишеней и онкогенеза. Мол. Клетка. Биол. 33, 2930–2949. DOI: 10.1128 / mcb.01455-12

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Фоллис, А.В., Лламби, Ф., Мерритт, П., Чипук, Дж. Э., Грин, Д. Р., Кривацки, Р. В. (2015). Индуцированная Pin1 изомеризация пролина в цитозольном p53 опосредует активацию BAX и апоптоз. Мол. Cell 59, 677–684. DOI: 10.1016 / j.molcel.2015.06.029

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Фухимори Ф., Такахаши К., Учида К. и Учида Т. (1999). Мыши, лишенные Pin1, развиваются нормально, но не могут войти в клеточный цикл из-за остановки G (0). Biochem.Биофиз. Res. Commun. 265, 658–663. DOI: 10.1006 / bbrc.1999.1736

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Fujimoto, Y., Shiraki, T., Horiuchi, Y., Waku, T., Shigenaga, A., Otaka, A., et al. (2010). Пролин-цис / транс-изомераза Pin1 регулирует гамма-активность рецептора, активируемого пролифератором пероксисом, посредством прямого связывания с доменом активации-1. J. Biol. Chem. 285, 3126–3132. DOI: 10.1074 / jbc.m109.055095

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Фудзинага, К., Ирвин, Д., Хуанг, Ю., Таубе, Р., Куросу, Т., и Петерлин, Б. М. (2004). Динамика транскрипции вируса иммунодефицита человека: P-TEFb фосфорилирует RD и отделяет отрицательные эффекторы от элемента ответа на трансактивацию. Мол. Клетка. Биол. 24, 787–795. DOI: 10.1128 / mcb.24.2.787-795.2004

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Gianni, M., Boldetti, A., Guarnaccia, V., Rambaldi, A., Parrella, E., Raska, I., et al. (2009). Ингибирование пептидилпролилизомеразы Pin1 усиливает ответы клеток острого миелоидного лейкоза на ретиноевую кислоту посредством стабилизации RARalpha и PML-RARalpha. Cancer Res. 69, 1016–1026. DOI: 10.1158 / 0008-5472.can-08-2603

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ха, М., Ким, В. Н. (2014). Регуляция биогенеза микроРНК. Нат. Rev. Mol. Cell Biol. 15, 509–524.

    Google Scholar

    Халис, А.С., Эль-Бадрави, Р., и Хабар, К.С. (2008). Организм ARED: расширение ARED обнаруживает различия в кластерах AU-богатых элементов между человеком и мышью. Nucleic Acids Res. 36, D137 – D140.

    Google Scholar

    Хан, Х. Дж., Квон, Н., Чой, М. А., Юнг, К. О., Пиао, Дж. Й., Нго, Х. К. и др. (2016). Пептидилпролилизомераза PIN1 напрямую связывается и стабилизирует индуцируемый гипоксией фактор-1альфа. PLoS ONE 11: e0147038. DOI: 10.1371 / journal.pone.0147038

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Хан, Ю., Ли, С. Х., Бан, М., Йео, К. Ю. и Ли, К. Ю. (2016). Pin1 усиливает дифференцировку адипоцитов, положительно регулируя транскрипционную активность PPARgamma. Мол. Клеточный эндокринол. 436, 150–158. DOI: 10.1016 / j.mce.2016.07.030

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Хайнц, Н., Сиве, Х. Л., и Редер, Р. Г. (1983). Регуляция экспрессии гена гистона человека: кинетика накопления и изменения скорости синтеза и периода полужизни отдельных мРНК гистонов во время клеточного цикла HeLa. Мол. Клетка. Биол. 3, 539–550. DOI: 10.1128 / mcb.3.4.539

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Хоманн, П.(1983). Фосфорилирование гистонов h2. Мол. Клетка. Biochem. 57, 81–92.

    Google Scholar

    Ху, X., Донг, С.Х., Чен, Дж., Чжоу, X.З., Чен, Р., Наир, С., и др. (2017). Пролилизомераза PIN1 регулирует стабильность, транскрипционную активность и онкогенный потенциал BRD4. Онкоген 36, 5177–5188. DOI: 10.1038 / onc.2017.137

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Хуанг, Г. Л., Ляо, Д., Чен, Х., Лу, Ю., Чен, Л., Ли, Х. и др. (2016). Уровень белка и транскрипционная активность активирующего фактора транскрипции 1 регулируется пролилизомеразой Pin1 при прогрессировании карциномы носоглотки. Cell Death Dis. 7: e2571. DOI: 10.1038 / cddis.2016.349

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Хантер Т. и Карин М. (1992). Регуляция транскрипции путем фосфорилирования. Ячейка 70, 375–387. DOI: 10.1016 / 0092-8674 (92)

  • -6

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Джейкобс, М.Д. и Харрисон С. С. (1998). Структура комплекса IkappaBalpha / NF-kappaB. Cell 95, 749–758.

    Google Scholar

    Джалули М., Дери М. А., Лафлер В. Н., Ламалис Л., Чжоу Х. З., Лу К. П. и др. (2014). Пролилизомераза Pin1 регулирует активность фактора транскрипции, индуцируемого гипоксией (HIF). Cell. Сигнал. 26, 1649–1656. DOI: 10.1016 / j.cellsig.2014.04.005

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Янг, М.К., Мочизуки К., Чжоу, М., Чон, Х. С., Брэди, Дж. Н. и Озато, К. (2005). Белок бромодомена Brd4 является положительным регуляторным компонентом P-TEFb и стимулирует зависимую от РНК-полимеразы II транскрипцию. Мол. Cell 19, 523–534. DOI: 10.1016 / j.molcel.2005.06.027

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Юнг, М., Джелато, К. А., Фернандес-Монтальван, А., Сигель, С., и Хендлер, Б. (2015). Нацеливание на бромодомены BET для лечения рака. Эпигеномика 7, 487–501. DOI: 10.2217 / epi.14.91

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Комарницкий П., Чо Э. Дж., Буратовски С. (2000). Различные фосфорилированные формы РНК-полимеразы II и связанные с ними факторы процессинга мРНК во время транскрипции. Genes Dev. 14, 2452–2460. DOI: 10.1101 / gad.824700

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Копс О., Чжоу Х. З. и Лу К. П. (2002).Pin1 модулирует дефосфорилирование С-концевого домена РНК-полимеразы II дрожжевым Fcp1. FEBS Lett. 513, 305–311. DOI: 10.1016 / s0014-5793 (02) 02288-3

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Кришнан Н., Лам Т. Т., Фриц А., Ремпински Д., О’лофлин К., Миндерман Х. и др. (2012). Пролилизомераза Pin1 нацелена на белок, связывающий стержень-петлю (SLBP), чтобы диссоциировать комплекс SLBP-мРНК гистона, связывающий распад мРНК гистона с убиквитинированием SLBP. Мол.Клетка. Биол. 32, 4306–4322. DOI: 10.1128 / mcb.00382-12

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Кришнан Н., Титус М. А. и Тапар Р. (2014). Пролилизомераза pin1 регулирует уровни мРНК генов с коротким периодом полураспада, воздействуя на специфические связывающие РНК белки. PLoS ONE 9: e85427. DOI: 10.1371 / journal.pone.0085427

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Kruiswijk, F., Hasenfuss, S.C., Sivapatham, R., Baar, M. P., Putavet, D., Naipal, K. A., et al. (2016). Целенаправленное подавление метастатической меланомы за счет вмешательства в передачу сигналов Pin1-FOXM1. Онкоген 35, 2166–2177. DOI: 10.1038 / onc.2015.282

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Kubicek, K., Cerna, H., Holub, P., Pasulka, J., Hrossova, D., Loehr, F., et al. (2012). Фосфорилирование серина и изомеризация пролина в RNAP II CTD контролируют набор Nrd1. Genes Dev. 26, 1891–1896. DOI: 10.1101 / gad.192781.112

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Лавуа, С. Б., Альберт, А. Л., Ханда, Х., Винсент, М., и Бенсауд, О. (2001). Пептидил-пролилизомераза Pin1 взаимодействует с hSpt5, фосфорилированным Cdk9. J. Mol. Биол. 312, 675–685. DOI: 10.1006 / jmbi.2001.4991

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ли, С. Х., Чой, Й. Х., Ким, Й. Дж., Чой, Х. С., Йео, К.Ю., и Ли, К. Ю. (2013). Пролилизомераза Pin1 усиливает дифференцировку остеобластов посредством регуляции Runx2. FEBS Lett. 587, 3640–3647. DOI: 10.1016 / j.febslet.2013.09.040

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ли, С. Х., Чон, Х. М., Хан, Ю., Чеонг, Х., Кан, Б. Ю., и Ли, К. Ю. (2015). Пролилизомераза Pin1 регулирует остеогенную активность Osterix. Мол. Клетка. Эндокринол. 400, 32–40. DOI: 10.1016 / j.mce.2014.11.017

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ли, Т.H., Chen, C.H., Suizu, F., Huang, P., Schiene-Fischer, C., Daum, S., et al. (2011). Связанная со смертью протеинкиназа 1 фосфорилирует Pin1 и ингибирует его пролилизомеразную активность и клеточную функцию. Мол. Cell 42, 147–159. DOI: 10.1016 / j.molcel.2011.03.005

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ли, К., Чанг, Д. Л., Янг, З., Ци, Дж., Лю, Р., Хе, Х. и др. (2013). Pin1 модулирует стабильность белка p63alpha в регуляции выживаемости, пролиферации и образования опухолей клеток. Cell Death Dis. 4: e943. DOI: 10.1038 / cddis.2013.468

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Li, J., Pu, W., Sun, H. L., Zhou, J. K., Fan, X., Zheng, Y., et al. (2018). Pin1 нарушает биогенез микроРНК, опосредуя изменение конформации XPO5 при гепатоцеллюлярной карциноме. Смерть клетки. Отличаются. 25, 1612–1624. DOI: 10.1038 / s41418-018-0065-z

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ли Ю., Лю М., Чен, Л. Ф., и Чен, Р. (2018). P-TEFb: поиск способов высвобождения РНК-полимеразы II, проксимально приостановленной в промоторе. Транскрипция 9, 88–94. DOI: 10.1080 / 21541264.2017.1281864

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Liou, Y.C., Ryo, A., Huang, H.K., Lu, P.J., Bronson, R., Fujimori, F., et al. (2002). Потеря функции Pin1 у мышей вызывает фенотипы, напоминающие фенотипы cyclin D1-null. Proc. Natl. Акад. Sci. США 99, 1335–1340.DOI: 10.1073 / pnas.032404099

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Лиу, Ю. К., Чжоу, X. З., и Лу, К. П. (2011). Пролилизомераза Pin1 как молекулярный переключатель, определяющий судьбу фосфопротеинов. Trends Biochem. Sci. 36, 501–514. DOI: 10.1016 / j.tibs.2011.07.001

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Лю В., Юн Х. Д., Чжоу Х. З., Лу К. П. и Лю Дж. О. (2001). Связывание и регуляция фактора транскрипции NFAT пептидилпролилцис-транс-изомеразой Pin1. FEBS Lett. 496, 105–108. DOI: 10.1016 / s0014-5793 (01) 02411-5

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Лофлин П., Чен К. Ю. и Шю А. Б. (1999). Раскрытие цитоплазматической роли hnRNP D в дестабилизации мРНК in vivo, направляемой AU-богатым элементом. Genes Dev. 13, 1884–1897. DOI: 10.1101 / gad.13.14.1884

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Лу, К. П., и Чжоу, X. Z. (2007). Пролилизомераза PIN1: принципиально новый поворот в передаче сигналов фосфорилирования и болезни. Нат. Rev. Mol. Cell Biol. 8, 904–916. DOI: 10.1038 / nrm2261

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Луфей, К., Кох, Т. Х., Учида, Т., и Цао, X. (2007). Pin1 необходим для активности Stat3, зависимой от фосфорилирования Ser727. Онкоген 26, 7656–7664. DOI: 10.1038 / sj.onc.1210567

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Лунде, Б.М., Райчоу, С.Л., Ким, М., Сух, Х., Липер, Т.С., Янг, Ф., и другие. (2010). Кооперативное взаимодействие факторов терминации транскрипции с С-концевым доменом РНК-полимеразы II. Нат. Struct. Мол. Биол. 17, 1195–1201. DOI: 10.1038 / nsmb.1893

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Lv, L., Zhang, J., Zhang, L., Xue, G., Wang, P., Meng, Q., et al. (2013). Существенная роль Pin1 посредством передачи сигналов STAT3 и митохондриально-зависимых путей в рестенозе при диабете 2 типа. J. Cell.Мол. Med. 17, 989–1005. DOI: 10.1111 / jcmm.12082

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Лайдон, Дж. П., и О’малли, Б. У. (2011). Мини-обзор: Коактиватор стероидных рецепторов-3: разнообразный корегулятор при метастазах в молочной железе. Эндокринология 152, 19–25. DOI: 10.1210 / en.2010-1012

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Magli, A., Angelelli, C., Ganassi, M., Baruffaldi, F., Matafora, V., Battini, R., и другие. (2010). Пролинизомераза Pin1 подавляет терминальную дифференцировку и функцию фактора усиления миоцитов 2C в клетках скелетных мышц. J. Biol. Chem. 285, 34518–34527. DOI: 10.1074 / jbc.m110.104133

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Mantovani, F., Piazza, S., Gostissa, M., Strano, S., Zacchi, P., Mantovani, R., et al. (2004). Pin1 связывает активность c-Abl и p300 в регуляции функции p73. Мол. Cell 14, 625–636.DOI: 10.1016 / j.molcel.2004.05.007

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Мантовани, Ф., Заннини, А., Рустиги, А., и Дель Сал, Г. (2015). Взаимодействие р53 с пролилизомеразами: здоровые и нездоровые отношения. Biochim. Биофиз. Acta 1850, 2048–2060. DOI: 10.1016 / j.bbagen.2015.01.013

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Monje, P., Hernandez-Losa, J., Lyons, R.J., Castellone, M.D., и Gutkind, J.С. (2005). Регуляция транскрипционной активности c-Fos с помощью ERK. Новая роль пролилизомеразы PIN1. J. Biol. Chem. 280, 35081–35084. DOI: 10.1074 / jbc.c500353200

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Монье П., Мариниссен М. Дж. И Гуткинд Дж. С. (2003). Фосфорилирование карбоксиконцевого домена трансактивации c-Fos киназой, регулируемой внеклеточными сигналами, опосредует активацию транскрипции AP-1 и клеточную трансформацию, индуцированную фактором роста тромбоцитов. Мол. Клетка. Биол. 23, 7030–7043. DOI: 10.1128 / mcb.23.19.7030-7043.2003

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Моретто-Зита М., Цзинь Х., Шен З., Чжао Т., Бриггс С. П. и Сюй Ю. (2010). Фосфорилирование стабилизирует Nanog, способствуя его взаимодействию с Pin1. Proc. Natl. Акад. Sci. США 107, 13312–13317. DOI: 10.1073 / pnas.1005847107

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Мюллер, С., Филиппакопулос П. и Кнапп С. (2011). Бромодомены как терапевтические мишени. Expert Rev. Mol. Med. 13, е29.

    Google Scholar

    Наг, С., Цинь, Дж., Шривенугопал, К. С., Ван, М., и Чжан, Р. (2013). Возвращение к пути MDM2-p53. J. Biomed. Res. 27, 254–271.

    Google Scholar

    Накада, С., Кубоки, С., Нодзима, Х., Йошитоми, Х., Фурукава, К., Такаясики, Т., и др. (2019). Роль Pin1 как ключевой молекулы для индукции EMT путем активации STAT3 и NF-κB при раке желчного пузыря человека. Ann. Surg. Онкол. 26, 907–917. DOI: 10.1245 / s10434-018-07132-7

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Накамура К., Косуги И., Ли Д. Ю., Хафнер А., Синклер Д. А., Рио А. и др. (2012). Пролилизомераза Pin1 регулирует дифференцировку нейронов через бета-катенин. Мол. Клетка. Биол. 32, 2966–2978. DOI: 10.1128 / mcb.05688-11

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Накано, А., Койнума, Д., Miyazawa, K., Uchida, T., Saitoh, M., Kawabata, M., et al. (2009). Pin1 подавляет передачу сигналов трансформирующего фактора роста-бета (TGF-бета), индуцируя деградацию белков Smad. J. Biol. Chem. 284, 6109–6115. DOI: 10.1074 / jbc.m804659200

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Накацу Ю., Мацунага Ю., Уэда К., Ямамотоя Т., Иноуэ Ю., Иноуэ М. К. и др. (2018). Разработка ингибиторов Pin1 и их потенциал в качестве терапевтических средств. Curr. Med. Chem doi: 10.2174 / 0929867325666181105120911 [Epub перед печатью].

    CrossRef Полный текст | PubMed Аннотация | Google Scholar

    Накацу Ю., Мацунага Ю., Ямамотоя Т., Уэда К., Иноуэ М. К., Мизуно Ю. и др. (2019). Пролилизомераза Pin1 подавляет термогенные программы в адипоцитах, способствуя деградации коактиватора транскрипции PRDM16. Cell Rep. 26: e3223.

    Google Scholar

    Накацу Ю., Мацунага Ю., Ямамотоя, Т., Уэда, К., Иноуэ, Ю., Мори, К., и др. (2016). Физиологические и патогенные роли пролилизомеразы pin1 в регуляции метаболизма посредством множественной модуляции пути передачи сигнала. Внутр. J. Mol. Sci. 17: 1495. DOI: 10.3390 / ijms170

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Накацу, Ю., Сакода, Х., Кусияма, А., Оно, Х., Фудзиширо, М., Хорике, Н. и др. (2010). Pin1 ассоциирует и индуцирует транслокацию CRTC2 в цитозоль, тем самым подавляя транскрипционную активность цАМФ-чувствительного элемента. J. Biol. Chem. 285, 33018–33027. DOI: 10.1074 / jbc.m110.137836

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Нехама, М., Бен-Дов, И. З., Бриата, П., Герци, Р., и Навех-Мани, Т. (2008). Белок регулятора сплайсинга гомологии фактора K, способствующий распаду мРНК, после транскрипции определяет уровни мРНК паратироидного гормона. FASEB J. 22, 3458–3468. DOI: 10.1096 / fj.08-107250

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Нехама, М., Учида, Т., Мор Йосеф-Леви, И., Сильвер, Дж., И Навех-Мани, Т. (2009). Пептидил-пролилизомераза Pin1 определяет уровни мРНК паратироидного гормона и стабильность в моделях вторичного гиперпаратиреоза на крысах. J. Clin. Вкладывать деньги. 119, 3102–3114. DOI: 10.1172 / jci39522

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Николь Цанг, Ю. Х., Ву, X. W., Лим, Дж. С., Ви Онг, К., Сальто-Теллез, М., Ито, К. и др. (2013). Пролилизомераза Pin1 подавляет опухолевый супрессор RUNX3 при раке груди. Онкоген 32, 1488–1496. DOI: 10.1038 / onc.2012.178

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ниши, М., Акуцу, Х., Масуи, С., Кондо, А., Нагашима, Ю., Кимура, Х. и др. (2011). Особая роль Pin1 в индукции и поддержании плюрипотентности. J. Biol. Chem. 286, 11593–11603. DOI: 10.1074 / jbc.m110.187989

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ноубл, К.Г., Холлингворт, Д., Мартин, С. Р., Эннис-Адениран, В., Смердон, С. Дж., Келли, Г. и др. (2005). Основные особенности взаимодействия CID Pcf11 и CTD РНК-полимеразы II. Нат. Struct. Мол. Биол. 12, 144–151. DOI: 10.1038 / nsmb887

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Патикоглу Г. и Берли С. К. (1997). Комплексы эукариотический фактор транскрипции-ДНК. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 26, 289–325. DOI: 10.1146 / annurev.biophys.26.1.289

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Пулмен, Т.М., Фэрроу, С. Н., Мэтьюз, Л., Лаудон, А. С., и Рэй, Д. В. (2013). Pin1 способствует трансактивации GR за счет увеличения набора генов-мишеней. Nucleic Acids Res. 41, 8515–8525. DOI: 10.1093 / nar / gkt624

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Пу, В., Ли, Дж., Чжэн, Ю., Шен, X., Фань, X., Чжоу, Дж. К., и др. (2018). Нацеливание на Pin1 ингибитором API-1 регулирует биогенез микроРНК и подавляет развитие гепатоцеллюлярной карциномы. Гепатология 68, 547–560.DOI: 10.1002 / hep.29819

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Pulikkan, J. A., Dengler, V., Peer Zada, A. A., Kawasaki, A., Geletu, M., Pasalic, Z., et al. (2010). Повышенная экспрессия PIN1 с помощью C / EBPalpha-p30 блокирует C / EBPalpha-индуцированную дифференцировку гранулоцитов через c-Jun в AML. Лейкемия 24, 914–923. DOI: 10.1038 / leu.2010.37

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Рагурам, Н., Стрикфаден, Х., Макдональд, Д., Уильямс, К., Фанг, Х., Миззен, К., и др. (2013). Pin1 способствует дефосфорилированию гистона h2 и стабилизирует его связывание с хроматином. J. Cell Biol. 203, 57–71. DOI: 10.1083 / jcb.201305159

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Раджбхандари П., Финн Г., Солодин Н. М., Сингарапу К. К., Саху С. К., Маркли Дж. Л. и др. (2012). Регуляция конформации и функции альфа N-конца рецептора эстрогена с помощью пептидилпролилизомеразы Pin1. Мол. Клетка. Биол. 32, 445–457. DOI: 10.1128 / mcb.06073-11

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Раджбхандари П., Озерс М. С., Солодин Н. М., Уоррен К. Л. и Аларид Э. Т. (2015). Пептидилпролилизомераза pin1 напрямую усиливает ДНК-связывающие функции рецептора эстрогена альфа. J. Biol. Chem. 290, 13749–13762. DOI: 10.1074 / jbc.m114.621698

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Раджбхандари, П., Шальпер, К. А., Солодин, Н. М., Эллисон-Зельски, С. Дж., Пинг, Лу, К. и др. (2014). Pin1 модулирует уровни ERalpha при раке груди посредством ингибирования зависимого от фосфорилирования убиквитинирования и деградации. Онкоген 33, 1438–1447. DOI: 10.1038 / onc.2013.78

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Рангасами В., Мишра Р., Сондарва Г., Дас С., Ли, Т. Х., Баковска, Дж. К. и др. (2012). Киназа 3 смешанного происхождения фосфорилирует пролилизомеразу Pin1 для регулирования ее ядерной транслокации и клеточной функции. Proc. Natl. Акад. Sci. США 109, 8149–8154. DOI: 10.1073 / pnas.1200804109

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Restelli, M., Lopardo, T., Lo Iacono, N., Garaffo, G., Conte, D., Rustighi, A., et al. (2014). DLX5, FGF8 и изомераза Pin1 контролируют стабильность белка DeltaNp63alpha во время развития конечностей: регуляторная петля в основе врожденных пороков развития SHFM и EEC. Хум. Мол. Genet. 23, 3830–3842. DOI: 10.1093 / hmg / ddu096

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Рустиги, А., Тибери, Л., Солдано, А., Наполи, М., Нуцифоро, П., Розато, А. и др. (2009). Пролилизомераза Pin1 является мишенью Notch2, которая усиливает активацию Notch2 при раке. Нат. Cell Biol. 11, 133–142. DOI: 10.1038 / ncb1822

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Рио, А., Накамура, М., Вульф, Г., Лиу, Ю. К., и Лу, К. П. (2001). Pin1 регулирует оборот и субклеточную локализацию бета-катенина, ингибируя его взаимодействие с APC. Нат.Cell Biol. 3, 793–801. DOI: 10.1038 / ncb0901-793

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ryo, A., Suizu, F., Yoshida, Y., Perrem, K., Liou, Y.C., Wulf, G., et al. (2003). Регуляция передачи сигналов NF-kappaB посредством Pin1-зависимой пролилизомеризации и убиквитин-опосредованного протеолиза p65 / RelA. Мол. Cell 12, 1413–1426. DOI: 10.1016 / s1097-2765 (03) 00490-8

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Сайто, Т., Тун-Чжи, А., Ryo, A., Yamamoto, M., Finn, G., Fujita, T., et al. (2006). Отрицательная регуляция интерферон-регулирующего фактора 3 врожденного противовирусного ответа с помощью пролилизомеразы Pin1. Нат. Иммунол. 7, 598–605. DOI: 10.1038 / ni1347

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Санчес-Аревало Лобо, В. Дж., Дони, М., Верреккья, А., Санулли, С., Фага, Г., Пионтини, А. и др. (2013). Двойная регуляция Myc по Abl. Онкоген 32, 5261–5271.DOI: 10.1038 / onc.2012.621

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Сегил Н., Гермах М., Хоффманн А., Редер Р. Г. и Хайнц Н. (1996). Митотическая регуляция TFIID: ингибирование активатор-зависимой транскрипции и изменения субклеточной локализации. Genes Dev. 10, 2389–2400. DOI: 10.1101 / gad.10.19.2389

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Шен, З. Дж., Эсно, С., и Мальтер, Дж. С.(2005). Пептидил-пролилизомераза Pin1 регулирует стабильность мРНК гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора в активированных эозинофилах. Нат. Иммунол. 6, 1280–1287. DOI: 10.1038 / ni1266

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Шен, З. Дж., Эсно, С., Розенталь, Л. А., Сакали, Р. Дж., Соркнесс, Р. Л., Вестмарк, П. Р. и др. (2008). Pin1 регулирует продукцию TGF-beta1 активированными эозинофилами человека и мыши и способствует аллергическому фиброзу легких. J. Clin. Вкладывать деньги. 118, 479–490.

    Google Scholar

    Шен, З. Дж., И Мальтер, Дж. С. (2015). Регулирование белков, связывающих РНК богатых AU элементов, путем фосфорилирования и пролилизомеразы Pin1. Биомолекулы 5, 412–434. DOI: 10.3390 / biom5020412

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Симидзу, Т., Бамба, Ю., Кавабе, Ю., Фукуда, Т., Фухимори, Ф., Такахаши, К., и др. (2016). Пролилизомераза Pin1 регулирует уровень индуцируемого доксорубицином Р-гликопротеина за счет снижения стабильности Foxo3. Biochem. Биофиз. Res. Commun. 471, 328–333. DOI: 10.1016 / j.bbrc.2016.02.014

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Шин, Х. Р., Ислам, Р., Юн, В. Дж., Ли, Т., Чо, Й. Д., Бэ, Х. С. и др. (2016). Пин1-опосредованная модификация продлевает ядерное удержание бета-катенина в индуцированной Wnt3a дифференцировке остеобластов. J. Biol. Chem. 291, 5555–5565. DOI: 10.1074 / jbc.m115.698563

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Шинода, К., Кубоки, С., Симидзу, Х., Оцука, М., Като, А., Йошитоми, Х. и др. (2015). Pin1 облегчает активацию NF-kappaB и способствует прогрессированию опухоли в гепатоцеллюлярной карциноме человека. руб. J. Cancer 113, 1323–1331. DOI: 10.1038 / bjc.2015.272

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Согаард, Т. М., и Свейструп, Дж. К. (2007). Гиперфосфорилирование С-концевого повторяющегося домена РНК-полимеразы II способствует диссоциации ее комплекса с медиатором. J. Biol. Chem. 282, 14113–14120. DOI: 10.1074 / jbc.m701345200

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Сплинтер, Э., и Де Лаат, В. (2011). Сложный регуляторный ландшафт транскрипции нашего генома: контроль в трех измерениях. EMBO J. 30, 4345–4355. DOI: 10.1038 / emboj.2011.344

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Шривастава Р. и Ан С. Х. (2015). Модификации CTD РНК-полимеразы II: связи с гистоновым кодом и клеточная функция. Biotechnol. Adv. 33, 856–872. DOI: 10.1016 / j.biotechadv.2015.07.008

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Станя К. Дж., Лю Ю., Минс А. Р. и Као Х. Ю. (2008). Cdk2 и Pin1 негативно регулируют корепрессор транскрипции SMRT. J. Cell Biol. 183, 49–61. DOI: 10.1083 / jcb.200806172

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ван дер Хорст, А., Де Фриз-Смитс, А. М., Бренкман, А.Б., Ван Триест, М. Х., Ван Ден Брук, Н., Колланд, Ф. и др. (2006). Транскрипционная активность FOXO4 регулируется моноубиквитинированием и USP7 / HAUSP. Нат. Cell Biol. 8, 1064–1073. DOI: 10.1038 / ncb1469

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    ван Тиль, К. М., Куракула, К., Кенис, Д. С., ван дер Валь, Э., и де Фрис, К. Дж. (2012). Двойная функция Pin1 в активации ядерного рецептора NR4A: повышенная активность NR4A и повышенная стабильность белка Nur77. Biochim. Биофиз. Acta 1823, 1894–1904. DOI: 10.1016 / j.bbamcr.2012.06.030

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Vicent, G. P., Nacht, A. S., Font-Mateu, J., Castellano, G., Gaveglia, L., Ballare, C., et al. (2011). Четыре фермента взаимодействуют, чтобы вытеснить гистон h2 в течение первой минуты активации гормонального гена. Genes Dev. 25, 845–862. DOI: 10.1101 / gad.621811

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Вада, Т., Такаги, Т., Ямагути, Ю., Фердоус, А., Имаи, Т., Хиросе, С. и др. (1998). DSIF, новый фактор элонгации транскрипции, который регулирует процессивность РНК-полимеразы II, состоит из гомологов Spt4 и Spt5 человека. Genes Dev. 12, 343–356. DOI: 10.1101 / gad.12.3.343

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ван Т., Лю З., Ши Ф. и Ван Дж. (2016). Pin1 модулирует химиорезистентность за счет активации FoxM1 и вовлечения пути передачи сигналов Wnt / бета-катенин в рак шейки матки. Мол. Клетка. Biochem. 413, 179–187. DOI: 10.1007 / s11010-015-2651-4

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ван, З. Ф., Уитфилд, М. Л., Ингледу, Т. К. III, Домински, З., и Марзлафф, В. Ф. (1996). Белок, который связывает 3′-конец мРНК гистона: новый связывающий РНК белок, необходимый для процессинга пре-мРНК гистона. Genes Dev. 10, 3028–3040. DOI: 10.1101 / gad.10.23.3028

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Вернер-Аллен, Дж.W., Lee, C.J., Liu, P., Nicely, N.I., Wang, S., Greenleaf, A.L. и др. (2011). цис-пролин-опосредованное дефосфорилирование Ser (P) 5 фосфатазой С-концевого домена РНК-полимеразы II Ssu72. J. Biol. Chem. 286, 5717–5726. DOI: 10.1074 / jbc.m110.197129

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ву, X., Ци, Дж., Брэднер, Дж. Э., Сяо, Г., и Чен, Л. Ф. (2013). Ингибирование бромодомена и экстратерминального (BET) белка подавляет опухолевый генез, опосредованный T-клеточным лейкозом человека (HTLV-1), Tax-белком путем ингибирования передачи сигналов ядерного фактора kappaB (NF-kappaB). J. Biol. Chem. 288, 36094–36105. DOI: 10.1074 / jbc.m113.485029

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Вульф, Г. М., Лиу, Ю. К., Рио, А., Ли, С. В., и Лу, К. П. (2002). Роль Pin1 в регуляции стабильности p53 и трансактивации p21, а также контрольных точек клеточного цикла в ответ на повреждение ДНК. J. Biol. Chem. 277, 47976–47979. DOI: 10.1074 / jbc.c200538200

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Вульф, Г.M., Ryo, A., Wulf, G.G., Lee, S. W., Niu, T., Petkova, V., et al. (2001). Pin1 сверхэкспрессируется при раке молочной железы и взаимодействует с передачей сигналов Ras, повышая транскрипционную активность c-Jun по отношению к циклину D1. EMBO J. 20, 3459–3472. DOI: 10.1093 / emboj / 20.13.3459

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Xiang, K., Nagaike, T., Xiang, S., Kilic, T., Beh, M. M., Manley, J. L., et al. (2010). Кристаллическая структура фосфопептидного комплекса симплекин-Ssu72-CTD человека. Природа 467, 729–733. DOI: 10.1038 / nature09391

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Xu, Y. X., Hirose, Y., Zhou, X. Z., Lu, K. P., and Manley, J. L. (2003). Pin1 модулирует структуру и функцию РНК-полимеразы II человека. Genes Dev. 17, 2765–2776. DOI: 10.1101 / gad.1135503

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ямагути, Ю., Такаги, Т., Вада, Т., Яно, К., Фуруя, А., Сугимото, С., и другие. (1999). NELF, мультисубъединичный комплекс, содержащий RD, взаимодействует с DSIF для подавления элонгации РНК-полимеразы II. Cell 97, 41–51. DOI: 10.1016 / s0092-8674 (00) 80713-8

    CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Ян, Х. К., Чуанг, Дж. Й., Дженг, В. Й., Лю, К. И., Ван, А. Х., Лу, П. Дж. И др. (2014). Pin1-опосредованное фосфорилирование Sp1 с помощью CDK1 увеличивает стабильность Sp1 и снижает его ДНК-связывающую активность во время митоза. Nucleic Acids Res. 42, 13573–13587.DOI: 10.1093 / nar / gku1145

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Yeh, E., Cunningham, M., Arnold, H., Chasse, D., Monteith, T., Ivaldi, G., et al. (2004). Сигнальный путь, контролирующий деградацию c-Myc, влияющий на онкогенную трансформацию клеток человека. Нат. Cell Biol. 6, 308–318. DOI: 10.1038 / ncb1110

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Йи, П., Ву, Р. К., Сандквист, Дж., Вонг, Дж., Цай, С.Ю., Цай, М. Дж. И др. (2005). Пептидил-пролилизомераза 1 (Pin1) служит коактиватором стероидного рецептора, регулируя активность коактиватора 3 фосфорилированного стероидного рецептора (SRC-3 / AIB1). Мол. Клетка. Биол. 25, 9687–9699. DOI: 10.1128 / mcb.25.21.9687-9699.2005

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Юн, В. Дж., Ислам, Р., Чо, Ю. Д., Ву, К. М., Бэк, Дж. Х., Учида, Т. и др. (2013). Pin1-обусловленная модификация Runx2 критична для развития скелета. J. Cell. Physiol. 228, 2377–2385. DOI: 10.1002 / jcp.24403

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Zacchi, P., Gostissa, M., Uchida, T., Salvagno, C., Avolio, F., Volinia, S., et al. (2002). Пролилизомераза Pin1 обнаруживает механизм контроля функций p53 после генотоксических повреждений. Природа 419, 853–857. DOI: 10.1038 / nature01120

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Чжан, Дж., Чен, М., Zhu, Y., Dai, X., Dang, F., Ren, J., et al. (2019). SPOP способствует разрушению наночастиц, подавляя признаки стволовых клеток и прогрессирование рака простаты. Dev. Ячейка 48: e325.

    Google Scholar

    Zhang, M., Wang, X.J., Chen, X., Bowman, M.E., Luo, Y., Noel, J.P., et al. (2012). Структурный и кинетический анализ перекрестных помех пролилизомеризации / фосфорилирования в коде CTD. ACS Chem. Биол. 7, 1462–1470. DOI: 10.1021 / cb3000887

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Чжан, Ю., Ким, Ю., Генуд, Н., Гао, Дж., Келли, Дж. У., Пфафф, С. Л. и др. (2006). Детерминанты дефосфорилирования С-концевого домена РНК-полимеразы II с помощью Scp1. Мол. Cell 24, 759–770. DOI: 10.1016 / j.molcel.2006.10.027

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Zheng, H., You, H., Zhou, X.Z., Murray, S.A., Uchida, T., Wulf, G., et al. (2002). Пролилизомераза Pin1 является регулятором p53 при генотоксическом ответе. Природа 419, 849–853.DOI: 10.1038 / nature01116

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    Чжоу, X. Z., и Лу, К. П. (2016). Изомераза PIN1 контролирует многочисленные пути развития рака и является уникальной мишенью для лекарств. Нат. Преподобный Рак 16, 463–478. DOI: 10.1038 / nrc.2016.49

    PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

    .
  • Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.